Многие делегаты, возвратясь из поездки, рассказывали обратное тому, что хотелось гитлеровцам. Вскоре эти делегаты были арестованы и пропали без вести. На стенах домов появились надписи: «Катынь – дело рук гестапо». Такие надписи можно было прочесть на Новогрудской, Маршалковской и других улицах. На скамейках в Саском саду были приклеены записи, в которых сообщалось, что убийцами польских офицеров в Катыни являются немцы. Поляки говорили о Катыни, как о новом злодеянии немецких разбойников» (ВИЖ. № 11, 1990).
Однако чрезмерно прямолинейное и жесткое навязывание советской версии катынского преступления, не дававшей ответа на ряд спорных вопросов, вызвало обратный эффект. Этому способствовало подпольное распространение в Польше отчета Генерального секретаря Польского Красного Креста К.Скарьжинского о работе Технической комиссии ПКК в Катыни в 1943 г. Поляки стали сомневаться в выводах комиссии Бурденко точно так же, как годом ранее они сомневались в выводах немецких оккупационных властей. Не надо забывать, что выводы комиссии Бурденко подводили поляков к осознанию того, что эмигрантское лондонское правительство, поддержавшее в 1943 г. немецкую версию Катынского дела, было по сути коллаборантным . Для многих поляков такой вывод был неприемлим.
В 1944—45 гг. левые силы в Польше под руководством Болеслава Берута и Эдварда Осубко-Моравского были еще слабы и крайне нуждались в поддержке других слоев польского общества, чтобы перевести Польшу на социалистический путь развития. В этой связи Берут, как Председатель Крайовой Рады Народовой, обратился к советскому руководству с просьбой широко не афишировать выводы комиссии Бурденко, дабы устранить повод для разжигания в Польше политических страстей и нагнетания антисоветских настроений.
В итоге не придумали ничего лучшего, как изъять брошюру с отчетом о работе комиссии Бурденко. Во второй половине 1944 г. ее сняли с продажи, а 21 августа 1945 г. Уполномоченный СНК СССР по охране военных тайн в печати и начальника Главлита издал приказ № 716, предписывающий изъять брошюру «Сообщение специальной комиссии по установлению и расследованию обстоятельств расстрела немецко-фашистскими захватчиками в Катынском лесу военнопленных польских офицеров» из книготорговой сети и библиотек общественного пользования (ГАРФ ф.9425, оп.2, д.69, л.80). Следует отметить, что изымались только экземпляры на русском и польском языках, а экземпляры на других языках в библиотеках оставлялись. Однако изъятие брошюры лишь усилило подозрение поляков. Если скрывают, значит, что-то есть!
Реакция польской общественности не обеспокоила советское руководство. В эйфории победы над Германией и Японией в Кремле было принято опрометчивое решение закрепить выводы комиссии Бурденко решением Международного военного трибунала (МВТ) в Нюрнберге. Планировалось окончательно закрыть катынскую тему – быстро и эффективно, без дополнительной политико-пропагандистской подготовки и усиления документальной аргументации. К сожалению, никто из советских руководителей не придал значения тому, что итоговое «Сообщение….» Специальной Комиссии не было достаточно аргументированным с формально-юридической и судебно-медицинской точек зрения.
Это во многом обусловила политическая установка о том, что не следует полемизировать с авторами немецкого «Amtliches Material zum Massenmord von Katyn». В этой связи советская сторона лишилась возможности использовать подготовленный в декабре 1945 г. ведущими польскими судмэдэкспертами европейской величины Яном Ольбрыхтом и Сергиушем Сенгалевичем «Судебно-медицинский отзыв на германский официальный материал «Amtliches Material zum Massenmord von Katyn»,
Польские судмедэксперты обнаружили в Отчете немецкого профессора Бутца, проводившего в 1943 г. эксгумацию в Катыни-Козьих Горах «достаточно много пробелов, ошибок и неточностей, чтобы можно было признать утверждения, сделанные немцами в публикации «Amtliches Material zum Massenmord von Katyn» как материал, не выдерживающий точной научной критики, а тем самым признать его обладающим слишком большим пропагандистским характером» (ГАРФ. Ф.7021. Оп.114. Д.18. Л.1—37). Тем самым немецкой версии был нанесен существенный удар.
Но в Нюрнберге эти материалы не были использованы. О них предпочли не упоминать, так как они одновременно ставили под сомнение и советскую официальную версию о вине нацистов за расстрел поляков в Катынском лесу. Прежде всего, это касалось безаппеляционного заключения советской судебно-медицинской экспертной комиссии о том, что расстрел польских военнопленных относится к сентябрюдекабрю 1941 г. Это утверждение советских судмедэкспертов было недостаточно обосновано с научно-медицинских позиций. Видимо, оно была обусловлено очередной политической директивой «сверху». В итоге советская сторона в попытках любой ценой доказать преступление нацистов, стало жертвой своих собственных амбиций.