Младший родной брат Ивана Федор родился в 1557 году. Современники-иностранцы оставили критические отзывы о его умственных способностях и физическом здоровье. Более благосклонны к Федору Ивановичу русские авторы, подчеркивавшие «святолепное житие» государя и отмечавшие «тишину» и «благоденство» его царствования. Скорее всего, молитвенник Федор, в отличие от отца, не мог или не хотел деятельно участвовать в делах управления. Был и еще один аспект: царевич Федор женился в 1575 году на Ирине Федоровне Годуновой, но детей в этом браке до смерти Ивана Грозного так и не появилось. Продолжение рода по этой линии было под вопросом.
В 1582 году родился сын Ивана Грозного от его последней жены Марии Федоровны Нагой – царевич Дмитрий. Впоследствии оказалось, что он болен эпилепсией, однако к моменту смерти царя признаки болезни могли еще не проявиться.
Таким образом, царствующий дом сузился до двух сыновей Ивана Грозного, каждый из которых не блистал здоровьем. Современники предсказывали закат династии. Англичанин Д. Флетчер, побывавший в России в 1588 году, писал, что царский род в России, вероятнее всего, скоро прервется. Но пока это были лишь смутные предположения.
Более заметные проблемы вызревали внутри правящего сословия. После отмены опричнины в 1572 году в составе Думы и Государева двора был выделен «особый двор» («дворовые»). Часть «дворовых» ранее входила в опричнину, другие были возвышены и приближены заново. В 1584 году в Думу входили 13 земских чинов (6 бояр, 5 окольничих и 2 дьяка) и 19 дворовых (5 бояр, 2 окольничих, 10 думных дворян и 2 думных дьяков). Земские представляли старинные роды, давно и прочно укрепившиеся у трона (князья Иван Федорович и Федор Иванович Мстиславские, Никита Романович Юрьев (брат царицы Анастасии), Богдан Юрьевич Сабуров, князь Василий Юрьевич Голицын и другие). В числе «дворовых» оказались аристократы-князья Федор Михайлович Трубецкой, Иван Петрович Шуйский и Василий Федорович Скопин-Шуйский, однако большинство принадлежали опричным любимцам царя Ивана. Это были Дмитрий Иванович, Борис Федорович и Степан Васильевич Годуновы, Федор и Афанасий Федоровичи Нагие, Богдан Яковлевич Бельский (оружничий), Роман Васильевич Алферьев (печатник), Василий Григорьевич Зюзин, Деменша Иванович Черемисинов, Роман Михайлович Пивов, Михаил Андреевич Безнин и другие. Между двумя «партиями» распределялись и носители дворцовых должностей. К земским принадлежали дворецкий князь Федор Иванович Хворостинин, казначей Петр Иванович Головин, вероятно, ловчий Д. А. Замыцкий; к «дворовым» – кравчий князь Дмитрий Иванович Шуйский, постельничий Истома Осипович Безобразов, стряпчий с ключом Семен Владимирович Безобразов, ясельничий Елизарий Шемякин Благой. Дьяки разделялись следующим образом: влиятельные бюрократы Андрей и Василий Яковлевичи Щелкаловы входили в земскую часть Думы, а Андрей Васильевич Шерефединов, и, вероятно, Савва Фролов – в дворовую.
Земские бояре, натерпевшиеся страху в годы опричнины и после нее (например, в 1575 году на двор князя Мстиславского метали головы казненных на Соборной площади в Кремле), естественно, не питали теплых чувств к бывшим опричникам. А те, в свою очередь, понимая слабость своих местнических позиций, готовились защищаться.
Опричная рознь не ограничивалась старыми счетами внутри правящего сословия. Страшный опыт братоубийства, преподанный Иваном Грозным своим подданным, оказал разлагающее влияние на общество. Великий историк Сергей Михайлович Соловьев писал, что опричнина явилась предтечей междоусобиц Смутного времени: «водворилась страшная привычка не уважать жизни, чести, имущества ближнего». Опричные расправы вернули Российское царство к временам удельной розни, вновь разделив страну на «своих» и «чужих», перечеркнув объединительные усилия царя и его сподвижников 1540–1550‐х годов.
Травматический психологический опыт, который принесла опричнина в русское общество XVI века, усугублялся еще одной острой проблемой – страшным разорением крестьян.