Вскоре эти дела были переданы в Главную военную прокуратуру (ГВП) СССР и 27 сентября 1990 г. оба дела были объединены в одно уголовное дело № 159 «О расстреле польских военнопленных из Козельского, Старобельского и Осташковского лагерей НКВД СССР в апреле-мае 1940 г.». Это и считается началом официального расследования катынского преступления. Следователи ГВП были ориентированы на правовое оформление политического решения Горбачева о виновности бывших руководителей СССР и НКВД. Делу следовало придать юридически законченную форму и закрыть за смертью обвиняемых.
Уже 17 мая 1991 года Генеральный прокурор СССР Н.Трубин информирует Президента СССР Михаила Горбачеву о том, что: «Собранные материалы позволяют сделать предварительный вывод о том, что польские военнопленные могли быть расстреляны на основании решения Особого совещания при НКВД».
Это свидетельствует о том, что тогдашний Генеральный прокурор СССР даже не удосужился ознакомиться с Положением об Особом совещании при Народном комиссариате внутренних дел, опубликованном в «Собрание узаконений СССР» № 11, 1934 г. Не удосужились сделать этого и его сотрудники, занимавшиеся следствием. В то же время, согласно этому Положению, Особое совещание в 1940 г. не имело права приговаривать к высшей мере наказания – расстрелу. Такой поверхностный подход сопровождал следствие по Катынскому делу вплоть до его завершения.
Заканчивалось письмо Трубина фразой: « … Судя по поведению польской стороны, не исключено, что по окончании следствия правительством Польши будет поставлен вопрос о возмещении материального ущерба по каждому погибшему польскому военнослужащем» («Военные архивы России», с. 166—167). Однако Михаила Сергеевича всегда больше волновали личные материальные интересы, нежели государственные. Поэтому заключительная информация Трубина осталась им незамеченной.
После развала Союза дело № 159 перешло в Главную военную прокуратуру России. Ранее данная политическая установка по катынскому делу теперь приобрела ярко выраженный антисоветский характер. Необходимо было на примере Катыни подтвердить бесчеловечность советского режима.
Основную работу по формированию концепции уголовного дела № 159 осуществила комиссия экспертов, работавшая при Главной военной прокуратуре России в 1992 – 1993 году под руководством академика Бориса Топорнина. В период работы комиссии экспертов произошло событие, кардинально изменившее ситуацию с Катынским делом. Якобы в Архиве Президента РФ 24 сентября 1992 года был обнаружен и вскрыт «закрытый пакет № 1» по Катыни с документами ЦК ВКП(б), НКВД и КГБ СССР, обвиняющие довоенное советское руководство в санкции на расстрел польских военнопленных.
Найденные в пакете катынские документы, прежде всего, письмо Берии Сталину № 794/Б от «_» марта 1940 г., одновременно являющимся решением Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 г. и письмо Шелепина Хрущеву Н-632-ш от 3 марта 1959 г. «подтверждали», что расстрел польских военнопленных был осуществлен по указанию довоенного сталинского руководства. С этого момента Катынское дело приобрело совершенно иное звучание. Вина СССР в гибели 21 857 польских военнопленных стала считаться абсолютно доказанной .
Копии катынских документов с большим ажиотажем были предъявлены польской и российской общественности. После этого многие решили, что под запутанной и противоречивой историей Катынского дела подведена окончательная черта.
2 августа 1993 г. вышеназванная комиссия экспертов представила в ГВП Заключение, которое, по сути, представляло немецко-польскую версию катынского преступления . Эксперты ГВП безаппеляционно заявили о доказанности безусловной вине предвоенного советского руководства за расстрел польских военнопленных весной 1940 год. Сам расстрел был квалифицирован «как геноцид» и «тягчайшее преступление против мира, человечества» (Катынский синдром… С. 491—492).
Это заключение легло в основу постановления, которое 13 июля 1994 г. вынес руководитель следственной группы ГВП й Яблоков (Третецкий к этому времени перешел на другую работу). В постановлении довоенные советские руководители, организаторы и исполнители расстрелов были признаны виновными. Этим же постановлением расследование уголовного дела № 159 прекращалось за смертью виновных.
Руководство ГВП, а затем и Генеральной прокуратуры РФ с указанной выше квалификацией катынского преступления не согласились. Постановление о прекращении уголовного дела № 159 от 13 июля 1994 г. было отменено и дальнейшее расследование было поручено другому прокурору.