В планах всех флотов с началом военных действий предусматривается защита подходов к своим базам и защита своих прибрежных коммуникаций постановкой оборонительных минных заграждений. Для плавания своих кораблей в них оставляются проходы, свободные от мин, по которым нарезаются фарватеры военного времени. С началом военных действий меняется и режим работы навигационных средств на театре — маяков, светящихся навигационных знаков, радиомаяков и радионавигационных средств. Большинство из них выключается или маскируется с помощью специальных фильтров. Кроме того, вводится в действие специальная манипулируемая система навигационного оборудования, предназначенная для обеспечения плавания по фарватерам. Основу этой новой системы составляют так называемые манипулируемые пункты — манпункты — мобильные световые или радионавигационные средства, обслуживаемые несколькими специалистами-гидрографами. Для того, чтобы надежно пользоваться режимом плавания военного времени, создаются специальные пособия, выдаваемые на корабли с началом боевых действий — так называемые лоции военного времени. Плавание же вспомогательных и гражданских судов по этим фарватерам обеспечивается военно-лоцманской службой. Во всех военно-морских базах и соединениях охраны водного района при подразделениях гидрографической службы создаются военно-лоцманские пункты с определенным количеством военных лоцманов. Эти офицеры и занимаются лоцманской проводкой вспомогательных и гражданских судов, а иногда и военных кораблей. На должности военных лоцманов обычно назначаются наиболее опытные руководители из числа командного состава торгового флота. В мирное время они должны проходить, как и все военнообязанные, периодическую подготовку по своим будущим военным делам. А приходят в военно-лоцманскую службу они только с объявлением мобилизации. К сожалению, не все предназначенные для такой ответственной службы офицеры запаса отвечали необходимым требованиям. Примером этого и явился трагический эпизод с пароходом «Ленин».
В целом же состав даже первых лоцманов был достаточно квалифицирован: среди них были 27 капитанов торговых судов, 29 помощников капитанов, 5. лоцманов торговых портов, 2 судоводителя-преподавателя и 2 кадровых командира ВМФ. Военные лоцманы выполняли огромнейшую по объему и важности работу во время Великой Отечественной войны, проводя по фарватерам сотни и тысячи транспортов, вспомогательных судов, а иногда и боевых кораблей, когда требовались высокие знания лоцманов в ответственных операциях, к примеру в феодосийском десанте. Об умелых и мужественных действиях военных лоцманов можно написать очень много. Ограничимся выдержкой из отчета одного из военных лоцманов лейтенанта А.Т.Хлыстуна:
«Отчет работы военного лоцмана лейтенанта Хлыстуна А.Т. за год Отечественной войны с 22 июня 1941 г. по 1 июля 1942 г. Совершено 56 рейсов. Проведено кораблей — 73 ед., перевезено груза — 59400 т, перевезено войск и пассажиров — 69370, пройдено 8710 миль. Налетов вражеской авиации — 299 самолетов (в том числе 6 раз по 20 торпедоносцев).
Журнал № 1.
18.08.41 г. теплоход «Кубань». 10 ч 55 мин — внезапно из облаков вынырнул «Ю-88» и в пике сбросил 6 бомб. Одна попала в трюм № 2, судно накренилось и стало погружаться. Компасы вышли из строя. Пошел в берег, чтобы спасти судно, пассажиров, груз. На малом ходу посадил судно на мель. На другой день ЭПРОН судно снял (рейс № 12 Одесса-Феодосия. Груз — 2500 т, людей — 2100). 15.10.41 г. Теплоход «В. Чапаев». Эвакуация из Одессы — 3500 чел. В 6 ч 45 мин у Тарханкута увидел поднимающийся с воды торпедоносец, привел его на курсовой угол 20° и открыл огонь из всех орудий. Торпеды прошли вдоль борта.
20.10.41 г. Т/Х «В. Чапаев», рейс из Севастополя в Феодосию с эвакуированными и военнопленными — 2400 чел.
В 7 ч 40 мин от севера увидел торпедоносец. Привел его на курсовой угол 10-15°. Торпеда ударилась скулой, скользнула по борту и не взорвалась.
2.11.41 г. При отступлении из Феодосии катер «Симеиз» имел на буксире судно «Чауда» с грузом боезапаса. В 10 ч 20 мин началась бомбежка и продолжалась периодически до ночи. Налета было три. Суда благополучно привел в Новороссийск (рейс № 22, 60 т груза, 200 пассажиры, три налета, 16 самолетов).
21.11.41 г. Ледокол № 7, на буксире канлодка «Пионер», ТШ-127 и катер. Следую из Севастополя в Туапсе. Шторм. Ветер 6—7 баллов. Ход 1 узел. Ветер несет на минное поле. Предложил капитану израсходовать все масло для поднятия пара, в 23 ч 00 мин вышел из района минных полей. 22.11 стало ясно, что угля в Туапсе не хватит, хотя и идем кратчайшим путем, а не рекомендованным курсом. 25 ноября «Железняков» взял нас на буксир и привел в Туапсе (рейс № 24, груз 200 т, пассажиров — 120).