Большая часть подводных лодок потеряна в западной части Черного моря, у побережья Румынии и Болгарии. Причины этого вполне объяснимы и закономерны. Так как перевозки вдоль побережья противник осуществлял по прибрежным маршрутам, прикрытым с моря оборонительными минными заграждениями, то для того, чтобы «добраться» до транспортов противника, командирам подводных лодок приходилось преодолевать эти минные поля, что и приводило к большим потерям, тем более, что районы постановки вражеских мин известны были лишь предположительно. Как пример, можно привести эпизод из боевого похода «Щ-211», в сентябре 1941 г., в котором она потопила танкер «Суперга». После атаки лодка стала уходить из района на большие глубины; форсируя минное заграждение, она зацепилась за минреп выставленной якорной мины, маневром от нее избавиться не удалось. Командир принял решение выходить вместе с миной на глубокое место. Ночью лодка всплыла, водолаз обнаружил зацепившуюся мину в районе горизонтальных рулей, рядом с корпусом лодки. Несмотря на штормовые условия ему удалось перерубить минреп и освободиться от мины. На этот раз встреча с миной обошлась благополучно, но так было далеко не всегда. Уже через месяц эта же подводная лодка не вернулась из своего четвертого боевого похода и причины ее гибели неизвестны до сих пор… В журналах боевых действий записано: «Штабом флота объявлено, что в связи с выходом всех сроков возвращения, пл «Щ-211» (командир капитан-лейтенант А.Д. Девятко) считать погибшей». Кроме мин, осложняли действия подводных лодок и малые глубины у берегов западной и северо-западной частей Черного моря, затруднявшие маневр по глубине и уклонение от противолодочных кораблей.
За весь период войны Черноморский флот потерял в море 26 подводных лодок, т.е. половину общего количества, принимавшего участие в боевых действиях. Они погибли на минах, от воздействия противолодочных сил и пропали без вести…
Обстоятельства гибели абсолютного большинства подводных лодок до сих пор неизвестны. Есть только некоторые отрывочные данные агентурной разведки и свидетельства очевидцев из местных жителей, например, по подводной лодке «М-118». Эта подводная лодка была заложена в январе 1940 г., спущена на вода в феврале 1941 г. и вступила в строй в октябре 1941 г. За год боевых действий восемь раз выходила на позиции в западную и северо-западную части Черного моря. 1 октября 1942 г. в районе между устьем Днестра и Дуная вблизи берега атаковала и потопила торпедой транспорт «Зальцбург» водоизмещением 1942 брт. Было это днем, на малых глубинах. Через некоторое время лодка была обнаружена немецким гидросамолетом и подверглась атаке, вероятно, успешной, так как по появившемуся следу соляра на лодку вышли два румынских тральщика. В условиях мелководья подводной лодке не удалось оторваться от тральщиков, и она была потоплена серией глубинных бомб. После бомбометания на поверхность всплыли деревянные обломки и обмундирование.
В конце 80~х годов были предприняты попытки поиска транспорта «Зальцбург» и подводной лодки, местные жители подтвердили факт боя и гибели лодки. Они сообщили, что на месте потопления румыны выставили буй, на следующий день водолазы обследовали район, но ничего не нашли. В этом же районе на берегу была обнаружена невзорвавшаяся торпеда, предположительно, с подводной лодки (или вторая в залпе по «Зальцбургу», или выпущенная по тральщикам). Торпеду разоружили и увезли. До сегодняшнего дня место подводной лодки, несмотря на многочисленные и многократные обследования района, не обнаружено. А вот транспорт «Зальцбург» найден, лежит он на глубине 14 м, наименьшая над ним глубина 4,8 м. Он обследован гидрографическим эхотралом бокового обзора «ГЭБО-100» и водолазами, последний раз в 1988 г. Транспорт сильно разрушен, лежит курсом 22Г, его длина около 135 м, ширина — 25 м. Местоположение и глубина определены гидрографами достоверно. В этом же районе есть еще несколько затонувших судов, причем, не все они осмотрены водолазами, так что не исключено, что среди них когда-то будет обнаружена и подводная лодка «М-118».