Пользуясь войной Византии с турками, он объявил независимость Киликии. Вскоре новый император Мануил Комнин заключил с Торосом мир. В этот период ряд мелких мусульманских владений объединились под властью султана Нуреддина, захватившего город Эдессу в 1144 г. Это новое государство стало серьезной угрозой Киликии. Торос не замедлил принять участие в походе против Нуреддина в союзе с крестоносцами. Вернувшись из похода, Торос обнаружил, что греки, нарушив договор, опять захватили киликийские города. Он немедленно вернул их, разбив армию императора, а затем, снарядив корабли, сам напал на остров Кипр. Война с Византией продолжалась до конца царствования Тороса, то затухая, то возобновляясь с новой силой.
После смерти Тороса II трон занял его брат Мелек (1169–1174). Он вел удачные войны с греками, но за жестокость был убит собственными войсками в городе Сисе. После него киликийский престол перешел к Рубену II (1174–1177), сыну младшего брата, а затем к его брату Леону II (1177–1212). Новый царь прежде всего занялся внутренними делами страны: строительством городов, дорог, развитием торговли, ремесел, наук. Одновременно он был и прекрасным воином. Силой оружия он вернул Исаврию, захваченную турками. Он принял активное участие в Третьем крестовом походе (1189–1193).
Заключив договор с прибывшим в Малую Азию Фридрихом Барбароссой, он готов был присоединиться к крестоносцам, но внезапная смерть германского императора при переправе через реку Кидн изменили планы Леона. Прибывший же вскоре английский король Ричард Львиное Сердце нашел в Леоне готового союзника.
Такая близость с крестоносцами не могла не привлечь внимание католической церкви. Папа римский, понимая трудное положение Киликии, вынужденной постоянно сражаться, стал предлагать свое покровительство в обмен на слияние Армянской церкви с католической. Леон остался глух к этим предложениям. В это время пограничные споры с захваченной крестоносцами соседней Антиохией закончились миром и брачным союзом дочери Леона Алисии с Раймондом — сыном правителя Антиохии Боэмунда Тарентского. Но после смерти Раймонда, а затем Боэмунда разгорелись династические споры между Рубеном, сыном Алисии, и Рубеном Одноглазым, младшим сыном Боэмунда. В союзе с рыцарями ордена тамплиеров Рубен Одноглазый объявил войну Леону, поддержавшему права своего внука. Папа римский, встав на сторону противника Леона, отлучил киликийского царя от церкви. Но ничто не помогло. Леон быстро направился в Антиохию и отстоял права внука.
Рубен Одноглазый, заручившись новым союзом иконийского султана, двинулся вслед Леону. Леон быстро отбросил союзников от своих границ и окончательно утвердил права своего внука в Антиохии в 1211 г. После смерти Леона II в 1212 г. престол перешел к его несовершеннолетней дочери Изабелле. Муж Изабеллы Хетум I (1226 г.) стал правителем Киликии.
В это время в Малой Азии появилась новая сила. Монголы, стремительной лавиной спустившись по течению Куры, вытеснили турок из Великой Армении, заняли часть Сирии, Месопотамии, Каппадокии и стали соседями Киликии. Хетум поспешил поднести хану Бату дары и заключил с ним договор о мире и дружбе.
Так, Киликия, защищенная новым союзом от турок и греков, могла спокойно заниматься своими внутренними делами. Между тем на престол монгольского государства Хулагидов вступил внук Чингисхана Менгу-хан (Великий хан). Теперь Хетум сам отправился в Орду для поздравления и подношения даров. Менгу-хан подтвердил союз монголов с Киликией.
Как союзник монголов, Хетум участвовал в походе Менгу-хана против сарацинов (египетских арабов, потомков Сарры). Вернувшись из похода, Хетум обнаружил, что иконийский султан Эддин захватил несколько киликийских городов. С помощью монголов царь Киликии не только вернул эти города, но и приобрел новые, а также, разбив алеппского султана Мелек-Назара, присоединил к Киликии его столицу город Алеппо и часть его земель.
После смерти Менгу-хана в Орде начались внутренние беспорядки. Встал вопрос о выборе нового хана. Не желая пропустить такое важное для Киликии событие, Хетум отправился в Орду. В его отсутствие в Киликию вторгся египетский султан Бибарс. Мстя за участие Хетума в походе на Египет, он разорил Киликию, а старшего сына Хетума Леона взял в плен. Младший же, Торос, погиб в бою.
Предчувствуя подобный поворот событий, Хетум перед своим отъездом в Орду уступил папским легатам и подписал акт о соединении Армянской и католической церквей. Этим он хотел приобрести мощного союзника в лице Рима. Но, вернувшись из Орды и выкупив сына, он прекрасно понял, что судьба Киликии мало волнует папу. Аннулировав в одностороннем порядке акт договора, Хетум оставил трон сыну Леону III (1269–1288) и постригся в монахи. Леон направил все свои силы на восстановление страны, развитие ее культуры, учреждение школ. Тысячи писцов при монастырях и церквях трудились над переписыванием древних рукописей, составлением летописей.