Из других географических работ Бэра можно указать на исследование вопроса об обмелении Азовского моря, по поручению великого князя Константина Николаевича. Утверждали, что море это мелеет из года в год вследствие выбрасывания балласта большими иностранными кораблями, которых следует не пускать далее Керчи, а перевозку товаров к устью Дона производить каботажным путем.
Отправившись на место, Бэр выяснил, что море действительно мелеет у берегов, но чрезвычайно медленно, а в глубокой своей части не обнаруживает никакого заметного уменьшения глубины, выбрасывание же балласта не имеет ровно никакого значения. Хлопоты о запрещении кораблям входить в море исходили от лиц, заинтересованных в учреждении каботажной компании, которые и постарались, в своих интересах, раздуть вопрос об обмелении Азовского моря.
К географическим работам Бэра может быть также отнесена и его обширная статья «О заслугах Петра Великого по части распространения географических познаний», опубликованная на немецком языке в 1872 году.
Переходя к краткому обзору деятельности Бэра как антрополога, мы должны опять-таки указать, что и эта сторона его научных стремлений обнаружилась в нем гораздо ранее, чем он начал заниматься антропологией систематически. Первая печатная работа Бэра, его докторская диссертация («Об эндемических болезнях эстонцев», на латинском языке), несмотря на медицинское заглавие, носит в значительной степени этнографический характер. Сделавшись прозектором в Кенигсберге, Бэр стал читать среди прочего курс антропологии. Во введении к своему курсу антропологии, вышедшему в свет в 1824 году, Бэр говорит, что не знает задачи, более достойной мыслящего человека, как исследование самого себя в физическом и психическом отношениях.
Антропология представляет весьма обширную отрасль знания, которая подразделяется на несколько самостоятельных наук. Взятая в обширном смысле, она заключает в себе физическую антропологию, занимающуюся сравнительным изучением человеческого тела во всех отношениях и в разных стадиях развития, психическую антропологию – науку о душевных свойствах человека и народов, этнографию, которую можно назвать социальною антропологиею, так как она рассматривает общественную жизнь народов, и историческую антропологию (с археологией), которая изучает происхождение человека вообще и человеческих племен. Бэр занимался преимущественно физической антропологией и этнографией, которая находится в теснейшей связи с психической и исторической антропологией.
К области физической антропологии относятся и его лекции, читанные в Кёнигсбергском университете; в них он дает описания строения и отправлений органов человеческого тела. Вышел только первый том этого сочинения; во втором Бэр предполагал обработать психическую и отчасти историческую антропологию, но этот второй том не появился в свет. Часть относящегося сюда материала Бэр опубликовал на русском языке в первом томе «Русской фауны» Симашко. Здесь он рассматривает прежде всего характеристические свойства человека и отличия его от животных, затем описывает телесные различия народов и рас и дает классификацию и описания человеческих племен. Позднее он опубликовал популярную статью о месте человека в природе, где приводит те же мысли, как и в «Русской фауне», то есть считает человека отделенным от животных резкою гранью, защищает самостоятельное положение отряда двуруких (Bimana) и протестует против гипотезы происхождения человека от обезьяноподобных предков. Те же положения защищает он и в своей статье «Об учении Дарвина».
Особенно занимался Бэр тою частью физической антропологии, которая носит название краниологии, то есть учения о человеческом черепе. Заведуя анатомическим музеем академии, он обратил особое внимание на черепа различных племен Российской империи, распределил коллекции их в географическом порядке и опубликовал целый ряд краниологических работ. Весьма интересовал его вопрос о чистом типе славянского черепа. Среди великорусских и малорусских черепов тип этот, по его мнению, не может быть найден, так как ни то, ни другое племя не может считаться чистым: первое сильно смешалось с финскими, второе – с тюркскими племенами. Он надеялся найти чистый славянский тип в черепах, считаемых за черепа вендов, – но и тут старания его остались безуспешны, так как исследованные им черепа, по всем признакам, оказались не славянского, а кельтского происхождения. В то же время Бэр не вполне соглашался и с мнением Ретциуса и Ван дер Гувена, по которому славянский череп характеризуется короткостью, относительною шириною и высотою. Исследуя черепа различнейших племен, Бэр естественно искал какого-нибудь принципа для ориентировки среди представлявшегося ему разнообразия. Поэтому он явился решительным сторонником классификации черепов, предложенной Ретциусом (долихокефалы, или длинноголовые, и брахикефалы, или короткоголовые), предсказал, что эта классификация будет иметь величайшее значение в антропологии, и дальнейшее развитие науки вполне оправдало это предсказание. В связи с методом Ретциуса он предложил систему измерения черепов, которая могла бы внести единство в терминологию краниологов.
Именно Бэр предлагает измерять в английских дюймах длину черепа, наибольшую его ширину, вышину, горизонтальный объем и теменную выпуклость в срединной плоскости и, кроме того, обозначать относительное положение большого затылочного отверстия и большее или меньшее развитие затылка. Каждый череп должен быть рассматриваем в пяти направлениях, или так называемых нормах: сзади (затылочная норма), сверху (теменная норма), спереди (лобная норма), сбоку и с основания; в лицевой части черепа должно обращать внимание на выдающееся или глубокое положение носовой спинки, ширину и форму носового отверстия, а также на развитие верхней челюсти и скуловой дуги. Эту систему краниологических измерений и наблюдений он изложил в отчете о съезде антропологов в Геттингене в 1861 году, – съезде, который был созван преимущественно стараниями Бэра. Система эта подвергалась многим изменениям, но, во всяком случае, послужила основою новейшим системам Велькера, Эби и других. «За эту заслугу, – говорит Розенберг, – Бэр мог бы быть назван Линнеем краниологии. Слава Линнея основывается на том, что он научил обозначать общепонятно, с помощью двойной номенклатуры и кратких диагнозов, любой вид животных или растений; таким образом он уничтожил путаницу в определении отдельных форм. Бэр устранил подобную же путаницу, введя свою систему, которая также есть род номенклатуры».