В случае совершения харакири самураем, стремящимся предупредить наказание со стороны властей или главы клана, по собственному усмотрению или решению родственников, семья буси не лишалась его имущества и доходов, а самоубийца добивался оправдания перед судом потомства и заслуживал почетного погребения. Выполнение же харакири как особого вида наказания, налагаемого за преступление, влекло за собой конфискацию имущества.
Обычно в дом к провинившемуся (перед господином или властями) самураю являлся чиновник, который показывал ему табличку с приговором к харакири. После этого должностное лицо, принесшее приговор, и сопровождающие его слуги могли оставить осужденного дома или же отдать под надзор какого-либо дайме, который становился ответственным за самурая, приговоренного к сэппуку, и за то, чтобы тот не избежал наказания, обратившись в бегство.
В соответствии с кодексом харакири незадолго до церемонии самоубийства происходило назначение лиц, ответственных за проведение процедуры вскрытия живота и для присутствия при этом акте сэппуку. При этом же выбиралось место для исполнения обряда, которое определялось в зависимости от официального, должностного и социального положения приговоренного. Приближенные сегуна — дайме, хатамото и вассалы дайме, имевшие командирский жезл, производили сэппуку во дворце, самураи низшего ранга — в саду дома князя, на попечение которого был отдан осужденный. Харакири могло состояться и в храме. Помещение храма или часовни иногда нанимали чиновники для совершения харакири в том случае, если приказ на сэппуку приходил во время путешествия. Этим объясняется и наличие у каждого путешествующего самурая особого платья для харакири, которое буси всегда имели при себе.
Для обряда, совершавшегося в саду, сооружалась загородка из кольев с натянутыми на них полотнищами материи. Огороженная площадь должна была равняться примерно 12 кв. м, если сэппуку выполняло важное лицо. В загородке имелось два входа: северный (умб ммон) (перевод его названия — «дверь теплой чашки» — остается пока необъяснимым) и южная — «вечная дверь» (или сюгиемон — дверь упражнения в добродетели). В некоторых случаях загородка делалась без дверей вообще, что было более удобно для свидетелей, которые наблюдали за происходящим внутри. Пол в загороженном пространстве застилался циновками с белыми каймами, на которые укладывали полоску белого шелка или белый войлок (белый цвет считается в Японии траурным). Здесь же иногда устраивали подобие ворот, изготовленных из бамбука, обернутого белым шелком, которые походили на храмовые ворота; вешали флаги с изречениями из священных книг, ставили свечи, если обряд производился ночью, и так далее.
При подготовке церемонии харакири в помещении стены комнаты драпировались белыми шелковыми тканями. То же делалось и с внешней стороной дома осужденного — она обвешивалась белыми, полотнищами, закрывавшими цветные щиты с вышитыми на них фамильными гербами.
Накануне исполнения обряда, если осужденному было разрешено делать сэппуку в собственном доме, самурай приглашал к себе близких друзей, пил с ними сакэ, ел пряности, шутил о непрочности земного счастья, подчеркивая тем самым, что буси не боится смерти и харакири для него — заурядное явление. Именно этого — полного самообладания и достоинства перед и во время обряда самоубийства — и ждали все окружающие от самурая.
Кайсяку выбирался представителями клана или самим осужденным. Обычно в роли кайсяку выступал лучший друг, ученик или родственник приговоренного к харакири, который в совершенстве мог владеть мечом. Первоначально, в древности, термин «кайсяку» применялся к охранителям господ или к лицам, оказывавшим какую-либо помощь другим. Как сказано выше, начиная с XVII в., точнее с периода Эмпо (сентябрь 1673 — сентябрь 1681), присутствие кайсяку при сэппуку, проводимом по приговору суда, становится уже обязательным.
«Секундант» должен был отрубить голову осужденному, который вследствие духовной слабости или боязни вспарывал живот лишь для видимости, или самураю, который просто не мог довести харакири до конца, не имея на это физических сил (так как впадал в бессознательное состояние).
Самурай, приглашенный на обряд сэппуку в качестве кайсяку, должен был выразить готовность быть полезным в этом деле, но ни в коем случае не изображать печали на лице; это было равносильно отказу, причиной которого было недостаточное искусство владения мечом, что рассматривалось как бесчестие для воина. «Секундант», выбранный осужденным, обязан был поблагодарить его за оказанное доверие и высокую честь.