Весной 1667 года начался очередной поход донских казаков на Каспийское море. Во главе его стоял Степан Тимофеевич Разин. Разин происходил из известного на Дону казачьего рода. Крестным отцом Степана был войсковой атаман Корнила Яковлев, прославленный воин. Сам Степан уже стал известен как храбрый воин, удачливый военачальник и умелый дипломат.
Отряд Разина направился на Волгу, силой прорвался вниз по реке мимо Царицына, прошел в Каспийское море и занял правительственную крепость – Яицкий городок, находившийся в устье реки Яик. Перезимовав там, казаки двинулись по морю во владения персидского шаха. Они захватили большую добычу в прибрежных селениях, а зиму провели на Южном побережье Каспия. Весной они разбили посланный против них иранский флот, но, опасаясь новых персидских сил, отошли к Астрахани.
Воевода князь И. Прозоровский опасался, что из-за дальнейших разбоев разинцев на море испортятся русско-иранские отношения, но своих сил для обуздания Разина у Прозоровского не было. Прозоровский предложил казакам «утихомириться и вернуться на Дон». Проходя Астрахань, разинцы щедро раздавали народу деньги и другую добычу. Слава об атамане и его казаках разошлась по всей Волге.
Осенью 1669 года Степан Разин вернулся на Дон, но войска своего на зиму не распустил. В апреле 1670 года Разин с войском явился в Черкасский городок. На Войсковом круге он заявил Корниле Яковлеву: «Ты владей своим войском, а я владею своим войском». Это означало раскол среди донского казачества и потерю Войском Донским прежней власти на Дону.
В мае 1670 года Степан Разин со своим войском вышел на Волгу, захватил Царицын и Астрахань и двинулся вверх по реке. Жители поволжских городов примыкали к Разину и объявляли себя казаками. Повстанцы били бояр и дворян, но не шли против царя. Восстание стремительно разрасталось. Разинцы заняли Саратов и Самару и подошли к Симбирску.
В разгар боев под Симбирском 1–4 октября на помощь осажденному городу подошло войско князя Ю. Барятинского. Разинцы потерпели поражение. Сам атаман 1 октября был «рублен саблею и застрелен из пищали в ногу». Казаки отвезли его в бессознательном состоянии на Дон.
Правительство требовало выдачи Разина. Казачья верхушка решила нарушить неписаный закон казаков – «С Дона выдачи нет». 14 апреля 1671 года Корнила Яковлев и верные ему казаки разгромили разинскую резиденцию, городок Кагальницкий, схватили Степана Разина и выдали его царскому правительству.
6 июня Степана Разина казнили вместе с его братом.
После подавления движения Степана Разина в 1671 году на Дон прибыл полковник Григорий Косагов. Он привел Войско Донское к присяге на верность царю Алексею Михайловичу. Присяга рассматривалась как гарантия верной службы царю, установление более сильной, чем раньше, власти московского правительства над донскими казаками. Однако сношения Дона с Москвой, как и прежде, шли через Посольский приказ, и нигде в грамотах не указывается, что, приняв присягу, донские казаки «учинились в подданстве» России. Многие казаки считали, что, «поцеловав крест Алексею Михайловичу», они дали присягу на верность непосредственно царю, но не России и выполняли те распоряжения, что исходили непосредственно от царя, но не от бояр.
Русское правительство охотно привлекало донцов к любым военным действиям. А войн в тот период хватало. После завершения войны с Польшей в 1667 г. и перехода к России по Андрусовскому перемирию (закрепленному Вечным русско-польским миром 1686 г.) Левобережной Украины и Киева главными противниками России стали Турция и Крым. В 1675 г. донские казаки вместе с запорожцами и калмыками под общим командованием князя К. Черкасского ходили на Крым и разбили войска хана.
Во время Русско-турецкой войны 1676–1681 гг. атаманы Михаил Самаренин и Фрол Минаев руководили донцами в сражении под крепостью Чигирин (в 1678 г.). Другие казачьи отряды ходили морем на крымские и турецкие берега, оказывая помощь русским войскам.
Во время Крымских походов князя В.В. Голицына в 1687 и 1689 гг. казаки сражались и на суше, и на море. Особенно отличился атаман Фрол Минаев, разгромивший в 1687 г. крымских татар у речки Овечьи Воды.
