Будет похочет быти в нашем государстве цареградский патриарх Иеремия, и ему быти патриархом в начальном месте во Володимире <…>; а не похочет <…> быти в Володимере, ино на Москве учинити патриарха из московского собору.
Годунов и его советники понимали, что пребывание самого Иеремии на патриаршестве в России не решит проблему – этот прецедент завершился бы с кончиной константинопольского владыки, не став традицией. Годунову также было важно сохранить во главе Церкви верного союзника митрополита Иова. Патриарха Иеремию томили в почетном заточении несколько месяцев, пока наконец его не удалось склонить провести церемонию поставления Иова в патриархи (26 января 1589 года). По этому случаю была составлена «Уложенная грамота об учреждении в России патриаршего престола», провозглашавшая Москву Третьим Римом, который «благочестием всех превзыде», а царя Федора Ивановича – единственным христианским царем во вселенной. Патриаршество Иова стало подлинным триумфом годуновской дипломатии. Правителю удалось потрафить всем: царю, патриарху, духовенству (после патриаршества были учреждены новые митрополии, архиепископии и епископии), благочестивым книжникам. Обижены были только греки, которые справедливо считали, что их обвели вокруг пальца. Но горечь удалось скрасить неимоверно щедрой милостыней. В мае 1590 года на соборе с участием антиохийского и иерусалимского патриархов была утверждена русская патриархия, которой отныне принадлежало пятое место в иерархии православных церквей.
Другие успехи были достигнуты силой оружия. В январе 1590 года началась война со Швецией, был взят Ям, ранее захваченный шведами в ходе Ливонской войны. Царь возглавил поход к крепости Нарва (в русских источниках она именуется Ругодив), а общее руководство осадой вел Борис Годунов. В ругодивском походе принял участие цвет московской аристократии – члены Думы и двор. Артиллерийский обстрел и жестокий штурм не привели к успеху. Однако шведы понесли столь существенные потери, что комендант Нарвы согласился на перемирие с условием возвращения России городов Ям, Копорье и Ивангород. Вероятно, руководящая роль Годунова повредила делу, поскольку он не имел ни военного опыта, ни полководческих талантов. Однако результаты похода оказались благоприятными и были впоследствии закреплены условиями Тявзинского мира (1595). Дальнейшее продвижение в северном направлении сдерживалось опасениями вступления в войну Речи Посполитой, где в 1587 году королем стал сын шведского монарха Юхана III – Сигизмунд III Ваза. В 1592 году, после смерти отца, он принял также и шведскую корону. Еще одна угроза появилась в это время с юга – со стороны Крыма.
С конца 1570‐х годов Крымское ханство сотрясали внутренние усобицы. В 1585 году из Крыма выехал «на царское имя» царевич Мурад-Гирей, сын хана Мухаммад-Гирея II. Царевич был принят государем, затем направлен в Астрахань, чтобы «промышлять над Крымом, а взем Крым, сести ему в Крыму царем, а служити ему царю и великому князю». План нельзя назвать реалистичным, однако как угроза для Крыма царевич был полезен. Мурад-Гирей вел переговоры с ногайскими мурзами, привлекая их на сторону России. Закончилась эта история неожиданно: весной 1591 года Мурад-Гирей и часть его семьи умерли – возможно, были отравлены.
«Новый летописец» сохранил красочное повествование о том, как в Астрахань был послан для «розыска» думный дворянин Е. М. Пушкин, который велел пытать пойманных «ведунов» и при помощи некоего знающего «арапа» добился признания. Оказалось, что пытать ведунов нужно было иначе, чем обычных людей: засунуть в зубы конские удила, подвесить и бить не по телу, а по стене напротив. После пытки ведунов сожгли в поле, куда слетелось множество сорок и ворон, которые пронзительно кричали, пока жгли чародеев.
С 1588 года в Крыму сел на престоле Казы-Гирей, носивший говорящее прозвище Бора (штормовой ветер). Ему удалось восстановить порядок и привлечь на свою сторону часть ногаев, которые ранее приняли сторону России. В 1591 году хан Казы-Гирей совершил поход на Москву, согласно «Новому летописцу», по согласованию со шведским королем. Известие о походе крымцев было получено в июне. По словам перебежчика, с крымским ханом шли «прямо на Москву» «воинских людей со сто тысеч». Поначалу намеревались встретить хана у Серпухова, затем войска с береговой линии были стянуты к Москве. Во главе армии были поставлены князь Ф. И. Мстиславский и конюший Б. Ф. Годунов. Армия расположилась к югу от столицы, укрепившись обозами и выставив гуляй-город – подвижную крепость, в которой сидели стрельцы. Утром 4 июля появились татары, разбившие лагерь рядом с селом Коломенское. Состоялись стычки, но до крупного сражения дело не дошло. Ночью, «за час до света», татары внезапно обратились в бегство, «с великим страхованием и ужасом». Есть сведения, что бегству предшествовала ложная тревога в русском лагере: решив, что крымцы идут в атаку, русские стали стрелять изо всех пушек, что, в свою очередь, вызвало панику в стане противника.