В июне 2006 президент самопровозглашённой Ичкерии Абдул-Халим Садулаев был убит в результате спецоперации, проведённой российским ФСБ и чеченским спецназом в городе Аргун. Полномочия президента Ичкерии перешли к вице-президенту Умарову. Его заместителем стал Басаев. В июле 2006 Басаев был убит в результате взрыва сопровождаемого им грузовика со взрывчаткой. По версии ФСБ, взрыв стал следствием спецоперации, хотя источники, связанные с чеченскими сепаратистами, склонны утверждать о случайности и неосторожном обращении со взрывчаткой.
В феврале 2007 года А.Алханов ушёл с поста президента (формально по собственному желанию). Обязанности президента возложены на премьера Кадырова (младшего сына Ахмата Кадырова), который командует республиканскими силовыми структурами.
Тем временем на территории республики и соседних регионов сохраняется диверсионная и террористическая активность сепаратистов.
В период контроля территории региона сепаратистами в Чечне работали рынки рабов: в Грозном и Урус-Мартане, где продавали людей, в том числе, похищенных из других российских регионов. В документальном фильме "Рынок рабов" телекомпании «ВИД», снятого на основе свидетельств заложников, рассказывается об обстоятельствах похищения и жизни в плену. Заложники похищались из Северного Кавказа, Ростова, Волгограда, Москвы. В частности, в фильме упоминается случай, когда в Урус-Мартане был сделан заказ на "17-летнюю блондинку, ростом 172 сантиметра, с третьим размером груди, девственницу". Через неделю девушка была похищена в Новороссийске и привезена в Чечню. Места ("зинданы"), где содержались рабы, были оборудованы решётками, цепями, нарами, окошками для подачи еды. По данным авторов фильма, в зинданах Грозного и Урус-Мартана содержалось более 6 тысяч человек. Поводом для съёмок фильма стало похищение в Чечне журналистов Ильяса Богатырева и Владислава Черняева.
По оценкам Тишкова, в Чечне за 1990-е годы более 46 тысяч человек обращено в рабство или использовалось на принудительных работах [Пути мира на Северном Кавказе / Независимый экспертный доклад под ред. В. А. Тишкова. — М, 1999. — С. 18.]. В апреле 1997 года Чечня получила 11 триллионов рублей финансовой помощи из государственного бюджета России, которые были расхищены сепаратистами.
Правящая группировка сепаратистов в своей информационной политике пропагандировала антисемитизм. (Вахаев Л. Политические фантазии в современной Чеченской республике] // Чечня и Россия: общества и государства. Сборник материалов к конференции, 1999). Историк Лема Вахаев приводит один из примеров антисемитского высказывания ваххабитов: "Чтобы иметь иудейский метод мышления, необязательно являться евреем по крови или становиться таковым, сроднившись с "дочерью Сиона". Достаточно быть лицемером, трусом и скрягой… Недолго осталось ждать… когда о Чечне скажут: "Очередная Иудея"". Другим примером является выступление Аслана Масхадова "Сегодня я вынужден признать, что у нас есть ваххабитская идеология, которая делает из нашей молодежи роботов, отравляет ее сознание. Эта идеология привносится искусственно. Ее внедряют и распространяют наши враги и евреи…".
По мнению Вахаева, данное высказывание отражало мышление сепаратистов, находящихся у власти: "Антисемитизм сегодня привносится в чеченское общество правящей элитой, значительная часть которой находится под влиянием исламских радикалов-фундаменталистов. Именно поэтому на контролируемом движением ваххабитов телеканале «Кавказ» лейтмотив "Нам равных нет. Мы все сметем. Держись, Россия — мы идем!" неразрывно связан с призывом "Будет наш Иерусалим!". В официальной сепаратистской газете по поводу англичан говорилось: "Перед цивилизованным миром мы в очередной раз предстали в образе средневековых дикарей… Спецслужбы России и Израиля сегодня ликуют. Как и все явные и тайные враги ЧРИ". Как писал в своей книге представитель российского отделения лиги Василий Лихачёв: "Информационное обеспечение чеченским сепаратистам осуществлял Мовлади Удугов, известный своими антисемитскими взглядами. В результате после временной победы сепаратистов в 1996–1999 годах Чечня стала регионом победившего антисемитизма (что прекрасно иллюстрирует тезис о возможности антисемитизма без евреев — ведь речь идет о мифологии, а не о реальном противостоянии с реальным врагом).
