Во время третьего боевого выхода в район Варны погибла в ноябре-декабре 1942 г. подводная лодка «Щ-204», командир капитан-лейтенант И.М. Гриценко. Почти сорок лет точное место ее гибели было неизвестно. И только спустя 40 лет лодка случайно была обнаружена болгарскими рыбаками как подводное препятствие, о которое рвались сети. Гидрографическим обследованием установлены точные координаты. Водолазы доложили: «подводная лодка со звездой на рубке…» Как рассказывает капитан 1 ранга запаса Александр Васильевич Жбанов, тогда начальник Аварийно-спасательной службы Черноморского флота, по договоренности с болгарским ВМФ в район было послано современное спасательное судно «СС-21». Обследование подтвердило — да, подводная лодка, типа «Щука». Номера ни на рубке, ни в ограждении рубки, где должна быть медная табличка, не обнаружили. Вскрыли верхний рубочный люк, проникли в боевую рубку. По документам, найденным там (сигнально-наблюдательный журнал и др.), установили, что это — «Щ-204». Останки части экипажа с подлодки были доставлены в Севастополь и торжественно захоронены на кладбище ветеранов Великой Отечественной войны. На этой церемонии присутствовали многие родственники погибших подводников, которых черноморцы разыскали, а Военный совет флота пригласил в Севастополь. Среди них — сын командира лодки, тоже командир лодки, но атомной, с Северного флота, капитан 1 ранга Гриценко, и внук, тоже подводник… На памятнике погибшим выбиты имена всех членов экипажа лодки, поднятая с лодки пушка находится в экспозиции музея Черноморского флота.
В 1974 г. при обследовании гидрографами затонувшего судна около острова Змеиный и при последующем уточнении аквалангистами одного из украинских любительских клубов была обнаружена подводная лодка времен войны, погибшая от сильного взрыва в носовой части, вероятно, от подрыва мины с последующей детонацией запасных торпед. Командующим флотом, тогда адмиралом Н.И. Ховриным, было принято решение о подъеме лодки для использования ее как музейного экспоната, проведено детальное обследование силами Аварийно-спасательной службы флота, даже заведены уже стропы под корпус. Но потом пришлось отказаться от подъема, так как специалисты по взрывчатым веществам предполагали возможность самовзрыва сохранившихся в аппаратах торпед ввиду образования за прошедшие десятилетия легковзрывающихся окислов.
Одна подводная лодка лежит на грунте на севастопольском внешнем рейде, на глубине 78 м. Она обнаружена гидрографами в 1978 г. с помощью эхографа бокового обзора по «наведению» командира бригады траления, капитана 1 ранга Казбека Шовгенова. Он сообщил начальнику Гидрографической службы, что его тральщики при учебном тралении в этом районе систематически цепляются придонными тралами за какое-то препятствие. По просьбе гидрографов в 1980 г. лодка обследована малой исследовательской подводной лодкой «Бентос-300», частично даже сфотографирована. Действительно, это небольшая лодка, длиной 55-60 м, занесенная илом почти по ватерлинию, с полуразрушенной рубкой — и с большим количеством порванных тралов, курс лодки — около 90°. Можно предположить, что это одна из подводных лодок, затопленных интервентами в 1919 г. при уходе из Севастополя. Было затоплено 12 подводных лодок, в двадцатых годах поднято восемь, на глубинах от 17 до 60 м. Возможно, придет очередь и этой подводной лодки, представляющей бесценный экспонат военного кораблестроения начала двадцатого века. Кстати, некоторые инициативные группы уже разработали оригинальные способы подъема этой лодки с использованием эффекта замораживания и закручивания тросов. Координаты остальных погибших подводных лодок неизвестны. Полагаем, что этот наш долг перед погибшими подводниками когда-нибудь совместными усилиями энтузиастов и ученых будет выплачен…
Значительные потери понесли на Черном и Азовском морях суда гражданских ведомств — Черноморского и Азовского пароходств и Совтанкера. Нагрузка на них выпала не меньшая, чем на боевые корабли и вспомогательные суда флота, плавали они даже больше.
Делить в войну моряков и суда на военные и гражданские весьма трудно, да и не нужно. Следует сказать, что вообще, если противник видел группу из транспортов и кораблей охранения, то первый и основной удар приходился на транспорты, как наиболее ценную и важную часть конвоя. В этом отношении тактика у обеих сторон была одинакова. Только мины почти не обладали избирательностью, поражая и корабли охранения, и конвоируемые транспорты. Правда, и здесь у боевых небольших кораблей охранения было преимущество — меньшая осадка и более слабое магнитное поле.