Екатерина поняла неискренность «чистосердечного» раскаяния Радищева, но сделать с ним что-нибудь было невозможно. Пришлось довольствоваться обильными комплиментами, «слезами раскаяния», сознанием власти над врагом.
Екатерина энергично руководила делом, держала в руках все его нити, от нее исходили все распоряжения, по ее настоянию производилось оно с необычайной для того времени быстротою.
24 июля — приговор. Палата указывает, что показания Радищева на следствии опровергаются его книгою, а потому приговаривает его к лишению чинов и дворянства, отобранию ордена и к смертной казни.
Так как по закону дворянин не мог быть лишен жизни без утверждения сената и санкции императрицы, дело переходит в сенат, где и рассматривается 1 — 7-го августа. Решающий протокол сената несколько запутан. Утвердив приговор уголовного суда, сенат указывает, что на основании закона 1754 г. Радищева следовало бы наказать кнутом и, заковав в кандалы, сослать «в тяжкую работу». Но так как согласно «жалованной грамоте дворянству» телесное наказание не может коснуться дворянина, то «до вышеупомянутого о смертной казни указа, заклепав в кандалы, сослать в. каторжную работу… в Нерчинск для того, дабы таковым его удалением отъять у него способа к подобным сему предприятиям».
По существу это была отмена приговора палаты, так как едва ли стоило преступника посылать в Нерчинск ожидать смертной казни для того, чтобы потом привезти ее в исполнение в Петербурге.
Екатерина так и поняла приговор и обиделась. Она выслушала доклад сената «с приметною чувствительностью» и приказала пересмотреть дело в совете.
19 августа на заседание совета явился Безбородко, объявивший указание императрицы, что в докладе сената «выписаны все законы, кроме присяги, противу коей подсудимый преступником явился; причем объявил что ее величество презирает все, что в зловредной его Радищева книге оскорбительного особе ее императорского величества сказано». Выслушав такое недвусмысленное напоминание, совет отменил приговор сената и приговорил Радищева к смертной казни.
Основное, что мучило Радищева в течение двух с лишним месяцев, когда он ожидал решения своей участи, была мысль о детях. Они оставались круглыми сиротами. Мать их умерла в 1783 г. Объявление отца государственным преступником должно было сказаться на их будущем. Глубокой скорбью и заботой исполнено завещание Радищева, написанное после того, как был вынесен приговор уголовной палаты.
Уголовная палата вынесла смертный приговор Радищеву 24 июля 1790 г… Совет утвердил его 19 августа. Екатерина заставила «преступника» ждать смерти еще две недели. И только 4 сентября именной указ императрицы возгласил о высочайшей «милости». По случаю заключения мира со Швецией смертная казнь была заменена Радищеву десятилетней ссылкой в Илимский острог с лишением чинов, ордена, дворянского достоинства.
10 сентября Радищева, скованного, в «гнусной нагольной шубе», взятой тут же у какого-то солдата, под «крепчайшей стражею» отправляют в Сибирь.
Радищев выехал из Петербурга больной. Кандалы, крепкая стража и плохая одежда едва ли могли способствовать его выздоровлению. Да и вообще трудно предположить, чтобы путь в 6788 верст, совершаемый в таких условиях, без каких бы то ни было необходимых вещей мог пройти благополучно. «Милость» императрицы по существу обрекала его на смерть.
Случилось однако то, чего не могла ожидать императрица. На помощь Радищеву пришло общественное мнение лучшей части русского дворянства в лице графа А. Р. Воронцова.
Воронцов знал Радищева на протяжении многих лет как неподкупного честного человека. Не сочувствуя выводам, которые делал Радищев, Воронцов не мог не согласиться со справедливостью наблюдений Радищева. Аристократ, один из крупнейших в стране вельмож, он решил силою связей помочь Радищеву.
Уже на другой день после отправки Радищева Воронцов отправил письмо и деньги тверскому губернатору Осипову с просьбой облегчить по возможности дальнейший путь Радищева, купить ему необходимую для дороги одежду, обувь, пищу и поручить тому, на кого будет возложено везти Радищева в дальнейший путь, обращаться с арестованным человеколюбиво. Подобные этому письма Воронцов послал нижегородскому, пермскому и иркутскому губернаторам, что в значительной степени облегчило судьбу Радищева.
В марте 1791 г. в Тобольск, где Радищев задержался вследствие болезни, приехала Елизавета Васильевна Рубановская и привезла двух младших детей.