Журналисты с удивлением констатировали, что "до войны чеченцы относились к этому народу достаточно доброжелательно, сегодня же ситуация резко изменилась". Чеченские боевики в интервью журналистам утверждали, что "чеченцы стали жертвой мирового сионистского заговора", или что "евреи руками глупых русских убивают мусульман" [Политический антисемитизм в современной России (авг. 2003) — Глава 2. Российские мусульмане и антисемитизм].
Георгий Заалишвили, который провел около года в плену в Чечне, отмечал: "Больше всего фундаменталисты по каким-то причинам ненавидели не русских, а евреев. Они снабжали меня литературой, которая в основе своей была такой же, которую распространяют в Москве «Память» и ей подобные организации. Жидо-масонский заговор был одной из излюбленных тем для бесед". В своём интервью предводитель группировки сепаратистов "Западный фронт ВС ЧРИ" Доку Умаров заявил [Авраам Шмулевич. Месть за президента] // Агентство политических новостей, 27 июня 2006]: Враги называют Джихад терроризмом. Это тоже одна из пропаганд сионизма, еврейское лобби, которое заправляет сегодня всей информационной системой в этом мире, старается очернить сегодня наш джихад, оклеветать наш джихад и наш народ какими-то именами… Сегодня евреи, сплотив те государства, которые подконтрольны им, объединили весь христианский мир для уничтожения мусульман… Я думаю, что мы стоим на пороге больших событий, когда мусульманский мир просыпается и понимает, что, вместо того, что бы они были рабами Аллаха, они были рабами евреев. Так что, думаю, братья-мусульмане поднимутся на большой джихад.
Абсолютное большинство населения в анклаве составляют чеченцы (95,5 %), проживают также русские, кумыки, аварцы, ногайцы, ингуши. До депортации чеченцев и последующего их возвращения в северных районах республики русские и русскоязычные (казаки) составляли абсолютное большинство населения. В Грозном и бассейне Сунжи их количество также было значительно. Довоенное русское и русскоязычное население было вынуждено покинуть территорию Чечни в период правления Джохара Дудаева в 1991–1994 гг, и значительное число погибло в период активных военных действий в 1994–1996 гг. Президент России Путин заявил, что в "результате этнических чисток в Чечне погибло до 30 тыс. человек, а возможно, и больше". В году «газета» со ссылкой на Министерство по делам национальностей России сообщила, что в Чечне с 1991 по 1999 годы было убито более 21 тыс. русских (не считая погибших в ходе военных действий), захвачено более 100 тысяч квартир и домов, принадлежащих представителям не чеченских этносов, более 46 тыс. человек были фактически превращены в рабов. У них отбиралось имущество и паспорта при попустительстве республиканских и федеральных властей. Более 450 тысяч человек вынуждено было бежать. Несмотря на то, что существуют многочисленные свидетельства того, что убийства, грабежи и иные преступления в Чечне массово производились со стороны боевиков, российские правоохранительные и судебные органы только эпизодически направляли свои усилия на юридическое закрепление этого факта и редко доводили эти действия до конца. В России не был проведен ни один громкий процесс над руководителями Чечни, также не расследовались вменяемые им преступления. Большинство террористов были уничтожены в результате проводимых спецопераций контр террористического характера.
1 февраля 1995 года Федерации возбудила уголовное дело по ст. ст. 64 п. «а», 70-1, 133-1 ч. 1, 74 ч. 3 УК РСФСР против Д. Дудаева, который, в частности, обвинялся в розни: На территории Чеченской Республики в результате проводимой Дудаевым Д. М. и его окружением политики происходит разжигание социальной, национальной, религиозной вражды и розни, что повлекло откровенную дискриминацию русскоязычного населения, подвергнувшегося оскорблениям, угрозам расправы, прямому насилию, унижению достоинства, противоправному изъятию личного имущества и в силу этого вынужденного покидать территорию республики. То есть Дудаевым совершено преступление, предусмотренное ч. 3 ст. 74 УК РСФСР. До суда над Дудаевым дело не дошло. апреля 1996 года российские спецслужбы в районе села Гехи-Чу, в 30 км от Грозного, уничтожили его в результате проведённой спецоперации. Также, в конце 1999 Генеральная прокуратура России потребовала от Масхадова "незамедлительно явиться для дачи показаний по делам о геноциде русского населения" в Чеченской республике после обнаружения массовых захоронений на территории республики. Публично освещённого юридического продолжения это дело не получило, а для дачи показаний Масхадов не явился.