Морхауз приказал взять «Марию Целесту» на буксир и днем 13 декабря 1872 года прибуксировал судно в Гибралтар.
Оба парусника борт к борту были поставлены на якоря, а Морхауз немедленно представил властям рапорт. Он изложил дело так, как было описано выше, и потребовал премии за спасение «Марии Целесты».
Прокурор Салли Флуд занялся расследованием. Из Нью-Йорка сообщили, что «Мария Целеста» вышла 4 ноября 1872 года в Геную под командованием Бенджамина Бриггза с грузом коньячного спирта. Затем бригантине предписывалось посетить другие порты Италии. Команда судна была укомплектована полностью. Список членов экипажа прилагался. Эти скупые данные не пролили света на загадочные обстоятельства исчезновения экипажа бригантины. Ничего не дал следствию и тщательный осмотр судна. Было лишь установлено, что корпус бригантины находился в хорошем состоянии. Этот факт исключал предположение, что судно было покинуто командой во время шторма.
Еще в начале следствия прокурор Салли Флуд пришел к убеждению, что на «Марии Целесте» взбунтовался экипаж. Он окончательно уверился в этом, когда на судне нашли шпагу с бурыми пятнами на острие. Такими же пятнами была покрыта в некоторых местах и палуба. «Это кровь», — заявил прокурор.
Однако анализ показал, что это обыкновенная ржавчина или следы вина. «В носовой части погнут фальшборт», — сообщил один из проводивших расследование. «Результат обычного воздействия шторма», — осмотрев поврежденные места, заключил инспектор по мореплаванию. Салли Флуд настаивал на своем: бунт. В результате следствие не сдвинулось с мертвой точки.
Морхауз с нетерпением ожидал вознаграждения. Он настойчиво напоминал о своем праве. Наконец 26 марта 1873 года морской трибунал определил величину причитающейся ему премии в размере одной пятой стоимости бригантины, то есть 1700 фунтов стерлингов.
«Мария Целеста» была возвращена судовладельцу и продолжала плавать, хотя все время возникали трудности с набором команды. Дурная слава прочно закрепилась за судном, и моряки неохотно нанимались на бригантину. Казалось, что какой-то рок преследует несчастный парусник. В 1885 году «Мария Целеста» погибла, и тоже при весьма загадочных обстоятельствах. В отличную погоду бригантина наскочила на подводные скалы около Гаити и затонула. Катастрофа выглядела столь необычной, что капитана обвинили в умышленной аварии для получения страховки. Однако незадолго до судебного процесса он умер.
Гибель «Марии Целесты» не прекратила толков об ее истории. Наоборот, необычайные обстоятельства катастрофы парусника подлили масла в огонь, послужили источником возникновения многих, порой фантастических гипотез об исчезновении экипажа судна. Вновь появились охотники раскрыть тайну бригантины.
Еще в 1873 году испанские рыбаки наткнулись на плот с разложившимися трупами. Это дало повод предположить, что на плоту находились моряки с «Марии Целесты». Однако никаких доказательств получить не удалось.
Журналисты, писатели, детективы, специалисты в области мореплавания пытались раскрыть тайну происшедшего. Приходя к различным выводам и делая весьма необычные заключения, они все же не смогли найти сколько-нибудь убедительной версии.
История «Марии Целесты» привлекла внимание Конан-Дойля. Создатель образа Шерлока Холмса предложил свою версию — на судно было совершено нападение:
«…Едва я поставил ногу на шканцы, как на меня набросились сзади, повалили на спину и затонули рот платком. Я боролся как мог, но веревка быстро и крепко обмоталась вокруг моего тела, и я почувствовал, как меня привязали к одной из лодок. Я не мог защищаться, а во избежание каких-либо попыток сопротивления мне приставили нож к горлу. Ночь была так темна, что я не мог рассмотреть, кто же напал на меня…».
«…В тишине ночи я услышал глухой стон, затем несколько всплесков. Это все, что я знаю о судьбе моих товарищей. Почти немедленно вслед за этим большая лодка последовала за нами, и покинутое судно было оставлено качающимся на волнах. Виден был только мрачный, похожий на привидение корпус корабля».
В талантливом изложении писателя вся история звучала столь убедительно, что читающая публика приняла художественный вымысел за правду. Некоторые газеты вышли с шапками: «Тайна «Мария Целеста» раскрыта!»
Были и другие объяснения, другие гипотезы.
— Команда заметила приближающийся гигантский смерч и в панике покинула судно на шлюпке. Смерч настиг бригантину, сорвал люковые крышки, порвал паруса и залил ее водой. Шлюпка была опрокинута. Команда судна погибла.