В 1994 г. появились первые сведения о судьбе польских граждан, содержавшихся в 1940 г. в тюрьмах Западной Украины. 5 мая 1994 г . зам. начальника Службы безопасности Украины генерал А.Хомич передал зам. генпрокурора Польши С.Снежко поименный алфавитный список 3435 заключенных тюрем западных областей УССР, чьи так называемые «личные тюремные дела» были в ноябре 1940 г. пересланы в Москву в 1-й Спецотдел НКВД СССР.
Список сразу же был опубликован в Польше, и стал условно именоваться «украинским списком» . Заметим, что в сопроводительном письме от 25 ноября 1940 г. за подписью начальника 1-го Спецотдела НКВД УССР старшего лейтенанта госбезопасности Цветухина, перечисленные в списке лица именуются «арестованными». Это косвенное свидетельство того, что в ноябре 1940 г. эти люди были еще живы. Однако окончательная судьба бывших польских граждан из «украинского списка» не ясна, так как других документов, помимо списков переданных в Москву «личных тюремных дел», обнаружить не удалось.
Документы, позволяющие сформировать так называемый «белорусский список» , до сих пор не обнаружены. В марте 2010 г. в польских СМИ прошла информация о том, что, якобы Путин 7 апреля в Катыни передаст Туску «белорусский список». Но ожидания не оправдались.
21 сентября 2004 г., после 9 лет дополнительного расследования, уголовное дела № 159 было вновь прекращено. Большинство материалов по делу засекречено, вина довоенного советского руководства за расстрел польских военнопленных подтверждена, однако было отвергнуто утверждение польской стороны « о геноциде польского народа». Главная военная прокуратура РФ также не нашла оснований для признания граждан Польши репрессированными. Уголовное дело в отношении бывших советских руководителей, виновных в смерти польских военнопленных, было прекращено в связи с их смертью.
Польская сторона не согласилась с «российской интерпретацией катынского преступления», прежде всего, в плане отрицания версии о «геноциде польского народа» и нежелания российской стороны признать расстрелянных поляков «жертвами политических репрессий».
В марте 2005 г. польский Сейм принял резолюцию, в которой назвал катынское преступление «бесчеловечным убийством военнопленных» и реализацией совместного плана III рейха и Сталина по уничтожению польской элиты, а также самых достойных и патриотичных польских граждан». Резолюция была направлена российскому правительству с требованием признать «геноцидом расстрел польских офицеров cотрудниками НКВД у деревни Катынь в Смоленской области в 1940 году». В официальном польском документе подобное требование появилось впервые (см. приложения).
Польша сложившуюся ситуацию пыталась использовать как повод для перевода катынской проблемы под юрисдикцию международного права. В этом активно участвовали польские родственники жертв катынского преступления, которые добивались признания расстрелянных польских офицеров жертвами политических репрессий и требовали их реабилитации. Иски польских родственников неоднократно рассматривались Бассманным судом и Мосгорсудом, но положительного решения в пользу польской стороны так и не было принято.
Противостояние российской судебной системы и польских родственников погибших в Катыни офицеров закончилось 29 января 2009 г. В этот день военная коллегия Верховного суда РФ признала законным прекращение уголовного дела о массовых убийствах пленных польских офицеров в 1940 г. Это решение Верховного суда открыло для поляков возможность обращения в Страсбург.
В конце ноября 2009 года Европейский суд по правам человека в Страсбурге принял к рассмотрению иски семей польских военнопленных офицеров, расстрелянных в Катыни. Рассмотрению этих исков придан приоритетный статус. Теперь Россия ожидает вердикт европейского правосудия.
Видимо, в этой связи в 2010 г. в российской позиции по Катынскому делу произошли существенные изменения. Как отмечалось, в апреле российское руководство подтвердило «государственную оценку» катынского преступления, данную в 1990-е годы Горбачевым и Ельциным. Тогда же на Интернет-сайте Росархива появились электронные цветные сканы катынских документов из так называемого «закрытого пакета № 1» бывшего архива Политбюро ЦК КПСС.
21 апреля 2010 г. Верховный суд России удовлетворил жалобу общества «Мемориал» на отказ Московского городского суда признать незаконным засекречивание постановления Главной военной прокуратуры о прекращении расследования уголовного дела о расстреле польских военных в Катыни в 1940 г. В мае польской стороне были переданы первые 67 томов этого уголовного дела.