В ночь на 9 октября отряд Долгорукого был разбит в Шульгинском городке на р. Айдар – левом притоке Северского Донца. Самого Долгорукого булавинцы убили, а солдат отпустили в Таганрог.
Когда все это произошло, старшины и войсковой атаман испугались царского гнева. Против казаков-повстанцев ими был направлен карательный отряд во главе со старшиной Ефремом Петровым. В ноябре в сражении у Закотного городка отряд Ефрема Петрова разбил силы Булавина. Сам Булавин бежал в Запорожскую Сечь.Однако весной 1708 г. Булавин со своими казаками появился в верховых казачьих городках, собрал там сообщников, разбил отряд донских старшин на р. Лисковатке и вскоре без сопротивления овладел Черкасским городком. По постановлению Войскового круга были казнены старшины, выступавшие против Булавина, а 9 мая сам Булавин был избран войсковым атаманом.
Зная крутой нрав царя, булавинцы сделали попытку начать с ним переговоры и уверить, что теперь, сменив прежнего старшину, по-прежнему будут верно служить ему. Одновременно они двинули войско на Волгу, где захватили город Дмитриевск (Камышин) и осадили Саратов. Другое войско должно было сдерживать царские войска в случае их наступления на Дон. И еще один отряд сам Булавин готовил к походу на Азов.
Правительство направило против булавинцев полки регулярной армии, карательную экспедицию возглавил брат Ю. Долгорукого, лейб-гвардии майор князь Василий Долгорукий. В боях с войсками В. Долгорукого казаки потерпели поражение. Поход на Азов тоже закончился неудачей.
Пока шло сражение за Азов, в самом Черкасском городке старшины напали на Булавина и убили его. Потом они распространили слух, что Булавин застрелился. Самоубийство считалось страшным грехом, и церковь запрещала хоронить самоубийц на кладбищах.
Каратели Долгорукого двинулись по Дону, творя в городках суд и расправу. Казаки восстававших городков уничтожались поголовно. В городках, которые не восставали, убивали каждого десятого. Позже Долгорукий утверждал, что истребил 23 500 казаков. Никогда еще донское казачество не переживало такого разгрома.
Атаман Игнат Некрасов увел часть уцелевших повстанцев на Кубань, во владения крымского хана. Так за пределами России появились казаки-некрасовцы.
Разгром Булавинского восстания позволил русскому правительству упрочить свою власть на Дону. По указу Петра I от 18 декабря 1708 г. земля Войска Донского была включена в состав Азовской губернии. Часть земли по Северскому Донцу у казаков отобрали. Нового войскового атамана Петра Рамазанова назначил сам Петр I, не спрашивая мнения Войска. С 1718 г. избрание новых войсковых атаманов стало утверждаться царем, причем без права переизбрания Войсковым кругом. Наконец 3 марта 1721 г. Войско Донское было передано из ведения Иностранной коллегии в ведение Военной коллегии. Это, помимо прочего, означало включение Войска Донского в состав Российского государства и присоединение его земель к России.
С 1723 года на Дону был временно упразднен пост войскового атамана. Атаман стал называться «наказным» (назначенным по наказу), так как назначался царской властью.
Упало значение Войскового круга. Теперь его собирали главным образом для выслушивания царских указов и получения жалованья. В 1732 году Круг потерял право избирать походных атаманов, а с 1754-го – войсковых старшин. Власть сосредоточилась в руках атамана и канцелярии войсковых дел старшин.
Все это время казаки участвовали в войнах Российской империи, били ее врагов. В царствование императрицы Анны Иоанновны 2 тысячи казаков под командованием генерала Ласси участвовали в русско-польской войне в 1733 году. В 1736 году началась очередная русско-турецкая война, и шесть тысяч донских казаков атамана Фролова ушли сражаться с турками. Донские казаки первыми ворвались в крепость Очаков. В 1738 году вместе с генералом Ласси они ворвались в Крым. Это было первое вступление русских войск под командованием фельдмаршала Миниха на этот полуостров. Другой казачий отряд взял город Хотин.
Императрицу Анну Иоанновну сменила Елизавета Петровна. Войны империи продолжались. Шесть тысяч казаков участвовали в русско-шведской войне 1741–1743 годов.
