С самого начала своей научной деятельности И. Ш. Шифман уделял значительное внимание Финикии и финикийским колониям, прежде всего, Карфагену. (Монографии: Возникновение Карфагенской державы. М.; Л., 1963; Финикийский язык. М., 1963; Финикийские мореходы. М, 1965; Финикийская мифология // Древняя Финикия — мифология и история. СПб., 1999 [впервые книга И. Ш. Шифмана о финикийско-пунийской мифологии была опубликована в Риме на немецком языке в 1986 году].) Особо хотелось бы выделить блестяще написанную И. Ш. Шифманом биографию крупнейшего карфагенского полководца и политика Ганнибала (247/6-183 гг. до н. э.), наводившего ужас на римлян во время второй Пунической войны (Ганнибал. М., 1976 [под псевдонимом: Кораблев]).
Книга И. Ш. Шифмана «Сирийское общество эпохи Принципата (I—III вв. н. э.)» (М., 1976) содержит анализ огромного материала по социальной и экономической истории сирийского региона в поздеэллинистический период и, особенно, римскую эпоху Принципата. Значительный вклад в изучение истории данного региона в римский период вносит также публикация Ильей Шолеймовичем важнейшего из дошедших до нас пальмирских документов — пошлинного тарифа (137 г. н. э.), хранящегося в Эрмитаже в Санкт-Петербурге (Пальмирский пошлинный тариф. М., 1980). Пальмира являлась крупным центром караванной торговли и ремесла в северо-восточной Сирии в первые века н. э. Пальмирский пошлинный тариф — почти 250 строк греческого и пальмирского (арамейского) текста — представляет собой перечень ассортимента товаров караванной торговли. В издании И. Ш. Шифмана содержатся текст тарифа, историко-филологические комментарии, а также очерк истории Пальмиры. Монография «Набатейское общество и его культура: Из истории культуры доисламской Аравии» (М., 1976) посвящена истории и культуре Набатейского царства, основанного ок. 300 г. до н. э. на территории древнего Эдома и вошедшего в 106 г. н. э. в состав Римской империи на правах провинции. Особое внимание в книге уделено столице набатеев, Петре (греч. «скала»). Самые экспрессивные из сохранившихся сооружений города — это вырубленные в разноцветном песчанике гробницы (набатеи, как и древние евреи, называли свои гробницы «душа»; евр. нефеш); главный же вход в Петру с восточной стороны был образован очень узким ущельем Эс-Сик, длиной в полтора километра.
Особо хотелось бы отметить труды И. Ш. Шифмана по библеистике и, прежде всего, его перевод Пятикнижия Моисеева — первый научный перевод Торы на русский язык (Учение. Пятикнижие Моисеево. Введение, перевод и комментарии И. Ш. Шифмана. М., 1993). В работе «Ветхий Завет и его мир» (М., 1987) И. Ш. Шифман характеризует книги Еврейской Библии. В этой монографии автор, в частности, приводит свои рассуждения о том, что Пятикнижие в современном его виде возникло не позднее 621 г. до н. э., когда иудейский царь Йошийаху (Иосия; 639-608) проводил свою религиозную реформу, направленную на установление единого централизованного культа YHWH-ГОСПОДА в Иерусалимском Храме.