Расправившись с оппозицией, Годунов сумел сохранить хорошие или нейтральные отношения с боярами и придворными чинами. Это позволило ему осуществлять правительственные мероприятия, не встречая возражений в боярской среде. Другой важной составляющей компромисса в верхах стал союз Годунова с дьяками Щелкаловыми, старший из которых, Андрей Яковлевич, возглавлял Посольский приказ и Приказ Казанского дворца, а младший, Василий Яковлевич, – Разрядный приказ (возможно, также Судной и Пушкарский приказы). Им также подчинялись в налоговом отношении значительные территории, в основном Север и Сибирь. Два брата контролировали большую часть административного управления Московского царства.
Осведомленный современник, голландский купец Исаак Масса так отзывался о совместной деятельности Годунова и Щелкаловых по управлению страной:
Борис вершил все дела государства, и кроме того был в Москве думный дьяк Андрей Щелкалов, он был такой пронырливый, умный и лукавый, что превосходил разумом всех людей; Борис был весьма расположен к этому дьяку, как необходимому для управления государством, и этот дьяк стоял во главе всех дьяков во всей стране, и по всей стране и во всех городах ничего не делалось без его ведома и желания, и, не имея покоя ни днем, ни ночью, работая, как безгласный мул, он еще был недоволен тем, что у него мало работы и желал еще больше работать…
Влиятельный дьяк именуется в иностранных сочинениях канцлером.
Соработничество с А. Я. Щелкаловым длилось долго, но прекратилось в 1594 году, когда тот попал в опалу (по не вполне ясным причинам) и удалился в монастырь. Его место во главе Посольского приказа занял брат Василий, который, впрочем, играл менее значимую роль в управлении, чем его брат.
Внутренняя политика правителя была направлена на преодоление хозяйственного кризиса и оздоровление экономики. Одним из ее важнейших составляющих стали меры по ограничению крестьянского перехода и упрочение практики сыска беглых крестьян. Как уже говорилось выше, закрепощение было распространено и на посады. Однако правитель действовал не только кнутом. В 1589 году общая сумма платежей с сельскохозяйственных территорий уменьшилась в три раза – с 32–38 рублей с сохи (податная единица) до 12 рублей. Русские дипломаты за рубежом хвалились тем, что Борис Годунов «что ни есть земель своего государства все сохи в тарханех учинил во льготе, даней никаких не емлют, ни посох ни х какому делу». (Тарханами именовались налоговые льготы, посохой – повинность крестьян по выполнению строительных работ и перевозке различных грузов.) Результатом стало постепенное восстановление сельского хозяйства и увеличение распаханных земель. Впрочем, из‐за общего обнищания восстановление земледельческой экономики в центре, на севере и северо-востоке страны шло медленно. До конца XVI столетия она балансировала на грани кризиса и потому испытала тяжелейший удар во время неурожаев в 1601–1603 годах.
Но даже этого было достаточно для того, чтобы достичь значительных результатов по укреплению обороноспособности, территориальному расширению и повышению дипломатического престижа Российского царства. Контраст по сравнению с последними десятилетиями правления Ивана Грозного показывает, насколько благотворна для страны смена правительственного курса с бессмысленного террора и военных авантюр на заботу о государственных интересах и нуждах подданных.
Впечатляют масштабы строительства крепостей на юге и востоке страны, осуществлявшегося в тесной связи с крестьянской и военно-служилой колонизацией этих территорий, направляемой государством. На юге были основаны Ливны (1586), Воронеж (1586), Елец (1592), Кромы (1594) и Белгород (1596), Оскол (1596) и Курск (1596), отремонтирован Тульский каменный кремль, перестроены деревянные укрепления Дедилова, Данкова, Епифани, Венёва. В эти же годы активно ведется строительство деревянно-земляных укреплений (засечных черт) к югу от Оки. В Поволжье на месте ордынских и казанских городов были поставлены Самара (1586), Царицын (1589), Саратов (1590), перестроены каменные стены в Казани и Астрахани. В Марийском крае выстроили Царевококшайск (1584) и Уржум (1594/1595), в Башкирской земле – Уфимский острог (1586).
Годунов особенно покровительствовал каменному строительству. В последний год жизни Ивана Грозного в Москве был создан Каменный приказ. В правление Федора Ивановича и Бориса Годунова разворачивается активная деятельность этого учреждения, ведавшего сооружением крепостей по всему государству. Помимо крепостного строительства на окраинах, в эти годы были сооружены огромная Смоленская крепость (1595–1602), стены Белого города (1586–1591), а позднее – Деревянного города (1591–1592) в Москве. В посольских документах строительная деятельность правителя восхвалялась в таких выражениях: