Согласно статье III этого договора, Его Шахское Величество, в доказательство искренней приязни Своей к Его Величеству Императору Всероссийскому, сим торжественно признает, как за Себя, так и за Высоких Преемников Персидского Престола, принадлежащими в собственность Российской Империи Ханствы: Карабагское и Ганжинское».
По неясным причинам Ибрагим Халил-хан был убит по приказу подполковника Лисаневича. Из отношения графа И.В. Гудовича к министру военно-сухопутных сил С.К. Вязмитинову от 21 августа 1806 г.:
«По рапортам мною полученным от командующего войсками в Грузии ген.-м. Несветаева открывается, что 17‐го Егерского полку подполк. Лисаневич и бывший с ним майор Джораев, без побудительных причин, с отрядом егерей учинили нападение на Ибрагим-хана Шушинского, который, не имев при себе войска, кроме прислужников 35 чел. мужеска и женска пола и 1 жену с 3 малолетними детьми, находился по сю сторону кр. Шуши близ садов, на горе без всякого укрепления, и сам вышел из палатки на встречу отряда, не сделав ни одного выстрела; но егери начали стрелять и колоти штыками, где Ибрагим-хан убит и все бывшее с ним имение досталось в добычу учинивших нападение».
В тот же день граф Гудович сообщил министру иностранных дело барону А.Я. Будбергу: «Хан Карабагский, как видно из рапорта ген.-м. Небольсина, секретно разведывавшего о всех обстоятельствах сего важного происшествия, убит понапрасну подполк. Лисаневичем, об отдании коего под следствие я с сею же эстафетою всеподданнейше доношу Е.И. В.».
По указу Александра I от 13 сентября 1806 г. ханом Карабаха был назначен Мехдигулу-ага.
Мехти-Кули не простил России убийства отца и всё время своего правления находился в тайных сношениях с Тегераном, а в ноябре 1822 г. и вовсе бежал в Персию, после чего ханство было упразднено, став российской провинцией.
Управление провинцией было возложено на коменданта, назначаемого российскими властями. Вместе с Ширванской, Шекинской и Талышской провинциями Карабахская провинция входила в состав мусульманского округа, возглавляемого военно-окружным начальником мусульманских провинций. Его резиденция находилась в Шуше. В 1840 г. Карабахская провинция была переименована в Шушинский уезд, вошедший в состав Каспийской области.
Второй правитель из династии Каджаров Фахт-Али шах правил страной достаточно долго, с 1794 по 1834 г., но был довольно посредственным политиком. После 1813 г. власть постепенно перешла к его второму сыну Аббас-Мирзе (1789–1833), объявленному наследником престола в обход старшего брата Магомета Али. Дело дошло до того, что британское и русское посольства располагались не в Тегеране при дворе шаха, а в Тебризе при дворе наследника.
Аббас-Мирза и первый министр Аллаяр-Хан были настроены явно антироссийски. Наследник прилагал все усилия к перевооружению персидской армии и обучению ее английским уставам. Однако современники шутили, что европеизация персидской армии происходит только снаружи.
В начале 1825 г., еще при жизни императора Александра I, Персия нарушила Гюлистанский мир, заняв пограничные с Карабахом земли между реками Капанакчай и Чудур.
Главнокомандующий русскими войсками на Кавказе Алексей Петрович Ермолов приказал нескольким ротам окружить небольшое пространство, отделяющее озеро Гочка от окрестных гор. Этот участок земли персияне считали своей территорией.
В начале 1826 г. Николай I, желая сохранить дружеские отношения с южным соседом России, отправил к шаху и наследнику специального посланника — генерал-майора А.С. Меншикова. Царь предложил размен «взаимно-занятых земель», но и уступить часть Тальшипского ханства.
Меншиков был принят ласково, но все его курьеры к Ермолову задерживались. Тем временем персидские войска двигались к русским границам. В конце концов князь понял замысел персов и бежал из Тегерана в Тебриз, где русское посольство уже было арестовано в полном составе. Меншиков каким-то образом оказался в Эривани (Ереване), где ему удалось избежать смерти.
К этому времени персидская армия состояла из 38,5 тысячи человек регулярной пехоты, обученной английскими офицерами, 5 тысяч нерегулярной пехоты, 94 тысяч кавалерии, не считая конного корпуса «охраной стражи» Аббас-Мирзы. Он же сформировал и артиллерийский корпус из 42 полевых пушек и тысячи человек прислуги.
16 июля 1826 г. Аббас-Мирза, переправившись через Аракс у Худоперинского моста, вступил в принадлежавшую России Карабахскую провинцию. Слабый русский отряд, состоявший из девяти рот 42‐го егерского полка, четырех орудий и одного Донского казачьего полка под началом полковника Реута, не мог остановить многочисленные силы неприятеля, оставил крепость Елизаветполь и отошел к крепости Шуши.