После Смуты произошло сближение, а затем и слияние «верховцев» и «низовцев» в одно войско. Этому способствовала политика российского правительства, которое именно с «низовцами» вело сношения, называло их «Великим войском» и платило жалованье.
Новая единая военная структура продолжала носить прежнее название – «войско». Она располагала полнотой власти в пределах всей территории. В качестве самостоятельного государственного образования Великое войско Донское было признано Запорожьем, Польшей и Ираном.
В Войске был единый центр, где находился войсковой атаман, собирался Круг и войсковой суд. Сначала это был городок Раздоры, в конце ХVI века центр переместился в низовья Дона, в городок, название которого точно неизвестно, но в грамотах того времени его уклончиво называют «Стыдное имя». В 1613 году новым центром стал городок Монастырский, расположенный немного ниже городка Черкасского.
Власть Войска на Дону считалась единственной и непререкаемой. Войско пресекало возникновение самостоятельных независимых поселений, и если они появлялись, безжалостно их разоряло. Строго соблюдалась система обычаев и запретов, сложившихся на Дону. Все так же под страхом смерти запрещали пахать землю, что, по мнению Войска, вело к экономическому неравенству и падению боеспособности.
Вот так в начале ХVII века сложился тип казака – универсального воина, одинаково способного участвовать в морских набегах, сражаться на суше в конном и пешем строю и, как показало недалекое будущее, прекрасно знающего фортификацию, минное и подрывное дело.Значительная часть казачества дорожила независимостью Дона и понимала, что царское жалованье влечет за собой экономическую зависимость от Москвы. Выход виделся в захвате крупнейшего экономического центра Причерноморья – города Азова. Опираясь на него, Войско Донское держало бы под контролем Азовское море и другие важные торговые пути.
В 1636 году, после очередного опустошительного набега крымских татар, русское правительство стало строить засечную черту – огромную по протяженности систему укреплений. Но, отгораживаясь от татар, Москва одновременно отгораживалась и от казаков. По крайней мере, многие казаки восприняли это именно так.
9 апреля 1637 года на Войсковом круге донские казаки решили взять Азов, не ставя в известность российское правительство. С 21 апреля началась осада, которую возглавил атаман Михаил Татаринов. В союзе с донцами были запорожцы. Одни казаки отвлекали турок перестрелкой из-за плетеных туров, другие день и ночь вели подкоп под стены. Руководил подкопами казак «родом из немецкой земли» Иван Арадов. 16 июля взрыв разрушил часть стены. Казаки бросились в пролом. С другой стороны крепости донцы и запорожцы полезли на стены по лестницам. К концу дня Азов был взят, турецкий гарнизон перебит. Казаки объявили Азов центром Войска Донского.
Царское правительство, боясь ухудшения отношений с Турцией, выразило свое недовольство казакам. Но поскольку после взятия Азова татарские набеги из Крыма резко сократились (казаки из Азова напрямую угрожали крымским берегам), царь и бояре стали слать казакам повышенное жалованье, хотя в переговорах с турками и осуждали казачье предприятие.
Казаки объявили в Азове беспошлинную торговлю, а сами готовились отбить у турок еще и Темрюк, чтобы окончательно укрепиться на Азовском море.
Турки долго не могли собраться и отвоевать Азов. Им мешала война с Ираном и смена султанов. Наконец только что вступивший на престол султан Ибрагим I назначил поход на 1641 год.
В июне огромное турецкое войско осадило город. Источники говорят, что султан послал под стены Азова 240 тысяч человек, среди них были наемники и специалисты минного дела из Европы. Семь с половиной тысяч казаков сели в осаду, отказавшись сдать город. Но это было далеко не все войско. Часть низовцев отказалась поддержать осажденных, заявив: «Лучше мы умрем за свои черкасские щепки, чем за ваши азовские камни». Но многие казаки с Верхнего Дона стали прорываться в осажденный Азов, чем оказали большую помощь защитникам.
Первый жестокий штурм был отбит, причем погибли все европейские наемники, посланные турками на стены первыми. Тогда турки блокировали город и начали минную войну – стали подводить под стены подкопы, чтобы взорвать их. Но казаки превзошли противника в этом искусстве. Против подкопов они вели контрподкопы и подземными взрывами уничтожали вражеских минеров.
Новые попытки штурма, когда турки волнами накатывались на стены в течение трех дней, тоже были отбиты. Турецкая артиллерия сровняла многие азовские стены с землей, но казаки зарылись в землю, делали постоянные вылазки и не пускали врага в город.