Целенаправленная работа колчаковских спецслужб воспрепятствовала установлению прочной связи по обе стороны фронта. Посылаемые из центра в Сибирь денежные средства иногда попадали в руки белогвардейцев при арестах курьеров при переходе линии фронта или во время провалов нелегальных организаций.
П.А. Новиков в своей монографии пишет, что, по неполным данным, с октября 1918 г. по 1 марта 1919 г. из Москвы для сибирских подпольщиков было направлено 484 250 руб., но между организациями успели распределить только 220 000 руб.{356}.
И все же, несмотря на значительные успехи в борьбе с подпольем, колчаковские спецслужбы не смогли полностью обеспечить безопасность тыла, оградить его от разведывательно-подрывной деятельности противника. Потерпев поражение в городе, большевики были вынуждены перенести свою деятельность в сельскую местность, где находились партизанские отряды различной политической ориентации.
Применение против подполья карательных отрядов не давало существенных результатов, поскольку они вылавливали только лиц, выступавших с оружием в руках. Агитаторы и пропагандисты оставались безнаказанными. Местная милиция в силу некомпетентности и перегруженности работой личного состава, отсутствия специальных средств оказалась бессильна{357}. Для розыска большевистских деятелей в ряде случаев вместе с карательными отрядами следовали сотрудники контрразведки. Но подобные меры не смогли воспрепятствовать росту крестьянских волнений, поскольку выступления в деревнях провоцировались в первую очередь действиями властей, которые оказались не в состоянии решить важнейшие социально-экономические проблемы. Не вызывали у крестьян симпатий к режиму грабежи, насильственные мобилизации, карательные экспедиции отдельных белогвардейских отрядов.
Во второй половине 1919 г. обстановка на Восточном фронте стала изменяться в пользу красных. Войска белых потерпели поражение на Урале. Реввоенсовет Восточного фронта и Сиббюро ЦК уделяли особое внимание подполью и партизанским отрядам, направляя их деятельность на дезорганизацию тыла противника. Начавшееся 2 августа 1919 г. восстание на Алтае сорвало планы колчаковских войск, намеревавшихся нанести фланговый удар по частям Красной армии. К осени развернулось партизанское движение в Иркутской губернии. В Енисейской губернии власти контролировали лишь Красноярск и несколько других населенных пунктов, где стояли крупные гарнизоны. По подсчетам исследователей, к концу 1919 г. численность партизан в Сибири, по советским источникам, достигала почти 140 тысяч человек{358}.
Красноречивую характеристику массового партизанского движения оставил в своем октябрьском докладе министру внутренних дел управляющий Алтайской губернией: «Деятельность банд, еще в начале августа представлявших небольшие разбойничьи шайки числом 2–3 десятка людей, занимавшихся исключительно грабежами, насилиями и убийствами, к настоящему моменту выливается уже в другие формы… Они сливаются в крупные отряды (числом до 5000 человек), местами сформированы даже в полки… хорошо вооружены, снабжены пулеметами и достаточным количеством патронов. Отряды эти уже не разбегаются от первых выстрелов, но принимают бои с солидными воинскими частями и в некоторых случаях выигрывают эти бои… Руководители банд начинают создавать подобие гражданской власти, учреждая местные советы, созывая собрания и съезды; делают попытки нормировать гражданские взаимоотношения… Короче: анархически-разбойничьи выступления начинают принимать характер политического движения»{359}. Наиболее крупными и активными соединениями партизан в Сибири были отряды (а по существу, банды) Щетинкина — Кравченко на юге Енисейской губернии и отряд Лубкова — в Томской губернии. О масштабах деятельности партизан в Енисейской губернии, служившей главным очагом восстаний, говорят правительственные сводки: по далеко не полным данным с мест, в период с 15 июня по 30 сентября 1919 г. в губернии партизанами было убито 9 гражданских должностных лиц, 12 милиционеров и дружинников, 26 военных, 530 частных лиц, изнасиловано 13 женщин, сожжено 25 железнодорожных мостов, устроено 1 крушение поезда{360}. По Транссибирской магистрали самым опасным участком считался отрезок пути от Красноярска до Нижнеудинска{361}.