Молитвенное предстательство черного и белого духовенства осуществлялось ежедневно и по нескольку раз на церковных службах. На литургии возглашалась молитва за царя и членов его семейства, за духовенство и всех православных христиан. Ежедневно читались синодики-помянники, содержавшие списки имен усопших христиан, за поминовение души которых совершалась молитва. Синодики открывались именами князей, царей и иерархов, затем перечислялись вкладчики обители или храма. В дни памяти служили панихиды и совершали трапезы в память умерших жертвователей (кормы). Поминальные практики в Средние века имели широкое распространение и большую популярность. Русские люди всех сословий, от бояр до крестьян, стремились жертвовать в монастыри с тем, чтобы там совершалось поминовение их предков, родных и самих вкладчиков. Наибольшей популярностью пользовались монастыри, прославленные своими чудотворцами и святынями: Троице-Сергиев, Кирилло-Белозерский, Иосифо-Волоцкий, Соловецкий, Чудов, Новодевичий, Симонов, ярославский Спасо-Преображенский и другие. На вкладах росло монастырское землевладение, пополнялась казна, строились и украшались храмы и другие сооружения.
К концу XV века в руках монастырей и архиереев оказалось значительное количество земель, пожертвованных чаще всего вкладами на помин души. Верховную власть такое положение не устраивало, поскольку земля пропадала для службы. В монашестве также существовали противники церковного землевладения – последователи преподобного Нила Сорского, получившие имя нестяжателей. Опираясь на нестяжательскую традицию, Иван III попытался отобрать у Церкви земельные владения. Но на церковном соборе 1503 года иерархи восстали против секуляризации, и верховной власти пришлось отступить. Церковное землевладение осталось в неприкосновенности и продолжало увеличиваться в размерах. Мощный всплеск пришелся на годы опричнины и после нее, когда бояре и дворяне, напуганные репрессиями, массово жертвовали вотчинные земли в монастыри на спасение души.
Не имея возможности изъять церковные владения, верховная власть стремилась ограничить приток земель к церковным феодалам и урезать их права. Запретительные меры принимались в 1551 («Приговор о вотчинах» на Стоглавом соборе), 1562, 1572, 1580 и 1584 годах. Были отменены налоговые льготы духовенства (тарханы), сокращены пути поступления новых владений в монастыри и установлен контроль над этим процессом со стороны государства. Однако ограничения работали недостаточно, а главное – огромные земельные владения по-прежнему оставались «втуне». Чтобы хоть как-то компенсировать это, на церковные земли были наложены налоги, а в военное время иерархи и монастыри обязали выставлять даточных людей (вспомогательное войско).
Иерархи, настоятели крупных монастырей и священники городских соборов составляли элиту духовного сословия. Помимо них, существовало немало мелких обителей, небогатых приходов на посадах и в сельской местности. На Стоглавом соборе эти представители черного и белого духовенства стали объектом жесткой критики со стороны Ивана IV, обвинившего монахов, попов и диаконов в «упивании безмерном», небрежении обязанностями, ругани, драках во время службы и «всяком безчинии». Невысоким был и уровень образованности духовенства. Церковные иерархи сетовали, что общины («земля») представляли на должность священников малограмотных и даже вовсе безграмотных кандидатов. Но какими бы ни были эти попы, они составляли единое целое с прихожанами, их избиравшими. Священник воспринимался, прежде всего, как жрец, посредник между общиной и высшими силами. Он занимал важную роль в коллективе слобожан или сельчан, участвовал в местном самоуправлении и сношениях общины с внешним миром. Плоть от плоти посада и волости, священник был активным участником мирского волнения в Смуту, что нашло отражение в сатирическом стихотворении XVII века «Поп Емеля»:
Чудеса, знамения, слухи
Средневековое сознание было насыщено мистикой. Чудеса воспринимались как естественная и необходимая часть жизни. Между духовным и материальным мирами не было границ, а сверхъестественное представало в разных видах и формах. В религиозном сознании русского средневекового человека органично уживались христианское вероучение и реликты дохристианских (языческих) представлений. Чудесные явления ангелов и святых отнюдь не отрицали чародейства и оборотней, а составляли с ними единую и вместе с тем разнообразную картину мира. В земную жизнь людей проникали малые и большие послания и посланники горнего мира и преисподней. Божественный знак, равно как и бесовская природа могли быть обретены в самых обыденных явлениях. Для понимания событий Смутного времени эти особенности мышления русского средневекового человека имеют принципиальное значение.