В целом схема бронирования «Шеера» выглядит мощной и более продуманной, чем на головном корабле. Обращает на себя внимание большая площадь защищенного борта в середине корпуса, где неприкрытой осталась лишь одна верхняя палуба. Единственным реальным ослаблением стала центральная полоса броневой палубы, которая, впрочем, дополнительно защищалась 50-мм верхним поясом и 40-мм броневой продольной переборкой.
Но и эта измененная схема не вполне удовлетворяла конструкторов и идеологов флота, поскольку на третьем корабле серии, "Адмирале графе Шпее", она подверглась очередной ревизии. Наиболее существенным стал возврат к более узкому поясу, который теперь возвышался над уровнем броневой палубы менее чем на 1 м, то есть был еще несколько уже, чем на «Дойчланде», не говоря уже о «Шеере». Различия в высоте пояса на "карманных линкорах" отчетливо видны на фотографиях. В уже упоминавшейся книге Брейера перепутаны и миделевые сечения «Шеера» и «Шпее»; последний якобы имеет самый широкий броневой пояс, что неверно. Но если вопрос с высотой поясной брони достаточно прояснен, то значения ее толщины в различных источниках находятся в явном противоречии друг с другом. Большинство монографий и справочников немецких авторов приводят значение 80 мм, а наиболее полная и современная книга Г.Коопа и К.П.Шмольке содержит прямое указание на то, что на последнем «броненосце» вернулись к тому же варианту, что и на «Дойчланде»: 80-мм верхний ряд плит (который к тому же стал уже) и 50-мм нижний ряд на уровне ватерлинии и ниже ее. Напротив, британский историк М.Уитли утверждает, что бортовая броня «Шпее» имела толщину 100 мм по всей высоте и длине пояса, простиравшегося от 30-го до 148-го шпангоута, заканчиваясь поперечными траверзами такой же толщины (в доказательство чего приводится копия чертежа поперечного разреза в районе кормового траверза). По его же сведениям полная схема бронирования корабля не сохранилась. Приведенные М.Уитли данные кажутся гораздо более убедительными, чем сомнительный возврат к весьма странной схеме «Дойчланда», тем более что они имеют серьезную мотивировку. Общий вес брони на "Графе Шпее" заметно увеличился по сравнению с предшественниками, достигнув 3000 т (без элементов, входящих в конструкцию корпуса) — 25 % от стандартного водоизмещения, что соответствует лучшим образцам тяжелых крейсеров последнего поколения — таким, как итальянские «Пола» и французский «Альжери». Рост веса пояса при одновременном уменьшении его ширины логически приводит к выводу о большей толщине. Косвенным подтверждением такой точки зрения служат воспоминания артиллерийского офицера «Шпее» Разенака о бое при Ла-Плате. Он пишет, что снаряд с «Эксетера» пробил 140 мм брони и взорвался на броневой палубе, что как раз соответствует 100-мм поясу и 40-мм верхней переборке. Еще одним изменением в вертикальной защите стало продление 40-мм нижней (противоторпедной) продольной переборки до внешней обшивки двойного дна.
Значительно усилилась и горизонтальная защита, общий вес ее вплотную приблизился к 700 т. Опять-таки полные данные по распределению брони отсутствуют. По наиболее распространенным немецким данным, перекочевавшим в большинство современных справочников, различия между «Шеером» и «Шпее» минимальны. В соответствии с ними центральная часть палубы между верхними продольными переборками осталась 20-мм — так же, как промежуток между верхними и нижними переборками, а единственное улучшение заключалось в расширении броневой палубы до самого борта, причем зона между нижней продольной переборкой и бортом прикрывалась 30-мм листами. Столь незначительные изменения никак не могут объяснить более чем полуторный рост веса броневой палубы, которая на «Шеере» весила 475 т. На оригинальном чертеже поперечного разреза по кормовому броневому траверзу (29-й шпангоут на изломе полубака) указана 70-мм броневая палуба. Более того, зоны между бортом и противоторпедной переборкой там же обозначены как 100-миллиметровые. Однако прироста веса горизонтального бронирования явно недостаточно для того, чтобы скомпенсировать увеличение ее толщины с 40 до 70 мм на всем протяжении, в особенности с учетом дополнительного бронирования зон у борта (30 мм). При средней ширине корпуса в районе миделя 20 м для этого требуется около 5 т на 1 м длины корабля. Наиболее вероятно, что 70-мм плиты применяли только для прикрытия от борта до борта той зоны погребов, где кончались верхние продольные переборки.