Новый этап в жизни России начался с приходом на престол царя Петра.Петр I решил покончить с турецкими и татарскими набегами на южные окраины России, а также овладеть выходом в Азовское и Черное моря. Первым шагом в решении этой нелегкой задачи стало взятие Азова. К участию в борьбе за Азов Петр I, конечно же, привлек Войско Донское, уже имевшее опыт взятия и обороны этого города.
Во время первого похода в 1695 г. и осады Азова казаки захватили две турецкие башни на донской протоке Каланча, перекрывавшие выход в море. Эти башни были хорошо укреплены и имели 34 пушки. Первую башню захватили 200 казаков-добровольцев. Захватив в первой башне орудия, казаки открыли из них огонь по второй башне, и турки ушли из нее.
Первый поход все равно оказался неудачным. Из-за отсутствия у русских флота не удалось блокировать город со стороны Дона и моря. Поэтому зимой 1695/96 г. на верфях в Воронеже Петр I организовал строительство флота, невиданное по размерам и скорости.
В мае 1696 г. Петр I получил известия, что турки в Азове усиливаются, к городу подходит турецкий флот. Против турецких кораблей были посланы многочисленные казачьи струги и русские галеры. В морском сражении казаки разгромили турецкий флот. Турки потеряли 9 судов и стали уходить. Казаки бросились за ними в погоню и захватили еще 2 корабля и 10 галер. Отныне Азов был прочно взят в тиски с суши и с моря. 17 июня начался штурм крепости, во время которого русские войска овладели одним бастионом, а донские казаки атамана Фрола Минаева и запорожцы Якова Лизогуба – другим. Положение турок стало безнадежно, и 19 июня они сдались.
Захваченный Азов на некоторое время стал важным административным центром на юге России.
Храбрость Войска Донского была оценена Петром I, и за участие во взятии Азова донцы получили от царя крепость Лютик на протоке Дона – Мертвом Донце. Однако эта царская любовь к казакам была недолгой.После присоединения Азова к России Петр I решил поставить все Войско Донское под свой полный контроль. Особенно не нравилось ему, что казаки продолжали принимать на Дону беглых. Царь сам нуждался в людях, в рабочей силе, в рекрутах и не мог терпеть, что кто-то прячется от него на Дону. В Войско полетели распоряжения о высылке людей, пришедших на Дон после 1696 г., и о запрете принимать беглых, но казаки в них особо не вчитывались.
С начала XVIII в. разгорелся спор между Войском Донским и соседним слободским украинским Изюмским полком за земли по р. Северский Донец, где находились соляные промыслы. Донские казаки, которые занимались рыболовством, всегда нуждались в соли. Но русские власти склонялись в пользу Изюмского полка, опасаясь, что если промыслы окажутся в руках донских казаков, то там найдут приют и работу беглые со всей России.
В 1705 г. в Астрахани вспыхнуло восстание против петровских преобразований. Астраханцы обратились за помощью к донским казакам. Но те, наоборот, выступили против астраханцев и помогли царским войскам подавить восстание. Петр I был очень доволен Войском Донским, пожаловал казакам 20 тыс. рублей, знамя и другие знаки отличия. Но по вопросу о спорных землях с изюмцами Петр I оставался непреклонен.
Тогда в конце 1705 г. донские казаки во главе с атаманом Кондратием Афанасьевичем Булавиным силой изгнали Изюмский полк со спорных мест и сами стали там варить соль. В июне 1706 г. дьяк Горчаков с отрядом солдат прибыл на место конфликта разобраться в ситуации. Но Булавин с казаками арестовали дьяка, не дав ему расследовать дело, и отправили его в Воронеж, где и выпустили. Такое неповиновение вызвало гнев царя.
В сентябре 1707 г. на Дон прибыл крупный отряд под командованием полковника князя Юрия Долгорукого, чтобы ловить беглых в казачьих городках и отсылать на прежние места жительства. Сыск велся очень жестокими методами. Беглых ловили, клеймили, резали им ноздри и уши, заковывали в кандалы. Долгорукий, усердствуя, арестовывал не только беглых, но зачастую и старожилых казаков. Возмущенные донцы решили убить полковника. Возглавил заговорщиков К. Булавин.