Гибелта на А-1 показала още един сериозен конструктивен недостатък на първите подводници — липсата на втори люк между рубката и корпуса. Ако имала такъв люк, аварията в резултат на сблъскването на А-1 с лайнера не би се превърнала в катастрофа. Оттогава всички проекти за подводници предвиждат и втори — долен, люк, който задължително се затваря при потапяне и се държи затворен по време на цялото подводно плаване.
Американската подводница „Порпойз“ потънала на 22 август 1904 г. на дълбочина 40 метра, а имала гранична дълбочина на потапяне само 30 метра. Причината била постъпване на извънбордна вода през неизправен клапан. Командата успяла с помощта на ръчни помпи да отстрани водата от баластните цистерни и подводницата благополучно изплавала, макар и с продължаващ, но за щастие малък теч.
През октомври 1906 г. френската подводница „Лютин“ потънала на дълбочина 36 метра на рейда на Бизерта, където година по-рано загинала еднотипната й „Фарфаде“.
Подводницата излязла от базата в морето за учебни стрелби и потапяния. Съпровождал я влекач. След две успешни потапяния „Лютин“ изплавала на повърхността и командирът съобщил на влекача, че следващото потапяне ще бъде по-продължително. Обаче малко след това подводницата изплавала със силен диферент на кърмата, а минута-две по-късна отново се потопила.
Командирът на влекача разбрал, че е свидетел на нещастие, и съобщил за това в базата. На мястото на катастрофата пристигнали два миноносеца и датски спасителен кораб, намиращ се по това време в Бизерта. Оперативно започналото търсене се увенчало с успех едва на третия ден, когато водолазите открили на дъното загиналата подводница. След четири дни успели да подведат сапани и след още пет дни да я издигнат на повърхността с помощта на два плаващи дока.
Водолазният оглед на дъното и проучванията на останките позволили да се изясни вероятната причина за, катастрофата. В момента на третото потапяне на подводницата се оказал отворен кингстонът на кърмовата диферентовъчна цистерна, под талерката на който било попаднало камъче колкото орех (как се е оказало там, не успели да разберат). При потапянето налягането на водата нарушило херметичността на преградата на тази цистерна, която не била предвидена за максималната дълбочина (цистерната е разположена вътре в здравия корпус). В корпуса започнала да постъпва вода. По заповед на командира било извършено аварийно изплаване, но твърде рано бил отворен входният люк. Подводницата потънала в резултат на наводняването през отворите в преградата на кърмовата диферентовъчна цистерна и през люка. От 14-те члена на екипажа никой не успял да се спаси.
През септември 1908 г. в аварийна ситуация се оказала руската подводница „Карас“. При потапянето близо до Либава (Лиепая) диферентованата подводница след запълване на баластните цистерни получила неголям (около шест градуса) диферент на кърмата. Прехвърлянето на вода от кърмовата диферентовъчна цистерна към носовата не успяло да изравни диферента. Също така неуспешен бил и опитът да се изравни диферентът на ход чрез преместване на хоризонталните кормила.
Като се надявал, че все още може да отстрани диферента, командирът спрял хода и заповядал да се приеме допълнителен баласт в носовата диферентовъчна цистерна. Случило се това, което трябвало да се случи: подводницата получила отрицателна плавателност и легнала на грунта. Бедата не идва сама. Не успели да изхвърлят допълнително приетата вода поради счупване на отводнителна помпа. При продухване на цистерните от главния баласт въздухът под налягане започнал да изтича в корпуса през един неизправен предпазен клапан. И едва след освобождаването на отделящите се баластни килове, предвидени в случай на авария, подводницата успяла да изплава.
Повредите се оказали, общо взето, леки: били счупени двата гребни винта, смачкана обшивката на лекия корпус и загубени три от четирите оловни отделящи се баластни килове.
След изплаването се установило, че причината за диферента било навлизане на вода през незатворен клапан на газоотводите и цилиндрите на двата бензинови двигателя. Предвиденото за такива случаи пробно кранче за наличност на вода в газоотводите не показвало нищо, тъй като било запълнено с нагар и мръсотия (което ставало рядко, но често довеждало до авария).
Неизправност в извънбордния клапан станала причина за авария през 1910 г. на японската подводница №6. На 15 април по време на учение близо до Куре (град на остров Хонсю) подводницата се потопила и не изплавала. Спасителните кораби я намерили на следващия ден привечер. Извадили я на повърхността. В отсеците имало 14 загинали подводничари, всички на своите бойни постове. По намерения отчет, оставен от командира, заключили, че подводницата загинала поради постъпване на вода в здравия корпус през неизправен извънборден клапан. От удара в дъното се появил допълнителен теч в корпуса. Опитите на личния състав да изпомпи водата, да прекъсне постъпването на вода или да продуха баластните цистерни останали безуспешни. Когато водата заляла акумулаторите, започнало отделяне на хлор, което ускорило гибелта на подводничарите.