Чувствуя себя, таким образом, при дворе узбекского хана бесправным, Таваккул ищет новых путей и в начале 1583 г. навсегда покидает своего бухарского сюзерена для того, чтобы собрав силы повести борьбу против Шибанидов.
С этого времени казахские владетели получают возможность ставить перед собой и решать самостоятельные задачи и не упускают отныне благоприятного случая, чтобы попытать счастья на поприще войны, причем войны, направленной против прежнего повелителя. Так, в 1586 г., когда основная часть войска Абдаллах-хана была оттянута на юг, Таваккул вторгся во владения узбеков Средней Азии, угрожая овладеть г. Туркестаном, Ташкентом и даже Самаркандом. Наскоро собранное ташкентское ополчение было довольно легко смято и разбито кочевниками, и угроза военной опасности нависла над другими подвластными Шибанидам городами. Но положение было спасено тем, что вовремя успели подойти крупные силы из Самарканда; казахский хан, стоявший тогда около Сайрама, не решился принять бой и удалился в степи.
Неудача не обескуражила, однако, Таваккуля. Он, кажется, на время избрал другой путь. Во всяком случае, мы имеем прямые сообщения источников — «Шараф-наме-йи шахи» Хафиз-и Таныша и «Зафар-наме» Мукими — о мятеже, вспыхнувшем в 1588 г. в Ташкентском вилайете и направленном против Абдаллаха и его наместника. Восставшие жители окрестностей Ташкента, Шахрухии и Ходжента, отказавшись от двоюродного брата Абдаллаха, провозгласили правителем этих областей одного из казахских ханов по имени Джан-Али. Причем казахские султаны, в их числе и два сына хана Хакк-Назара, принимали самое деятельное участие в мятеже, из чего можно заключить, что длившаяся несколько месяцев смута в Ташкентском вилайете является делом рук предводителя казахов Таваккуля. Однако восстание было подавлено, и мятежные жители Ташкентского вилайета вынуждены были признать власть Бухары, чтобы затем, спустя несколько лет, вновь оказаться поданными казахских султанов.
Это случилось в 1598 г. Впрочем, наступление на владения Шибанидов началось еще раньше. Уже давно зорко следивший за прежним своим повелителем — Абдаллахом, казахский хан не преминул воспользоваться раздорами, возникшими между царственным отцом и его честолюбивым сыном, и в начале 1598 г. двинул свои многочисленные отряды к Ташкенту. Однако несмотря на то, что посланное из Бухары войско было разбито наголову в кровопролитном сражении, происшедшим между Ташкентом и Самаркандом, Таваккул-хану не удалось сделать территориальных приобретений. Между тем умер Абдаллах-хан, а летом этого же 1598 г. погиб от руки мятежных эмиров сын и преемник его Абд ал-Мумун, и во владениях Шибанидов наступили смутные времена. Монархия Абдаллаха окончательно развалилась; на различных концах прежнего обширного государства — в Бухаре, Герате, Балхе, Хиве — явились разные самостоятельные государи. Этой же полосой острого политического кризиса и воспользовался для своего повторного вторжения во владения Шибанидов Таваккул-хан.
Описание этого похода Таваккул-хана находим в нескольких сочинениях, написанных в разные периоды. Автор «Тарих-и Кипчаки» сообщает об этом походе просто и кратко; также кратко, но с добавлением некоторых деталей излагается это событие в «Зийа ал-кулуб», «Мунтахаб ат-таварих» анонимного автора и «Мусаххир ал-билад». Наиболее подробное описание похода казахских султанов во главе с Таваккул-ханом и их сражения с узбеками содержится у Искандара Мунши и Махмуда б. Вали.
Не останавливаясь на деталях этого похода, отметим лишь основные моменты. Получив весть об убиении Абд ал-Мумина и видя, что в Мавераннахре нет достаточно сильного государя, Таваккул-хан собрал многочисленное войско и вместе с Бахадур-султаном, Ишим-султаном и другими казахским султанами вступил на путь покорения среднеазиатских городов. В короткий срок он овладел Сайрамом, Ташкентом, г. Туркестаном, Самаркандом и, назначив правителем последнего своего брата Ишим-султана (по «Бахр ал-асрар» — Ишим-джалаира), направился с войском в сторону Бухары. Однако стремительное движение кочевников в глубинные оазисы Средней Азии было приостановлено под стенами Бухары; незначительный по численности гарнизон этого города выдержал одиннадцатидневный натиск неприятеля, а на двенадцатый произвел удачную вылазку и нанес казахам поражение. Таваккул-хан, пользуясь покровом ночи, отступил. Но война продолжалась. В одном из очередных сражений казахский хан был тяжело ранен, отошел к Ташкенту и там умер в том же 1598 г. Через некоторое время при посредстве шейхов ордена «накшбендия» был достигнут мир: казахи отказались от Самарканда, но сохранили за собой Ташкент, Сайрам, Туркестан.