Посредством сложных внутриклановых интриг он стал имамом в Дагестане, но уже в 1839 году потерпел тяжелейшее поражение и бежал в Чечню. Здесь его действия были гораздо удачнее. За непродолжительный срок горцы Шамиля захватили 13 крепостей и в несколько раз увеличили подвластную имаму территорию. На подавление горцев был направлен специальный отряд под командованием генерала Аполлона Васильевича Галафеева (1793–1853). Участниками похода стали М.Ю. Лермонтов и Н.С. Мартынов. 11 июля 1840 года между горцами и царскими войсками у речки Валерик произошла одна из самых кровопролитных битв Кавказской войны. Она описана М.Ю. Лермонтовым в известной поэме «Валерик».
Однако после столь тяжких поражений Шамиль все еще оставался в силе. В мае 1843 года горцами в количестве 3000 человек была предпринята попытка нападения на курорты Кавказских Минеральных Вод. Эта последняя военная вылазка немирных горцев в XIX столетии была успешно отражена казаками.
В январе 1844 года из всех частей Кавказского края было образовано наместничество. 8 (20) января того же года наместником Кавказа с неограниченными полномочиями и главным командующим Кавказскими войсками был назначен генерал-фельдмаршал Михаил Семенович Воронцов (1782–1856), светлейший князь, академик, выдающийся государственный деятель России. До Кавказа в период 1823–1844 годов Воронцов был новороссийским и бессарабским генерал-губернатором, и большинство выдающихся достижений и нынешних достопримечательностей данных территорий связаны с именем этого выдающегося человека. Воронцов пробыл на посту фактического диктатора Кавказа до 1854 года.
В мае 1845 года Воронцов лично возглавил поход в Чечню, поскольку рассчитывал одним ударом покончить с имамом и захватить его резиденцию – аул Дарго. Войдя глубоко в горы, царская армия без особых потерь захватила подожженный горцами Дарго, но оказалась в окружении. Только помощь войск генерала Роберта Карловича Фрейтага (1802–1851) спасла отряд и самого Воронцова от поражения.
Шамиль являлся диктатором и его методы управления были диктаторскими. Но возможно ли иначе пресечь кровную месть, вольницу грабительских набегов, произвол феодалов? Будучи «почетным пленником» в Калуге, имам Шамиль говорил приставленному к нему для услужений и надзора капитану А. Руновскому: «Правду сказать, я употреблял против горцев жестокие меры: много людей убито по моему приказанию… Бил я и шатоевцев, и андийцев, и гадбутинцев, и ичкерийцев; но я бил их не за преданность русским – вы знаете, что они никогда ее не высказывали, а за их скверную натуру, склонную к грабительству и разбоям…» Жестокость исходила из нужды в ней и из убеждений Шамиля: «Если бы я поступал иначе, – говорил он, – я должен был бы давать ответ Богу, и Он меня бы наказал за то, что я не наказывал строго свой народ».
М.С. Воронцов
Н.Н. Муравьев-Карский
Но и это не помогло. Родной сын имама Кази-Мухаммед, уже в 1839 году объявленный наследником власти, выступил против отца. Ближайшее окружение имама тоже предпочло заниматься грабежами и работорговлей, чем бороться за идеалы имамата. С начала 1850-х годов в имамате начался сильнейший внутриполитический и внешнеполитический кризис. Не помогла даже Крымская война (1853–1856).
В 1854 году М.С. Воронцов вышел в отставку. Новым наместником на Кавказе и главнокомандующим Отдельным Кавказским корпусом был назначен прославленный военачальник генерал-адъютант Николай Николаевич Муравьев-Карский (1794–1866), родной брат декабристов Муравьевых. Однако будучи наместником на Кавказе, Муравьев был занят сугубо крымскими делами и в войне против Шамиля практически не участвовал. Благодаря захвату русскими войсками Муравьева турецкого города Карса (1855) России удалось выйти из Крымской войны с минимальными потерями и быстро восстановить свое могущество.
Император Александр II (1856–1881) предпочел удалить Муравьева с Кавказа. Новым наместником на Кавказе и главнокомандующим войсками был назначен бывший исполняющий дела Наместника Кавказского в отсутствие графа М.С. Воронцова, замечательный военачальник князь Александр Иванович Барятинский (1815–1879), личный друг императора.