В марте 1611 года казаки выбили поляков из Москвы и выбрали временное правительство России из трех лиц: казацких вождей — князя Трубецкого и атамана Заруцкого, и дворянского предводителя Прокофия Ляпунова. Дворянское ополчение стояло около Москвы. Когда Ляпунов озлобил своих союзников казаков, дворянский лагерь не смог защитить своего предводителя и без труда был разогнан казачьими саблями.
Казаки были для земской дворянской рати страшнее самих поляков, и на предложение атаманов их руководители отвечали: “Отнюдь нам вместе с казаками не стаивать”. Но скоро стало видно, что без поддержки казаков ничего не сделать, и три
месяца стоянки под Москвой дворянское ополчение стояло без действия. В рати князя Пожарского числилось более сорока начальных людей - все с родовитыми служилыми именами, но только два человека сделали крупные дела, да и те были не служивые люди: это — монах А.Палицин и мясной торговец К.Минин. Монах по просьбе Пожарского в решительную минуту уговорил казаков поддержать дворян, а Минин с отрядом сделал удачное нападение на гетмана Хоткевича, который прорывался к Кремлю со съестными припасами для голодающих поляков. Казаки же взяли приступом Китай-город, в то время как земское ополчение не решилось штурмовать Кремль. Казацкие атаманы, а не московские воеводы отбили от Волоколамска войска короля Сигизмунда и принудили его вернуться в Польшу. Дворянское ополчение здесь еще раз показало свою малопригодность делу, которое было его сословным ремеслом и государственной обязанностью.
Вожди казацкого и земского воинства разослали по всем городам повестки, призывающие в столицу духовенство и выбранных людей из всех чинов для земского совета. В начале 1613 года в Москву стали съезжаться выборные всей земли Русской. Вопрос, поставленный на Соборе, выбирать ли царя из иноземных королевских домов — польского или шведского королевичей или иных немецких вер, получил отрицательное решение. В деле царского избрания казаки заявили себя патриотами, выдвигая своих кандидатов: малолетнего Ивана, сына Лжедмитрия-2 и Михаила Романова, отец которого Филарет был ставленник самозванцев. Филарет получил сан митрополита от первого и провозглашен патриархом в подмосковном лагере вторым самозванцем. Казачество, естественно, хотело видеть на московском престоле или сына своего тушинского царя или сына своего тушинского патриарха. В самый разгар борьбы партий из рядов выборных вышел донской атаман и положил писание. “Какое это писание ты подал, атаман?” спросил его князь Д.М.Пожарский. “О природном царе Михаиле Федоровиче”, — ответил атаман. Этот атаман будто бы и решил дело: “прочетше писание атаманское и бысть у всех согласен и единомыслен совет”, — так пишет один бытописатель. Михаила провозгласили царем.
Атаман Заруцкий со своими казаками продолжал борьбу по возведению на престол сына Марины Мнишек — Ивана.
Заруцкий был давно влюблен в Марину и задался целью довести дело по конца. Атаман Заруцкий переходит от поляков в ополчение Ляпунова, потом в народное ополчение Пожарского, затем участвует в сговоре против него, — все это в зависимости от отношения их к царевичу Ивану и возможности его возведения на трон. Его казачий отряд мечется по России вместе с Мариной Мнишек и ее сыном. Такое рвение атамана усилилось тем, что он тайно обвенчался с Мариной Мнишек и мечтал быть при малолетнем Иване правителем России. Заруцкий был и в Коломне, делал набег на Рязань, затем подался по Оке на Волгу в Астрахань, надеясь на поддержку донских казаков. Сторонников у Марины и Заруцкого становится все меньше после избрания в 1613 году царем Михаила Романова. Казаки Заруцкого ушли на Яик, но там их выдали правительству. Заговорщиков привозят в Москву и казнят: атамана Заруцкого сажают на кол, трехлетнего Ивана вешают, а Марину отправляют в Коломну и заточают в круглую башню Кремля. Тогда ей было 28 лет.
Борьба за власть, которая чуть не погубила Россию, прекратилась. Было положено начало царствования династии Романовых.
Испокон веков на Дону казаки жили охотой, рыболовством, ремеслами, но главными их занятиями были сторожевая служба и набеги на владения Крыма и Турции. Походы казаков “за зипунами” (как говорили в те времена) служили источником немалых доходов. В казачьей среде действовал неписаный закон — “С Дону выдачи нет”. Поэтому и устремились на Дон сирые и обиженные всей Руси.
Царское правительство до поры до времени мирилось с такой обстановкой. Но массовый уход холопов и крестьян от бояр на Дон продолжался. Не прекращались и дерзкие казачьи набеги на Персию (Иран), тогда отнюдь не враждебную России, а также нападение на купеческие караваны на Волге и Каспии, притеснение и грабеж подвластных Москве кочевников — все это вынудило власти принять ответные меры. Царь Алексей Михайлович стал намеренно задерживать жалование казакам хлебом (по тогдашним обычаям казаки землю не пахали) и порохом, тем самым стараясь пресечь “воровские” казачьи вылазки в Нижнем Поволжье. Но меры эти оказались безуспешными. Массы беглых селились на берегах “батюшки Тихого Дона”. Росла численность войск. Пришлые люди хотели как-то разбогатеть, а поэтому мечтали о новых походах за добычей или же о поступлении на царскую службу с получением регулярного жалования.