После первого (и весьма малолюдного) епархиального синода 1609 г. дю Плесси предпринял объезд приходов своей епархии, а в 1613 г. издал несколько синодальных декретов, в основном касающихся церковных облачений, дисциплины, занятий и образа жизни, нежелательных для священников, а также норм поведения, чтения проповедей, отправления служб и ведения дел в приходах. Именно этого и можно было ожидать от ревностного молодого епископа, стремящегося провести в жизнь реформы Тридентского собора и вынужденного восстанавливать религиозную организацию епархии, пострадавшую от грабежей периода религиозных войн и изрядной небрежности в управлении.
Многие из установлений, касающиеся облачения и поведения священников, содержания ими женщин-домработниц и их права проповедовать, проводить венчания и принимать исповеди, просто повторяли общие нормы церковной дисциплины, часть которых уже явно вышла из употребления. С другой стороны, новаторским начинанием дю Плесси, осознававшего опасность назначения некомпетентного и недостойного духовенства, было стремление ввести конкурсный отбор для претендентов на вакантные приходы, как и было рекомендовано Тридентским собором.
Дю Плесси не всегда удавалось наложить вето на решение тех, в чьей власти было представлять кандидатуры на должность приходских священников, но патентные грамоты 1611 г. на учреждение семинарии позволяли ему собирать налоги в размере 3000 ливров с бенефициев, стоивших более 800 ливров в год. Второй комплект патентных грамот, полученный в августе 1613 г., распространял этот налог на всех держателей бенефициев, за исключением приходских священников, но дела семинарии, обустроенной за личный счет дю Плесси, едва сдвинулись с мертвой точки. Парижский парламент отказал в регистрации второго комплекта патентных грамот по настоянию капитула, так все еще и не смирившегося с назначением дю Плесси. Глава семинарии ушел в отставку, и дю Плесси передал ее ораторианцам, однако этот проект постепенно заглох.
Уже в эти ранние годы своего епископства дю Плесси активно включился в полемику с гугенотами. Последние имели очень сильное влияние в Люсоне и стремились, в частности, построить храм прямо напротив собора и хоронить своих умерших единоверцев на католических кладбищах. С 1609 г. из Люсона в Париж шли жалобы на неуважение законных прав католиков, свидетельствующие не только о неутихающей вражде двух общин, но и о том, что в некоторых частях этой епархии католическая вера еще не была восстановлена в принципе.
Именно в связи с этим у дю Плесси завязались отношения с Ричардом Смитом. Смит, католический полемист, работавший в Париже и выступавший против английского короля Якова 1, впоследствии вызвал враждебность иезуитов, пытаясь лишить их английскую миссию освобождения из-под епископальной юрисдикции. В 1624 г. Ришелье сделает Смита главой английской миссии духовенства этой епархии, и в течение двенадцати лет будет пользоваться его помощью в дискуссии с гугенотами.
Дю Плесси считал религиозные брошюры собственного сочинения и те, на написание которых он вдохновлял других, важнейшей частью своей пастырской деятельности, даже не отдавая себе отчета в том, какую основу для его дальнейшего карьерного продвижения они закладывают. Двадцатистраничные «Синодальные ордонансы» 1613 г. появились вместе с краткими наставлениями для духовников (Briefve et facile instructions pour les confesseurs), подписанными Жаком де Флавиньи — главным викарием, которого позже дю Плесси пожелает сделать своим коадъютором. Наставления, изложенные на 78 страницах, были построены на десяти евангельских заповедях и предписаниях церкви, требующих выполнения обязанностей перед Богом, церковью, государем и страной. Брошюра содержала собственную доктрину епископа. Он рекомендовал проводить богослужения на народном языке, был сдержан по отношению к гугенотам, но не допускал участия католиков в гугенотских обрядах, смешанных свадеб или похорон по церковному обряду для еретиков. Дю Плесси придерживался того либерального взгляда (за который позже его будут критиковать янсенисты), что хотя раскаяние в грехах, основанное на страхе перед муками ада («неполное раскаяние»), хуже, чем раскаяние, вызванное сожалением о нанесенном Господу оскорблении («искреннее раскаяние»), оно тем не менее является достаточным основанием для отпущения их церковью.