После Бакинского ханства наступила очередь Шемахинского, которое было сильным а богатым владением. В Новой Шемахе (Ас-ху) управлял бывший сборщик налогов На-гир-шаха Мухаммед-Али, а в Старой Шемахе — местный феодал Мухаммед-Саид-хан. Между этими правителями шла острая меж-дусобная война. В этой борьбе победили Мухаммед-Сайд и его брат Агаси [11].
В 1767 году Фет-Али-хан совершил поход аа Шемаху и занял расположенную неподалеку от города крепость Мюнджи. Увидев огромное войско кубинцев, которое состояло в основном из лезгин, многие шемахинцы-лезгины перешли на сторону Фет-Али-хана. То этой причине местные феодалы вынуждены были признать власть кубинского хана. 9а это продолжалось недолго. Шемахинские нладетели постоянно уклонялись от налогов, установленных Фет-Али-ханом, в связи с см в 1768 году Фет-Али-хан вновь осадил Шемаху, при этом шекинский хан выступил на стороне кубинского. Взяв в плен Мухаммед-Сайда и Агаси, первого Фет-Али-хан велел заточить в темницу, а второго Гусейн-хан ослепил. Территорию Шемахинского ханства разделили между Кубой и Шеки [11].
Вскоре под власть Фет-Али-хана перешли Джавадское и Муганское владения. Чтобы удержать власть над завоеванными территориями, которые всячески стремились к самостоятельности, Фет-Али-хану нужен был могущественный покровитель. И он, как и многие другие владетели Восточного Кавказа, обратил взоры на Россию. Фет-Али-хан "позволял русским купцам свободно торговать на подвластных территориях, пропускал русских купцов беспошлинно на юг и обратно" [11].
Временем крепли оппозиционные силы. Возникла коалиция шекинцев и грузин, опасавшихся большого усиления Кубинского ханства. В 1774 году объединенные силы напали на Шемаху. Завязалась упорная схватка, в которой с обеих сторон погибли тысячи человек, в основном представители лезгиноязычных народов. Фет-Али-хан одержал победу. Летом того же года кайтагский уцмий Амир-Хамза со своими союзниками напал на Кубу. Битва между Фет-Али-ханом и Амир-Хамзой состоялась на обширном поле Гавдушан близ лезгинского селения Манкулихюр. В этом кровопролитном сражении победили Амир-Хамза с союзниками, а Фет-Али-хан укрылся в Сальяне.
Амир-Хамза разорил Кубу и осадил Дербент, где находилась его сестра Тути-бике — жена Фет-Али-хана. Тути-бике осталась верна мужу и не поддалась уговорам брата сдать город без боя. Пока Тути-бике оборонялась, Фет-Али-хан собрал новые отряды из лезгин, поспешил на помощь жене. Амир-Хамзе ничего не оставалось, кроме как удалиться в свои владения [11].
После этих событий Фет-Али-хан направил в Петербург посла Мирза-бека с просьбой о помощи и выражением согласия войти в подданство России, которая решила помочь Фет-Али-хану.
В 1775 году, по велению императрицы Екатерины II, в пределы нынешнего Дагестана прибыл генерал-майор Медем с русским отрядом с целью поддержать Фет-Али-хана Кубинского и наказать уцмия за пленение академика Гмелина [12]. Захват Кюры описывается так: "Фет-Али-хан превосходно воспользовался помощью: он успел уменьшить значение уцмия, разбитого русскими войсками около сел. Башлы, и в то время, когда генерал Медем занял Дербент, он двинулся в Кюру, разбил Магомед-хана Казику-мухского и заставил его уйти в Кази-Кумух. А чтобы обеспечить на будущее время за собою владение Кюрой, он воспользовался ссорою Магомед-хана со старшим сыном его Ших-Марданом. Причиной этой ссоры были следующие обстоятельства [12]: "От первой жены у Магомед-хана было два сына, Ших-Мардан и Аслан-Гусейн, а от второй жены — сын Сурхай и другие. Сурхай еще ребенком в запальчивости убил Аслан-Гусейна, за что Ших-Мардан питал к нему кровную вражду. Поскольку Сурхай был любимым сыном Магомед-хана, то он, не видя возможности отомстить ему по обычаю за смерть брата, уехал из Кази-Кумуха и обратился к помощи Фет-Али-хана. Фет-Али-хан, отделив от Дербента всю северную часть Кюры до Кабира и от Кубы весь Гюнейский магал, отдал их в управление Ших-Мардану на ханских правах. Вскоре Ших-Мардан успел присоединить Курахский магал и образовать особое Кюринское владение" [12].
"В 1784 году, — пишет Аббас-Кули-Ага Бакиханов, Фет-Али-хан овладел Ардаби-лем и шахсеванские ханы покорились ему. Тогда-то окончательно утвердилась власть и влияние Фет-Али-хана в восточной части Кавказа. Ему давно уже были преданы Гасан-хан Муганский, Мир-Мустафа-хан, сын Карахана, содержавшийся некоторое время в Кубе и возведенный им в достоинство талышского хана, и Гидайат-хан, утвердившийся с его помощью в Гиляне. Шамхал, уцмий и хан Казикумухский находился под его влиянием. Аварский хан и мехтулинский владетель принуждены были поддерживать с ним мирные отношения. Масум и казий табасаранские зависели от него. Все казии и почетные лица вольных дагестанских обществ объявили ему преданность. Сверх наследственного своего удела Кубы, Сальяна и Дербенда он полностью овладел Ширваном. Несовершеннолетний его племянник хан бакинский находился под его опекой. Только Ибрагим-хан Карабагский, надеясь на сильные укрепления, не хотел подчиняться его влиянию, за что Фет-Али-хан совершенно опустошил всю южную часть его ханства… Фет-Али-хан — замечательный человек в истории Кавказа, возвысился благодаря своим благоразумию, щедрости и предприимчивому характеру. По достижении власти в нем обнаружились качества умного и деятельного правителя и особенный дар привязывать к себе всех окружающих, усыплять врагов и выпутываться из самых затруднительных обстоятельств".