Весной 1353 года в Москву пришла чума, унесшая с собой не только митрополита Феогноста, но и великого князя Семена Ивановича.
В это время монастырская братия решила, что Сергию нужно принять священнический сан, ибо он, подобно Антонию Печерскому, игуменствовал «неофициально», не имея необходимого сана. Сергий вынужден был подчиниться и вместе с другими старцами совершил пеший переход в Переяславский Спасо-Преображенский собор, где епископ Афанасий рукоположил его в священники. За два дня Сергий прошел сразу три иерархические ступени и стал полноправным игуменом.
Благодаря вниманию Алексея, ставшего к этому моменту митрополитом, Троицкий монастырь оказался на «особом счету» у московских духовных и светских властей. Щедрые «милостыни» привели к тому, что монастырь мог, вероятно, полностью прекратить собственное земледелие, основанное на труде иноков. Однако Сергий не допускал его исчезновения, понимая огромное значение физического труда и особенно земледелия в развитии духовных качеств человека. В этой связи примечателен один случай, описанный Епифанием Премудрым.
Однажды некий поселянин пришел в монастырь, желая увидеть все собственными глазами и получить благословение Сергия, который в этот момент копался в огороде.
Монахи велели поселянину ждать, однако тот не выдержал и решил через дыру в заборе посмотреть на великого старца. Увидев невысокого инока в ветхой рясе, орудующего лопатой и напевающего при этом псалмы, крестьянин решил, что над ним просто подшутили и вместо игумена указали на последнего из монастырских послушников. «Я пришел видеть пророка, а вы мне сироту указываете», — упрекнул он монахов.
Когда Сергий узнал о приходе посетителя, то подошел к нему и, несмотря на недовольство поселянина, низко поклонился, по-братски расцеловал его и усадил рядом с собой на скамью. Крестьянин, не догадываясь о сане Сергия, стал жаловаться на братиев, которые смеются над ним и не хотят допустить к игумену.
Их разговор прервало появление некоего князя, желавшего получить благословение. Сергий вышел ему навстречу. Потрясенный крестьянин увидел, как его недавний собеседник, даже не переодевшись, ведет беседу с приехавшим. А поодаль застыли дюжие княжеские телохранители.
После отъезда князя крестьянин вновь подошел к Сергию и попросил прощения за допущенную оплошность. «Ныне познал истину о тебе, — сказал он игумену, — что слышал, то и видел».
В 1365 году митрополит Алексий, стоявший за спиной малолетнего князя Дмитрия Ивановича (будущего Донского), послал Сергия Радонежского в Нижний Новгород, чтобы тот призвал местного правителя Бориса Константиновича прекратить распрю со старшим братом, вернуть ему город и признать верховную власть великого князя Московского.
«Честь свою никому не отдам!» — ответил тот Сергию.
Игумен ушел, не благословив князя. Он потер — пел поражение в своей дипломатической миссии, но жалел своего победителя, твердо зная, что победа принесет ему только зло.
И в этом Сергий не ошибся. В конце жизни Борис Константинович выпьет до дна полную чашу унижений. Преданный своими боярами, он будет схвачен московскими воеводами и сослан в заточение в самый дальний уголок своих бывших владений, где вскоре и умрет, а дети его будут скитаться по лесам и пустыням.
Рассказы о «чудесах» Сергия, его видениях и предсказаниях стремительно распространились по всей Московской Руси. Однако сам он не хотел славы чудотворца и провидца, боялся ее тяжести. Он строго запрещал троицким монахам рассказывать посторонним о разного рода «чудесных» происшествиях и знамениях, являющихся в обители. Впрочем, уйти от мирской суеты не удавалось, люди шли к нему со всех сторон. Мог ли он отказать им в помощи?
Когда митрополит Алексий почувствовал близкую кончину, то решил, что именно Сергий Радонежский должен стать его преемником. Он вызвал его в Москву, желая сначала возвести троицкого игумена в епископский сан, а потом наречь своим наследником. Однако Сергий, провидевший, в чем состоит его предназначение, отказался наотрез. Он был пророком (в библейском понимании этого слова) и был строителем новой духовности, духовности будущего,
В начале 1380 года Сергий Радонежский имел самое знаменитое свое видение. В его келью на Маковце снизошла сама Богородица. Причем увидел он ее не духовным зрением, а воочию, наяву.
Весть об этом происшествии быстро разнеслась по Руси. В ту эпоху событие такого рода имело огромное общественное значение. Оно укрепляло веру в небесное покровительство Московской земле, а для самого Сергия стало, конечно, вершиной его земной жизни, его озарений.