Сигизмунд вполне мог бы раздавить патриотов. Но его силы связала героическая оборона Смоленска. Лишь в июне 1611 г., когда погибло большинство защитников, враг сумел захватить город. Падение Смоленска пышно праздновалось всем католическим миром. Балы, торжества с фейерверками шли даже в Риме. Папа объявил отпущение грехов всем участникам кампании. Генерал иезуитов Аквила провозглашал: «О, даруй, Боже, яснейшему королю польскому, для блага христианской церкви уничтожить коварных врагов московитян».
Ну а шведы воспользовались ошибками Ляпунова. Делали вид, будто ведут переговоры, а сами подтягивали войска к Новгороду. А потом предъявили ультиматум о сдаче. Город отказался, и шведы ринулись в атаку. Правда, ее удалось отразить, но ночью шведы проникли в крепость с помощью предателя. Началась резня, паника. Среди тех, кто сражался до конца, был атаман Тимофей Шаров с 40 казаками. Им предлагали сдаться, обещая жизнь. Они отвечали: «Не сдадимся! Умрем все за православную веру!» И пали в сече до единого. Новгород был взят.
Неладно было и в подмосковном лагере. Сношения со шведами вызвали недоверие казаков к Ляпунову. Их недовольство подогревал Заруцкий. К тому же земское правительство не сумело организовать нормальное снабжение. Если от городов что-то присылали своим отрядам, то казаки были вынуждены самоснабжаться, что приводило к конфликтам, грабежам, жалобам. Тем более что за время Смуты к казакам прибился невесть кто. Кончилось тем, что воевода Плещеев поймал 28 казаков по обвинению в грабеже, а Ляпунов без особого разбирательства приказал их «посадить в воду». Казачество возмутилось. Об этом узнали осажденные поляки и провернули интригу. От имени Ляпунова было изготовлено письмо, где он якобы требовал истребления всех казаков, «зачинщиков смут». И через некоего Заварзина фальшивку подкинули казакам. Ее зачитали на кругу, народ забушевал и вызвал Ляпунова. Он отрицал свое авторство, но возбужденные казаки не стали его слушать и изрубили саблями.
После гибели предводителя стали уезжать дворяне. Основой ополчения остались казаки. Между тем к полякам подошло подкрепление, свежий корпус Сапеги. Он прокатился по Руси, отметившись страшными зверствами. Людей сжигали, сажали на кол, рубили руки, ноги, женщинам резали груди. Набрав обоз продовольствия, корпус ударил по осаждавшим извне, гарнизон Москвы предпринял вылазку изнутри, и кольцо было прорвано. С этого момента полной блокады больше не было. У казаков не хватало для этого сил, они осаждали Москву только с востока и юга. Но не ушли, обосновались капитально. Понастроили острожки, соорудили «лавы» – наплавной мост через Москву-реку. А 15 сентября установили батарею мортир и стали обстреливать Китай-город калеными ядрами. Одно попали в сарай с сеном, и заполыхало. Защитники бежали в Кремль, а казаки полезли на стены. Но и сами не смогли продвинуться из-за пожара, охватившего весь Китай-город. А потом оккупанты согнали их со стены огнем артиллерии.
Однако выжгли Китай-город очень кстати. К Москве из Смоленска вел войско литовский гетман Ходкевич. Теперь же оказалось, что в столице ему разместиться негде. Ходкевич хотел было решить проблему иначе – уничтожить казаков. Вывел 10 тыс. воинов и атаковал острожки у Яузы. Но не тут-то было. Казаки уклонялись от рукопашной и осыпали врага пулями из-за укреплений, из-за торчавших на пепелищах печей. Конница на пожарище не могла развернуться, а пехота в атаках несла большие потери. Когда же поляки стали отступать, казаки нанесли контрудар, отсекли часть неприятелей, загнали в Яузу и перебили. И Ходкевич, потерпев поражение, разделил свои силы. Часть войска оставил в Москве, а сам ушел собирать припасы. Пошла затяжная тяжелая война. Казаки вели кровопролитные бои за овладение отдельными укреплениями, узлами обороны. А Ходкевич несколько раз прорывался с обозами, сменял гарнизон.
Россия лежала в полном развале. Ее уже опустошали все кому не лень – поляки, литовцы, шведы, украинцы, татары, разбойники. Но все шире разворачивалась народная борьба. Отряды партизан – «шишей» нападали на оккупантов. А в Нижнем Новгороде Минин и Пожарский стали формировать Второе земское ополчение. Когда об этом узнали поляки в Москве, они обвинили во всем Гермогена. Кричали на него, что это он мутит народ своими призывами. Требовали написать увещевание о роспуске ополчения. Патриарх-казак ответил: «Да будет над ними милость от Бога и от нашего смирения благословение, а на изменников да излиется от Бога гнев, а от нашего смирения да будут прокляты в сем веке и в будущем». 17 февраля патриарха не стало. Поляки уморили его голодом. Впоследствии Православная Церковь причислила его к лику святых.