К Годуновым и Юрьеву примкнули дьяки Щелкаловы, возглавлявшие важнейшие Посольский и Разрядный приказы.
Их противники составляли аристократическую «партию». Князь И. Ф. Мстиславский служил почти 40 лет. Был воеводой при взятии Казани и в ливонских походах. В годы опричнины царь казнил его тестя, князя А. Б. Горбатого, и не раз угрожал расправиться с самим Мстиславским. Вероятно, того спасали родство с династией, первостатейная знатность и полная лояльность. С 1571 года Мстиславский возглавлял земскую Боярскую думу. На его дочери был женат царь Семен Бекбулатович, номинальный правитель Московского государства в 1575–1576 годах, затем – великий князь тверской. Единственный сын князя И. Ф. Мстиславского Федор Иванович входил в Думу с 1576 года в чине боярина. Князья Мстиславские являлись богатейшими аристократами, владели почти на правах удела Юхотской волостью в Ярославской земле и множеством других земель.
Глава клана Шуйских князь Иван Петрович представлял собой значимую и влиятельную фигуру. Князья Шуйские, потомки удельных суздальских князей, являлись второй после московских князей по старшинству линией в потомстве Ярослава Всеволодовича. Иностранцы называли Шуйских принцами крови. Они занимали первые места у трона во времена Ивана III и Василия III, а в малолетство Ивана IV составляли влиятельную боярскую «партию», которую некоторое время возглавлял дед И. П. Шуйского князь Иван Васильевич Шуйский. К политической борьбе князь Иван Петрович был предопределен происхождением. Храбрый и деятельный человек, он приобрел всероссийскую славу, возглавив героическую оборону Пскова от превосходящих сил короля Стефана Батория.
Как и Годуновы, Шуйские в первые годы правления царя Федора Ивановича пополнили Думу своими сторонниками. Боярами стали князья Василий, Андрей и Дмитрий Ивановичи Шуйские, а также близкий к этому семейству Ф. В. Шереметев. Казначеями были Головины, «доброхоты» Шуйских. Аристократическая группа бояр также пополнилась князьями И. М. Воротынским и А. П. Куракиным. Князья Шуйские, помимо думных чинов, удостоились щедрых пожалований: князь Иван Петрович получил «в кормление» Псков с правом сбора пошлин и кабацких доходов, князь В. Ф. Скопин-Шуйский – Каргополь, а князь Д. И. Шуйский – Гороховец.
Сложение этой конфигурации происходило параллельно с началом схватки за власть. Первый удар Годунов нанес по Головиным осенью 1584 года. Было возбуждено дело о казнокрадстве, по приговору Думы казначей П. И. Головин лишился должности и был приговорен к казни, которую заменили ссылкой. По дороге в ссылку Петра Головина убили, его брат Михаил бежал в Литву, а родич, окольничий Владимир Васильевич, оказался в опале. Других представителей рода выслали на воеводство в окраинные города.
Следующей жертвой стал престарелый князь И. Ф. Мстиславский. «Новый летописец» сообщает о его насильственном пострижении в Кирилло-Белозерском монастыре. Летом 1585 года он побывал на богомолье на Соловках, а оттуда поехал в Кириллов, где постригся с именем Ионы. В поздних источниках распространена версия об опале Мстиславского, якобы готовившего убийство Годунова. Однако пожилой боярин мог удалиться в монастырь и по собственной воле, а козни Бориса поздние авторы видели везде. Главой Думы вместо отца стал князь Федор Иванович, не отличавшийся честолюбием и политическими амбициями.
Князья Шуйские решились упредить Годунова и составили заговор. Они планировали обратиться к царю Федору с челобитьем,
чтобы ему государю вся земли державы царьские своея пожаловати приятия бы ему второй брак, а царицу первого брака Ирину Федоровну пожаловати отпустити в иноческий чин, и брак учинить царского ради чадородия («Хронограф» 1617 года).
Развод царя должен был лишить Годунова власти и изменить соотношение сил при дворе. Шуйским удалось привлечь на свою сторону главу Церкви митрополита Дионисия и князя Ф. И. Мстиславского, сестре которого прочили роль новой царицы. Поддержали князей Шуйских и московские посадские люди. В мае 1585 года в столице произошли какие-то волнения, и Годуновых якобы хотели «побить каменьями».