В 2007 году Кадыров был награждён орденом "Золотая звезда — Честь и Достоинство" и званием "Заслуженный защитник прав человека" Международного комитета защиты прав человека. По словам помощника председателя Международного комитета защиты прав человека Александра Сапронова, Кадыров награждён за "личный вклад в дело защиты прав человека". Ряд международных и российских правозащитных организаций возлагают на него ответственность за похищения, пытки и бессудные убийства. Эти обвинения не подкреплены судебными решениями.
С другой стороны, Кадыров обвинялся рядом организаций в причастности к похищению граждан. Рамзана Кадырова неоднократно обвиняли в причастности к похищению мирных жителей, на что он отвечал угрозами. В частности, Кадыров обещал подать в суд на журналистку Политковскую, обвинявшую его в изнасилованиях и похищениях, что, однако, не было сделано. В частности, по данным ряда источников, Кадыровым сразу после убийства его отца были похищены и заключены в его личной тюрьме в селе Хоси-Юрт (Центорой) родственники чеченского террориста Умарова: 70-летний отец, жена, 6-месячный сын и сестра. В январе 2004 г. британская газета «Гардиан» утверждала, что Р. Кадыров лично пытает и избивает заключенных. Газета описала историю работника бензоколонки по имени Арби, задержанного службой безопасности Кадырова.
После трех дней избиений в подвале дома в селе Хоси-Юрт в камеру вошел Рамзан. "Я никогда раньше не видел Рамзана, только по телевизору", — рассказал Арби корреспонденту Guardia№. Арестанты стояли в ряд, и сын президента Чечни спросил: "Вы знаете, кто я?". Арби уважительно ответил «да», после чего был избит. "Рамзан бил меня по голове и ногой в пах. Они сломали мне нос", — сказал он. Пресс-секретарь администрации Кадырова Вахаев заявил тогда, что Рамзан никогда не участвует в избиениях и пытках. Как заявил Пономарев от имени российских правозащитников, в настоящее время именно спецназ Кадырова является главным виновником гибели мирных жителей и похищений в Чечне (боевики, по его мнению, менее активны). Руководитель Московской хельсинкской группы Алексеева заявила: Я знаю, что Кадыров не только проводит политику похищений людей, которые бесследно исчезают, или которых потом находят мертвыми со следами пыток, или оказываются в заключении по сфабрикованным обвинениям, я знаю, что он сам принимал участие и в пытках, и в убийствах…
В совместном заявлении российских правозащитников Кадыров обвиняется, кроме нарушений прав человека, в создании тоталитарного режима. По утверждению "Хьюман Райтс Вотч", в рамках российской политики «чеченизации» конфликта все более заметная роль отводилась силовым структурам Чеченской Республики, подконтрольным Рамзану. В 2004–2005 гг. они постепенно заняли место федеральных сил в качестве главных фигурантов насильственных исчезновений. «Кадыровцы» располагают собственными тюрьмами, которые находятся вне юрисдикции каких-либо профильных государственных структур, и где содержатся под стражей сотни людей, зачастую подвергающихся недозволенному обращению. Республиканские силовые структуры также несут ответственность за практику принуждения лидеров боевиков к сдаче с помощью захвата в заложники их родственников.
Кремль не только попустительствует такой практике, но и фактически поощряет ее: Рамзан Кадыров стал первым вице-премьером Чечни и Героем России. В ходе выездов представителей HRW в Чечню в апреле-сентябре 2006 года были зафиксированы 82 случая похищения и пыток людей. В 2006 г. HRW располагала детальными описаниями не менее 10 объектов, где незаконно удерживаются люди — в основном это базы или частные дома, которые принадлежат лояльным Кадырову командирам. Согласно докладу, приемы пыток, используемых Кадыровым и его подручными, следующие: пытка электрическим током; избиение электрическим кабелем или пластиковыми бутылками, заполненными водой или песком (чтобы не оставалось следов); прижигание папиросой; изнасилование. Один из свидетелей, 29-летний Селим С., задержанный в марте 2006, утверждал, что его держали с завязанными глазами в течение пяти дней прежде, чем начать пытать. "Они надели противогаз на мое лицо и перекрывали воздух, пока я не начинал задыхаться" — сказал он. — "Они неоднократно били меня током… Один удар пришелся на язык". Он утверждал также, что его били по паховой области и угрожали изнасилованием. Аналогичные обвинения выдвигала и "Эмнисти Интернейшнл".
По данным Международной федерации прав человека в Хельсинки, среди существующих в Чечне частных тюрем по крайней мере две расположены в родовом селении Кадырова Центорой и находятся в его личном распоряжении. Одна из них состоит из бетонных бункеров или камер, где содержат похищенных родственников боевиков (включая стариков, женщин и детей) с целью шантажа последних. В частности, там держали отца и жену Умарова, и семерых родственников Масхадова, отпущенных после убийства последнего… По словам последних, их держали вместе в бетонной камере 3 на 3 метра без мебели, с одним зарешеченным окном на потолке. Им приходилось сидеть и спать на полу; коек или одеял не выдавали; купаться не разрешалось, а из бункера их выводили только в туалет. Кормили только хлебом и водой. Изредка питьевая вода была горячей, но чая или сахара никогда не давали. Их ни в чем не обвиняли, допросов не проводили.
По факту похищения родственников Масхадова прокуратура Чечни возбудила уголовное дело, однако приостановила его "из-за невозможности привлечь свидетелей к ответственности в качестве подсудимых". По утверждению заместителя Генерального прокурора Российской Федерации Н. И. Шепеля, "родственников Масхадова освободили в результате специальной операции, организованной правительственными силами". Вторая тюрьма находится во дворе или в непосредственной близости от дома Кадырова. Она расположена в здании с по крайней мере двумя этажами. В подвале дома находятся камеры заключенных, а также помещения для допросов и пыток. На верхнем этаже — тренажерный зал. Некоторых заключенных держали на верхнем этаже (вероятно, за нехваткой места в подвале), приковывая наручниками к отопительным батареями, при чем свидетели утверждают, что видели Кадырова, который в это время занимался в тренажерном зале. Третья тюрьма, предположительно находится на юго-восточной окраине селения, в местности, по утверждениям жителей являющейся базой «кадыровцев». Она также используется для содержания незаконно похищенных членов семей боевиков.
В сентябре 2007 г. Каспаров, выступая на пресс-конференции, назвал Кадырова бандитом. После этого чеченский парламент подал на него в суд за оскорбление президента Чечни, причём спикер парламента Чечни Абдурахманов заявил на радио "Эхо Москвы": Депутаты возмущены выходкой Каспарова, который позволил себе публично оскорбить президента Чеченской Республики Кадырова. Такую же реакцию вызвали слова шахматиста и среди всего населения Чечни… Когда Каспаров играл в шахматы и строил планы, как бы сделать Россию «другой», Россией для Запада, а не для россиян, Кадыров воевал за эту Россию. Он на поле битвы доказал, что является верным сыном Отечества, патриотом России. Это благодаря ему и его отцу Ахмату Кадырову перестали поступать гробы с телами военнослужащих во все регионы страны.