Как городы каменные на Москве и в Астрахани поделал, так всякое украшение многое устроил по всем городам, на Москве, и по всем по большим государствам <…>, а городовые дела всякие делают ис казны наймом, а плотников устроено больше тысячи человек, да тех по всем городам и посылают.
И если Посольский приказ в этом случае приукрашивал, то ненамного.
Незадолго до смерти Ивана Грозного из Сибири от атамана Ермака прибыл Иван Кольцо с известием о разгроме хана Кучума и захвате его столицы. Царь милостиво принял казацкого посланника и направил на помощь Ермаку отряд в 300 стрельцов под командованием князя Семена Болховского. Стрельцы прибыли в Сибирь в 1584 году, но в первую же зимовку из‐за отсутствия припасов «померли з голоду». Умер и воевода Болховский. Отряд Ермака пережил зиму, но постепенно таял в стычках с татарами. В ночь с 5 на 6 августа 1585 года погиб и сам атаман. Его сподвижники атаман Матвей Мещеряк и голова Иван Глухов с сотней оставшихся в живых участников похода покинули Сибирь. Они не знали о том, что на помощь им движется воевода Иван Мансуров с отрядом в 700 человек и достаточным количеством припасов. Прибыв в опустевший Кашлык (бывшую столицу Кучума), Мансуров не стал здесь останавливаться, опасаясь татар, а ушел вверх к Оби, где построил Обский городок (1585) и выдержал осаду хантов. Эти события в дипломатической документации были показаны как значительное достижение: «и на Оби на усть Иртыше тут город те государевы люди поставили и сидят по тем городам и дань с тех земель емлют на государя».
Но дела обстояли не столь гладко: Мансуров не смог закрепиться в Сибири и весной двинулся в обратный путь. Однако начало было положено, и государство активно включилось в завоевание Сибири, осознав выгоду масштабного промысла пушнины и ее продажи в Западную Европу. В 1586 году воеводы В. Б. Сукин и И. Н. Мясной пришли в Сибирь и основали Тюменский острог, в следующем году прибыл голова Д. Г. Чулков, построивший Тобольск в 15 верстах от Кашлыка. В 1593 году были поставлены Пелым, Обдорск и Березов, в 1594 году – Сургут и Тара, в 1595 году – Обдорск, в 1596 году – Кеть, в 1598 году – Нарым и Верхотурье. Таким образом, к концу правления Федора Ивановича значительная часть Западной Сибири была покорена. В правление царя Бориса этот процесс был завершен: в 1601 году основана Мангазея, а в 1604 году – Томск.
Освоение Сибири, организация ясачного обложения местного населения (ясак – налог пушниной), отправка в Сибирь воевод и служилых людей, организация пушной торговли с Западом находились в ведении братьев Щелкаловых. Андрей Яковлевич руководил Приказом Казанского дворца, которому подчинялась территория Сибири, и Посольским приказом, через который пушнина попадала в Европу, а Василий Яковлевич во главе Разрядного приказа направлял воинские силы в Сибирь.
Параллельно с военным завоеванием правительство организовывало земледельческую колонизацию Сибири, стремясь, как и на юге, обеспечить гарнизоны продовольствием. В 1590 году царским указом в Соль Вычегодскую были направлены 30 крестьянских семей со всеми необходимыми припасами, сельскохозяйственным инвентарем и скотиной. Каждому переселенцу выдавалось от государства на подъем 25 рублей. В 1596 году правительство направило в Тюмень «послужные» деньги, поощрение местным жителям, в том числе за распашку новых земель. Таким образом, освоение Сибири, как и укрепление рубежей и колонизация на юге страны и в Поволжье, представляли собой продуманную программу. В ее разработке и реализации виден государственный ум Бориса Годунова.
Во внешней политике этого периода главными событиями стали учреждение патриаршества в 1589 году, война со шведами (1590–1593) и отражение набега Казы-Гирея на Москву в 1591 году.
Возведение главы Русской церкви в сан патриарха стало итогом сложной дипломатической комбинации, которую осуществили Б. Ф. Годунов и А. Я. Щелкалов. Значительным было участие царя Федора Ивановича и царицы Ирины Федоровны. Царская чета отличалась особым даже по тому времени благочестием и приверженностью к Церкви, питавшимися семейным несчастьем – отсутствием детей.
Переговоры об учреждении патриаршества в России начались в 1586 году, когда в Москву приехал антиохийский патриарх Иоаким. На два года дело заглохло. Вселенские патриархи не хотели создавать новую патриархию в Московии, однако не могли они обойтись и без щедрой милостыни русского царя. Летом 1588 года в Россию прибыл константинопольский патриарх Иеремия. В Москве сделали вывод из истории с Иоакимом, который обещал переговоры с другими патриархами, но так ничего и не сделал, и перешли к более решительным мерам. Иеремию торжественно встретили и одарили, но потребовали от него учреждения патриаршества в России. Долго сопротивляясь уговорам, константинопольский владыка наконец изъявил желание стать русским патриархом. На это ему предложили удалиться в провинциальный Владимир: