Во время царствования Унайзера, по словам М.Каганкатвацви, "для церкви назначены первые плоды, отделены десятина с сходов и жатвы, и мелкий рогатый скот, и всех домашних животных; даже и земля досталась на долю".
Продолжателем распространения христианства в Албании после Елисея был Григорий и внук Григория — Григорис, который построил небольшую церковь в г. Цри [21].
Однако христианство из относительно господствующей религии уже через несколько десятилетий превратилось в Албании в религию едва лишь терпимую, если не прямо гонимую IV век был временем особого преследования инаковерующих албанов сасанидами. На пути христианизации Албании, Армении и Иберии встал персидский царь Иездигерд II (439-457 гг.). Сасаниды разрушали христианские церкви. насильственно насаждая зороастризм. В ответ на это началось восстание албанов и армян против персидского владычества в Закавказье, закончившееся кровопролитным сражением на Аварийском поле (недалеко от Маку в Атропатене) 26 мая 451 года. Вследствие этого Иездигерд вынужден был сказать: "Кто чему желает поклониться — пусть и поклонится" [21].
В 487 г. царем Албании становится Вачаган III (487-510 гг.), получивший прозвище "благочестивый". Ему приписывается факт строительства в Албании многих церквей, а также монастыря в г. Амарасе [29]. Вачаган III преследовал магов и приверженцев зороастрийской религии. По его распоряжению построены новые христианские храмы со школами при них, в которых обучались дети знати и духовенства.
Чтобы усилить влияние церкви на население, в 493 году Вачаган III созывает в селе Алуэн (в районе нынешнего Агдама) собор, на котором присутствовали высшее духовенство и наиболее крупные феодальные владетели. Собор определил структуру организации и положение албанской церкви. Во главе ее становится архиепископ с резиденцией в г. Партаве (Бердаа).
На соборе в Алуэне был принят ряд важных решений, укреплявших положение христианской церкви и усиливавших ее роль в государстве. Алуэнский собор признал, что гражданские и уголовные дела должны находиться в ведении духовенства, запретил тризны и другие языческие обряды. Собор запрещал жениться на родственнице. Фамильное феодальное имущество в Албании наследовали сыновья, а при их отсутствии — духовенство могло претендовать на него.
Собственниками земли выступала знать. Письменные памятники причисляют к ней людей царского происхождения, князей, полководцев, вельмож, правителей областей, "мужей почтенных", "мужей знатных" и др.
Со смертью царя Вачагана (510 г.) в Албании прекращается местная царская династия и страной начинают править персидские наместники — марзбаны. В этих условиях еще более возрастает значение христианской религии в Албании, отличной от господствующей в Иране и Атропатене зороастрийской религии. В 527 г. в г. Двине созывается собор трех церквей Закавказья — Армении, Албании и Иберии, которые объединяются на позициях монофизического толка христианской религии.
Со второй половины VI в., когда главой албанской церкви становится Тер-Аббас, ровно 44 года руководивший последней (552-596 гг.), влияние и власть церкви значительно расширяются и усиливаются, а глава ее начинает носить титул католикоса Албании, Лбина, и Чога. В этот период албанская церковь настолько усиливается, что ее представители начинают распространять христианство среди северокавказских тюркоязычных народов [21]. Так, например, сирийский автор VI в. Захарский Ритор [22] отмечает, что "епископ земли Аррана Кардост … с тремя добровольцами-священниками" прибыли к гуннам и савирам и распространяли христианство. "Они остались там на семь лет и оставили там писания на гуннском языке" [23].
В 596 г. после смерти Тер-Аббаса католикосом Албании становится Виро, которого М.Каганкатвацви характеризует словами "муж гениальный и мудрый, сильный в деле мудрости, язык его как перо быстро пишущее" [9, 21]. Однако за участие в восстании в 603 г. Виро был уведен в плен и лишь спустя 25 лет (628г.) смог вернуться на родину и снова возглавить албанскую церковь. Находясь в заключении, Виро добился от Хосрова II распоряжения о даровании албанским князьям из династии Михринидов титула "господина Гардмана и князя сграны Албанской". Это право было получено, когда первым князем Албании был избран Вараз-Григор, который в 627 г. в Ктесифоне "принял крещение от Виро — католикоса албанского" [20].
Вскоре Вараз-Григор перенес свою резиденцию в г. Партав, где царствовал десять лет (628-638). Ему наследовал второй из четырех его сыновей Джеваншир (628-670 гг.), ставший наиболее крупным государственным деятелем Кавказской Албании (638-670 гг.).