Черноморский флот в ходе войны выполнял следующие задачи: прикрытие и поддержка приморского фланга сухопутных войск артиллерийским огнем кораблей, бомбардировкой с воздуха и нанесением ударов с моря по тылам и флангам противника; оборона военно-морских баз.
Если очень схематично представить ход боевых действий на черноморско-азовском театре, то можно сказать, что в первый год, с июня 1941 г. по август 1942 г., шло наступление немецких войск вдоль побережья, второй год — с сентября 1942 г. по сентябрь 1943 г. фронт стал стабильным в районе Новороссийска, в третий год войны, с сентября-октября 1943 г. по сентябрь 1944 г., Черноморское и Азовское побережья были освобождены от оккупантов.
Анализ потерь Черноморского флота показывает, что наибольшее количество кораблей и вспомогательных судов погибло в первый военный год. Так, из 15 погибших больших боевых кораблей 12, т.е. более чем три четверти, погибли в первый год, при обороне Одессы и Севастополя. В первые дни, при выполнении набеговой операции на Констанцу погиб лидер «Москва». 21 июля на выходе из Севастополя подорвалась на немецкой мине эсминец «Быстрый», а 30 сентября 1941 г. — эсминец «Совершенный».
При обороне Одессы 21 сентября 1941 г. погибли эсминец «Фрунзе», канонерская лодка «Красная Армения». 7 марта 1942 г. в районе Керченского пролива подорвался на мине эсминец «Смышленый».
Во время обороны Севастополя погибли крейсер «Червона Украина» (12 ноября 1941 г.), эсминцы «Дзержинский» (14 мая 1942 г.), «Свободный» (10 июня 1942 г.), «Безупречный» (26 июня 1942 г.), лидер «Ташкент» (28 июня 1942 г.), эсминец «Бдительный».
В октябре 1943 г. при набеге на Феодосию и Ялту были потеряны лидер «Харьков», эсминцы «Беспощадный» и «Способный».
К 22 июня 1941 г. в составе флота было 47 подводных лодок различных типов:
— 3 — типа «Д» («Декабрист»), водоизмещение 941 т надводное, 1288 т подводное, 8 торпедных аппаратов, 1 — 100 и 1 — 45-миллиметровые орудия;
— 5 — типа «Л» («Ленинец»), водоизмещение 1025/1321 т, 6 торпедных аппаратов, 1 — 100 и 1 — 45-миллиметровыс орудия;
— 4 — типа «С» (средняя), 837/1075 т, 6 торпедных аппаратов, 1 —100- и 1—45-миллиметровые орудия;
— 15 — типа «Щ» («Щука»), двух серий — Vбис и X, водоизмещение около 600/700 т, 6 торпедных аппаратов, 1 и 2 45-миллиметровых орудия (на серии Vбис вместо второго орудия — два пулемета);
— 14 — типа «М» («Малютка») двух серий — VI, VIбис, водоизмещение 160/250 т, два торпедных аппарата, 1 — 45-миллиметровое орудие, а также 1-2 пулемета;
— 5 — типа «АГ» — подводные лодки постройки 1918-1923 гг., водоизмещение 360/470 т, 4 торпедных аппарата, 1 — 45-миллиметровое орудие и 1 пулемет. Несмотря на свой солидный «возраст» эти лодки принимали активное участие в боевых действиях, на счету у каждой от двенадцати до двадцати боевых походов.
До конца 1941 г. в строй вступили еще 6 подводных лодок типа «М» XII серии, водоизмещение 203/254 т; два торпедных аппарата, одно 45-миллиметровое орудие. Две подводные лодки к началу войны находились в капитальном ремонте в Севастополе и при его оставлении были взорваны. Таким образом, в боевых действиях участвовала 51 подводная лодка. _
Основная задача, которую выполняли подводные лодки флота, была практически одинакова в продолжение всей войны — это действия на коммуникациях противника. В зависимости от военной обстановки на театре, менялись и районы действий подводных лодок. В первые месяцы войны подводные лодки действовали на коммуникациях от Варны до Сулины, затем до Одессы и до Босфора. С занятием немецкими войсками Крыма подводные лодки действовали в районах между Севастополем и Констанцей, Севастополем и Одессой, Севастополем и Сулиной. В Крымской наступательной операции 1944 г. подводные лодки действовали на этих же направлениях, препятствуя как подвозу подкреплений в Крым, так и эвакуации немецких войск из Севастополя. В мае-июне 1942 г. многие подводные лодки использовались для перевозки грузов и войск в осажденный Севастополь и вывоза оттуда раненых. Было это вызвано тем, что подходы к Севастополю простреливались немецкой артиллерией, и вход наземных кораблей был или чрезвычайно опасен или практически невозможен.
Всего за годы войны черноморские подводники совершили около 570 боевых походов, некоторые из них — более двадцати походов: «Л-4» — 24 боевых похода, «Л-23» — 21, «С-31» — 20, «М-118» — 25, «М-111» — 29, а «М-35» — тридцать раз совершала боевые походы. Лодки ушли на позиции уже 22 июня 1941 г. В первые же дни войны подводники понесли и первую потерю — погибла «Щ-206» в своем первом боевом походе, мористее Констанцы. Первая победа подводников была достигнута в августе 1941 г. — подводная лодка «Щ-211» южнее Варны атаковала и потопила транспорт «Пелес» водоизмещением 5708 брт. Она же в сентябре в этом же районе потопила транспорт противника «Суперга» в 6154 брт.