Всего за три года войны на Черноморском театре погибло 95 судов Минморфлота (не считая малых, водоизмещением менее 100 т). Наибольшие потери в гражданских судах, так же как и в боевых, были понесены в первый год войны, с июня 1941 г. по июнь 1942 г. В этот период погибло 66 судов, или две трети всех погибших. Во второй период войны (оборона Кавказа) погибло 25 и в продолжение последнего военного года — 3 судна.
Первые потери торговый флот СССР понес в июле 1941 г. Погибли транспорт «Аджария», грузопассажирский пароход «Ленин».
В августе потери возросли — затонуло 5 транспортов, из них 4 — в северо-западном районе, где шли боевые действия («Полина Осипенко», ледокол № 5, плавучий док, «Брянск», «Каменец-Подольский»).
В сентябре 1941 г. потеряно 4 транспорта, в том числе «Молдавия», «Советская Бессарабия», буксир «Тайфун».
В октябре потоплено 5 судов. В их числе ледокольный буксир «Соломбала», транспорт «Большевик».
Ноябрь 1941 т. был рекордным по нашим потерям. Погибло 8 судов, среди них санитарный транспорт «Армения», транспорт «Ингул», танкер «Апшерон», пропал без вести ледокол «Степан Макаров».
В декабре 1941 г. и январе 1942 г. ежемесячно погибало по 7 судов, в основном в Керченско-Феодосийской десантной операции (земснаряд «Ворошилов», буксир «Фанагория», транспорты «Пенай», «Ейск», «Красногвардеец», «Ташкент», «Зырянин», «Ногин», «Чатырдаг», «Спартаковец», «Батайск», «Жан Жорес», позже — танкер «Варлаам Аванесов»).
В феврале 1942 г. утонул только один транспорт «Коммунист». С марта по август 1942 г. ежемесячно погибало до 7 судов (транспорты «Чапаев», «Фабрициус», «Василий Чапаев», «Красный моряк», «Потемкин», «Восток», «Черноморец», «Красный Флот», танкеры «Валерий Куйбышев», «Михаил Громов», санитарные транспорты «Антон Чехов», «Сванетия», «Абхазия», «Грузия», «Белосток», транспорты «Кубань», «Украина», «Пролетарий», «Эльбрус», «Темрюк», «Севастополь», «Ян Томп», ледокол «Знамя социализма» и другие). Это был период наибольших потерь торгового флота СССР на Черном море.
В последующие месяцы 1942 г. потери резко уменьшились. Практически удалось сохранить оставшиеся крупные суда.
В 1943 г. погибло десять торговых судов (танкер «Вайян Кутюрье», буксир «Смелый», пароход «Пестель» и другие).
Анализ причин потерь на Черноморском театре показывает, что большая часть — 60% — из них вызвана авиацией, если проанализировать потери судов Морфлота на всех театрах военных действий, то этот процент гораздо меньше — 37. Далее идут мины — 16%, т.е. каждый седьмой транспорт на Черном море (так же как и в целом на всех театрах) погиб от мин. От подводных лодок на Черном море погибло всего 5 транспортных судов (меньше, чем от надводных кораблей — 7 единиц), в целом по ММФ на втором месте стоят подводные лодки противника — 13%, на третьем — надводные корабли — 6%. По общему количеству погибших судов СССР на черноморский театр приходится ровно третья часть.
Какова дальнейшая судьба погибших в войну судов минморфлота? Можно утверждать, что хотя много судов поднято и большинство из них разобрано уже на металлолом, все же значительная их часть остается на дне Черного и Азовского морей, особенно те, что погибли подальше от берега.
Огромны были потери во второй мировой войне флота Германии и ее союзников. К началу Великой Отечественной войны немецких кораблей на Черном море не было. Флот королевской Румынии состоял из 4 эскадренных миноносцев, 3 миноносцев, 4 канонерских лодок, минного заградителя, подводной лодки, 7 речных мониторов и других, более мелких кораблей, катеров и вспомогательных судов. Основные силы болгарского флота составляли 4 старых миноносца, 2 сторожевых корабля, 5 сторожевых катеров.
С первых же дней боевых действий на Черном море немецкое командование столкнулось с серьезными затруднениями в морских перевозках из-за малого количества морских транспортных средств. Румынские наиболее крупные и современные транспорты еще до войны были предусмотрительно отправлены в нейтральную Турцию. До конца войны в Стамбуле находились крупнейшие дизельэлектроходы «Трансильвания» и «Бессарабия», а «Тотила» и «Тейя» были возвращены в Румынию только в мае 1944 г. Они сразу были направлены на эвакуацию немецких войск из Севастополя и оба были потоплены, так что опасения предусмотрительных румын были обоснованными!
С продвижением немецких войск вдоль побережья Черного и Азовского морей удлинялись коммуникации и возникала все большая потребность в транспортных средствах, да и вообще в различных морских плавсредствах. Поэтому за 1942 и 1943 гг. немцы перебазировали на Черное море более 400 различных самоходных и несамоходных транспортных и вспомогательных плавсредств, в том числе около 200 быстроходных десантных барж (имея хорошее артиллерийское вооружение, они использовались и как боевые корабли), 113 сухогрузных и 40 нефтеналивных судов, 30 буксиров, 2 колесных парохода, 2 ледокола, 4 землечерпалки и множество несамоходных плавсредств (паромы, лихтеры, баржи). Часть из них доставлялась по Дунаю — с Балтийского и Северного морей, часть — через проливы Дарданеллы и Босфор из Средиземного моря. Подавляющее большинство судов и плавсредств было захвачено немцами в Голландии, Норвегии, Югославии, Франции. Для транспортных целей немецкое командование использовало также и бывшие советские плавсредства, захваченные при занятии портов или поднятые со дна моря (всего их было до 100 единиц, в том числе около 70 сейнеров, шаланд и мотоботов, 14 буксиров и 10 транспортов). Для обеспечения морских перевозок, а также для нарушения перевозок Черноморского флота, немцы в 1942-1943 гг. ввели в Черное море значительное количество боевых кораблей и катеров различных классов и типов. В их число входили 6 подводных лодок, 30 торпедных катеров, 84 сторожевых катера, 23 тральщика, 26 охотников за подводными лодками.