В 1559 г. принц Баязид, сын Сулеймана Великолепного, бежал в Персию с четырьмя сыновьями и небольшой, но боеспособной армией. Он искал убежище при дворе персидского шаха Тахмаспа. Здесь Баязид был сначала принят с королевскими почестями и дарами, полагающимися османскому принцу. На это Баязид ответил шаху подарками, которые включали 50 туркменских скакунов в богатой сбруе и восхитившую персов демонстрацию верховой езды его кавалеристов.
Затем последовал дипломатический обмен письмами между послами султана, требовавшими выдачи или, на выбор, казни его сына, и шахом, который сопротивлялся и тому и другому, исходя из законов мусульманского гостеприимства. Сначала шах надеялся использовать своего заложника для того, чтобы поторговаться относительно возвращения земель в Месопотамии, которые султан захватил во время первой кампании. Но это была пустая надежда. Баязид был схвачен персами.
По договорённости принц должен был быть казнён на персидской земле, но людьми султана. Таким образом, в обмен на большую сумму золота шах передавал Баязида официальному палачу из Стамбула. Когда Баязид попросил дать ему возможность увидеть и обнять перед смертью своих четырёх сыновей, ему, принцу, набросили шнурок на шею и задушили.
Восстановив к 1578 г., вопреки договору, крепость Карс, турки перешли в наступление и захватили в 1578 г. восточную часть Самцхе-Саатабаго, 10 августа разбили персидские войска при Чилдыре, вторглись в Восточную Грузию и Восточную Армению, заняли Ширван. Но 27 ноября 1578 г. турецкая армия была разгромлена под Шемахой и изгнана из Ширвана.
С 1579 г. турецкая армия и 100‐тысячное войско крымского хана опять совершают набеги на Ширван и Восточную Армению. В 1583 г. они захватили Ширван и Баку. Опустошительные походы турецко-татарских войск в Закавказье продолжались до 1589 г. Значительная часть местного населения была перебита, угнана в рабство или бежала; города Тебриз, Гянджа, Шемаха и другие разорены.
По Стамбульскому мирному договору 21 марта 1590 г. Турция получала весь Азербайджан (без Талыша и Ардебиля), Восточную Армению, Восточную Грузию, значительные части Луристана и Курдистана, а также другие территории.
Победы турок над персами в XVI в. в первую очередь были обусловлены внутренними неурядицами и восстаниями в Иране, который к тому же не имел такой сильной артиллерии и постоянной пехоты, как Турция.
Персидский шах Аббас I Великий, создав регулярную армию, в начале XVII в. начинает новую войну с Турцией, которая была втянута в очередную войну с Габсбургами. Благо на престол взошел молодой султан Ахмед I, а в Анатолии бушевала джелялийская смута. В 1603–1604 гг. войска шаха, разбив турок в битве при Суфиане, взяли и разграбили Нахичевань, Тебриз, Джульфу, Ереван. В 1603–1607 гг. они также уничтожили турецкие гарнизоны в Азербайджане, завоевали Восточную Армению. Из Армении было переселено в глубь Персии более 300 тысяч армян. Так, например, был разорён и уничтожен крупный торговый центр Джуга на берегу Аракса, а его жители переселены в окрестности столицы Персии Исфахана, где они основали город Нор (Новая) Джуга. Были захвачены также Луристан, Восточная Грузия и Южный Курдистан.
Турецкая армия в 1609–1612 гг. неоднократно вторгалась в Азербайджан, пытаясь взять Тебриз, но всякий раз терпела неудачу. Стамбульский мирный договор от 20 ноября 1612 г. подтвердил завоевания Персии.
Но это был не мир, а перемирие. Персидско-турецкий договор от 29 сентября 1619 г. в основном подтверждал положения договора 1612 г. Добавлялось лишь то, что Турция предоставляла Персии свободу действий в Картли и Кахети, а также передавала ему санджаки Дерне и Дертенг.
В сентябре 1623 г. в Константинополе произошёл очередной переворот, психически больной султан Мустафа I был свергнут. На трон возведён 11‐летний Мурад IV. До 1632 г. фактическая власть находилась в руках его матери Кёсем-султан и её сторонников.
Воспользовавшись нестабильностью у соседа, шах Аббас I начал войну. В 1623–1624 гг. персы завоёвывают весь Ирак Арабский с городами Багдад, Неджеф, Кербела, а также Северную Месопотамию. В том же 1624 г. персидские войска в Грузии занимают Ахалцихе.
Однако в конце 1625 г. в результате ослабления иранского господства в Грузии, подорванного народным восстанием Георгия Саакадзе, турки возвращают себе Ахалцихе. За этот район в течение нескольких последующих лет происходила упорная борьба: в 1627 г. он был отвоёван у турок Аббасом I, в 1635 г. турецкие войска вновь занимают Ахалцихе, а также Ахалкалаки. В том же 1625 г. турки отторгли от Грузии Самцхе-Саатабаго, превратив его в турецкий пашалык. Турция вернула себе также Северную Месопотамию с Мосулом и Киркуком, но 9‐месячная осада Багдада (сентябрь 1625 — июль 1626 г.) успеха не имела. Потерпев вторую неудачу под Багдадом в 1630 г., турки сделали главным театром военных действий Западную Персию (разорив лежащий на востоке Персии Хорасан) и Закавказье. В 1638 г. турецкая армия во главе с султаном Мурадом IV взяла Багдад.