В обществото на Месоамерика религията била политеистична (многобожие) и се деляла на две — за висшите сановници и за народа. Първите почитали абстрактни богове, а вторите — божества, свързани с култа към природата, плодородието, животните. Според тази религия небето се крепи на четири богове — банаб, а земята е подкрепяна от змей. Небето се дели на тринадесет части, обитавани от тринадесет добри богове — Ошлахун-ти-ку. Техни антагонисти са девет зли богове от деветте подземни свята — Болон-ти-ку. Те са смъртни врагове на човека. Техен водач е богът на смъртта, наричан с различни имена — Сисан (Зловонящ), Уак Митуп Ахау (Господарят на кръговете). Хун Ахау (Принц на всички демони), Ах Пичили, Ах Пикух (Господар на преизподнята), Чум Симул (Господар на смъртта). Той е изобразяван до мъртвия труп на гола жена, яхнал богинята на Луната Ишчел или седнал на трон от кости с отрязана глава в ръце. Живее в най-ниското място (ниво) на подземния свят Шибалба или Меткал. Интересно е, че боговете от двата свята в зависимост от функциите си могат да приемат различни образи и да преминават от единия в другия свят.
Тринадесетте небеса не са разположени едно върху друго, а на стъпала, които се издигат само до седмото небе и след това слизат обратно към земята. По същия начин деветте подземни свята стигат в дълбочина само до петото стъпало и отново се издигат до земната повърхност. Едно от най-почитаните толтекски божества било Кукулкан (Пернатата змия), което майте познавали като Кецалкоатъл, а на езика киче се наричало Гукумац. Според някои учени в индианската „библия“ „Попол Вух“, Пернатата змия символизира водите на сътворението. За други това е великият владетел, жрец и цивилизатор, който през X век напуснал Тула и отишъл при майте, а впоследствие бил обожествен. След култа към Кукулкан най-разпространен бил този към пантеистичното (пантеизъм — обожествяване на природата и стихиите) божество Чак Мол — богът на дъжда, който бил почитан от всички съсловия.
Вярата на селяните била предимно анимистична (култ към плодородието). Първа в реда на божествата била богинята на плодородието Тананцин, а след нея — богът на царевицата Синтеотъл, на какаото — Ек Чуах, на гората — Кананка и др. Добре развита била и зоолатрията (обожествяване на животни) — игуаната била почитана като бог Ицамна, колибрите — като бог Уитцилопочтли. Култът към ягуара и орела също били широко разпространени.
На голяма почит били някои небесни тела (сабеизъм) между висшите сановници и жреците. Слънцето почитали като бог Ах Кин или като Киниг Ахау. Негова съпруга била Луната — богинята Ишчел. Планетата Венера обожествявали като бог Лахун Чан, а Полярната звезда — като бог Шамане. Имали и богове на занаятите, на числата и на играта пок-то-пок.
Целият този пантеон от божества бил свързан с човешките жертвоприношения, първите от които произхождат от дълбока древност и били посветени на бога Хобо. Характерна за тях била изключителната жестокост. Жреците вкарвали човека в отворен откъм гърба кух идол и запалвали огън, който горял, докато затвореният вътре се превърнел в пепел. Участниците в ритуала танцували около идола с викове. Жертвите били принасяни за омилостивяване на бог Хобо в случай на природно бедствие. При продължителна суша се извършвали жертвоприношения на бога на дъжда Чак Мол, като предимно жени били хвърляни в кладенци. Много разпространено било и жертвоприношението на бога на слънцето Ах Кин, защото се смятало, че без пускане на човешка кръв то ще изгуби силата си и ще настъпи краят на света. Когато погребвали Истинския човек, близо до гроба му била поставяна урна с прах от принесени в жертва нещастници, които да го придружават в отвъдните странствания. След играта пок-то-пок победените също били принасяни в жертва от жреците.
За жертвоприношение някои племена купували роби, а други използвали военнопленниците. Богът на войната Тескатлипока непрекъснато призовавал към войни, за да се заловят необходимите пленници. Със същата цел отделни племена се договаряли помежду си за периодично възобновяване на т.нар. цветни войни.
Обикновено жертвоприношението било извършвано по следния начин. Заключвали избрания и двадесет дни обилно го хранели. В определения ден го извеждали и поставяли на върха на храма (теокъл) на жреците. Слагали го по гръб върху каменен жертвеник и върховният жрец (чилан) разтварял гърдите му с обсидианов нож. После изтръгвал сърцето и го поднасял на идола. Трупът, който помощниците на жреца (чакове) изхвърляли надолу по стълбите, в повечето случаи бил разпределян и изяждан от вождовете и приближените им. Имало и доброволци за саможертва. Те пробивали дупки в своя език, в ушите си, мъжкия полов орган, за да пуснат повече кръв за божеството. Този ритуал е описан от мисионера Диего де Ланда — испански хронист от времето на Конквистата.