Пора безмятежного детства быстро пролетела. Настало время серьёзно подумать о выборе жизненного пути. Для друзей пробил час расставания и, как оказалось, навсегда. По настоянию деда, знаменитого адмирала Маркантонио Колонна, неожиданно нагрянувшего в Караваджо, старшего внука Муцио отправили в Испанию, где мальчик был определён в пажеский корпус при мадридском дворе. Маркиза Колонна хорошо знала о незаурядных способностях друга сына и с похвалой отзывалась о его рисунках. Её слово и оказалось решающим для определения Микеланджело на обучение в живописную мастерскую вопреки традициям рода Меризи. В дальнейшем он не раз будет пользоваться покровительством аристократического семейства Колонна, а однажды столь высокое заступничество спасёт ему жизнь.
При содействии священника Лодовико Меризи, брата покойного отца, 6 апреля 1584 года в Милане был подписан контракт, согласно которому тринадцатилетний Микеланджело Меризи отдавался на обучение к художнику Симоне Петерцано, чья мастерская находилась в приходе Сан-Джованни аль Поццо Бьянко. По условиям контракта мальчик поступал на полное довольствие в мастерскую к наставнику сроком на четыре года, в течение которых ему надлежало освоить все премудрости ремесла живописца. Плата за обучение была установлена в сорок четыре золотых скудо, вносимых по частям матерью ученика.
Мальчику, избалованному лаской матери и домочадцев, предстояло распрощаться с безмятежной деревенской жизнью и переехать в шумный Милан, лишь недавно оправившийся после смертоносной эпидемии. Отныне он должен был жить в чужом доме вместе с ватагой крикливых и нечистых на руку подростков, которыми помыкали подмастерья, щедрые на подзатыльники и затрещины. Однако коротыш Микеланджело сумел постоять за себя, быстро показав обидчикам свою силу и решительность. Редким для его возраста старанием и преданностью делу он сумел добиться расположения самого мастера, державшего учеников в чёрном теле. За любую оплошность или непослушание в ход пускалась плётка. Петерцано было известно, что драчливому и ершистому подростку покровительствует маркиза Костанца Колонна, поэтому он старался оказывать ему больше внимания, вызывая тем самым зависть остальных учеников. Познав силу кулаков Микеланджело, они не отваживались открыто нападать на него, но при удобном случае не отказывали себе в удовольствии исподтишка пакостить любимчику мастера. Неблаговидным делом травли новичка занимались скуки ради лоботрясы-подмастерья. Жизнь в чужом доме в атмосфере вражды и наушничества закалила и ожесточила подростка Микеланджело. В нём всё сильнее стали проявляться подозрительность и недоверие к людям, от которых он ждал лишь подвоха и неприятностей. Поэтому ему постоянно приходилось быть настороже.
Мастерская Петерцано считалась одной из лучших в Милане и недостатка в заказах не испытывала. К тому времени уже не было в живых главного «цензора» и непримиримого борца с ересью архиепископа Карло Борромео, и для многих художников настала пора относительной свободы, поскольку у испанских наместников руки до искусства не доходили. Симоне Петерцано, родившийся в Бергамо, был типичным представителем постренессансного искусства, хорошо усвоившим уроки венецианской школы живописи, но отдавшим дань увлечению модным тогда маньеризмом. Он считался учеником Тициана и ставил подпись Titiani alumnus под картинами, написанными, по отзывам современников, «легко и элегантно». О его внешности можно судить по добротному автопортрету с кистью в руке — бледное лицо оживляет белоснежное жабо по испанской моде (Галерея Брера, Милан). Однажды ему было поручено написание алтарного образа для знаменитого Миланского собора — такой чести удостаивались немногие.
В историю живописи Петерцано вошёл главным образом как учитель Караваджо. Отзвуки таких его работ, как «Снятие с креста» в миланской церкви Сан-Феделе или фресковые росписи в монастыре Гареньяно, можно без труда обнаружить в ранних картинах Караваджо. Например, обнажённое плечо пастушка с фрески учителя позднее перешло на картины ученика «Юноша с корзиной фруктов», «Больной Вакх» и другие работы. Для своего времени Петерцано был педагогом передовых взглядов. Его настольной книгой являлся изданный в 1584 году и сразу получивший широкую известность «Трактат об искусстве живописи», написанный художником, поэтом и историком искусства Джован Паоло Ломаццо (1538–1600). Он одним из первых исследователей пересказал утраченные части рукописного наследия Леонардо да Винчи с изложением его художественных принципов и выступил как теоретик маньеризма. Его сочинение в качестве учебного пособия выдержало не одно издание, дав возможность любому молодому художнику по своему усмотрению выбрать для себя в качестве ориентира тот или иной авторитет, к которому его влекли внутренняя симпатия или родство темперамента.