Особо отличились донцы в знаменитой Семилетней войне против прусского короля Фридриха II. Впервые 16 тысяч донских казаков сражались так далеко от родины на землях Западной Европы. Невозможно перечислить все крупные сражения и мелкие бои, в которых они участвовали. Они были разведчиками, шли впереди русской армии, а в случае неудачи прикрывали ее отступление. В сражении при Гросс-Егерсдорфе, когда русская армия, застигнутая врасплох, не успела еще приготовиться к бою, казаки, очень искусно маневрируя, «лавой» сумели заманить знаменитых прусских драгун прямо на русскую артиллерию, и те понесли потери. В битве при Цорндорфе, окончившейся для русских неудачно, казаки все же сумели опрокинуть прусских гусар и захватить у врага восемь пушек.
В 1759 году полковник Луковкин со своими казаками в течение восьми дней опустошил всю Силезию. Здесь он несколько раз разбивал знаменитых «черных» гусар, которые носили название «бессмертных», так как их никогда еще не побеждали.
В 1760 году донские казаки участвовали в штурме Берлина, который капитулировал через пять дней. Здесь донцы захватили одежду Фридриха Великого (мундир, перчатки и пр.), которая теперь хранится в Историческом музее Петербурга.
В Семилетней войне казаки впервые сражались под началом А.В. Суворова. После ряда удачных набегов под командование Суворова передали семь казачьих полков.
В Семилетнюю войну отличились казачьи полки Ивана Грекова, Абросима Луковкина, Бориса Луковкина, Орлова, Поздеева, Попова, Серебрякова и других. Особенно прославился атаман Федор Иванович Краснощеков. За подвиги в этой войне Краснощекову были пожалованы сабля и грамота, а в 1763 году он получил звание генерал-майора в связи с похвальными отзывами пяти генерал-фельдмаршалов, под начальством которых он служил свыше 36 лет. Сами казаки считали Краснощекова колдуном, который якобы может заговаривать пушечные ядра и поэтому нисколько не боится артиллерийского огня противника.
За участие в Семилетней войне Войску Донскому было пожаловано большое белое знамя. В память о донских героях в 1904 году Донской № 6 полк был назван полком Краснощекова.
Знаки особого расположения к Войску бережно хранились казаками. Каждый царь прислал Войску Донскому особую грамоту с выражением своей признательности Войску за его службу, и в этой грамоте перечислялись казачьи заслуги перед Россией. Так делали Петр Первый, Анна Иоанновна и Екатерина Великая, и положено было, чтоб была грамота в нарочитом ковчеге и по праздникам церемониально вычитывал бы из нее старый дьяк. «Сие делается издревле для образования всему Войску», – объясняли казаки. Считалось, что жалуются эти грамоты «на несмертельную казакам и потомкам ихним память».
Много знамен, штандартов, грамот заслужили казаки. Но главнейшей регалией считали «боболев хвост» – символ Войска Донского. Представлял он собой белый бунчук. На древке светился золотой шар с двуглавым орлом, под ним свисал, струился по древку щелочно-белый конский хвост.После Семилетней войны власть атаманов усилилась, а власть Войскового круга ослабела. После установления Петром I «Табели о рангах» некоторые старшины стали производиться в офицерские чины и выходить из подсудности Войску. Чин войскового атамана был пожизненно пожалован талантливому администратору и военачальнику Даниле Ефремову (сыну Ефрема Петрова), а в 1759 году за участие в Семилетней войне ему пожаловали и чин тайного советника, равный генеральскому. Одновременно власть атамана передавалась его сыну Степану Ефремову, чтобы тот правил по советам своего отца. Таким образом, власть на Дону превращалась в наследственную и бесконтрольную снизу. Данила и Степан Ефремовы постоянно ссорились, но власть все равно оставалась в руках одной семьи.
Данила Ефремович Ефремов пользовался особым доверием российской власти, так как был сыном известного старшины Войска Донского Ефрема Петрова, казненного Кондратием Булавиным после взятия им штурмом г. Черкасска в 1708 году.
Поскольку должности в Войске в то время все еще были выборными, сам Данила Ефремов вступил в Войско в звании рядового казака. Однако он быстро выдвинулся. 28 января 1707 года участвовал в нападении на главную квартиру Карла XII в Галиции. В том же году Ефремов был избран походным атаманом донских казачьих полков.