Завершив обзор политической истории Казахского ханства XVI в., перейдем теперь к изложению некоторых аспектов взаимоотношений казахов с Бухарским ханством и калмаками в XVII столетии.
Казахстан в XVII в. был политически раздробленной страной. Различные феодальные группы соперничали между собой, борясь за власть. Верховным ханом был Ишим — сын Шигай-хана. Он стал ханом казахов после смерти Таваккул-хана, т. е. осенью 1598 г. Около 1022 г. х. (1613-14 гг.) ханская власть была узурпирована Турсун-султаном. После дойдем до обстоятельств этого султана, а сейчас о событиях до узурпации им власти.
После смерти Абдаллах-хана в 1598 г. и кратковременного правления его сына Абд ал-Мумина и Пир-Мухаммада II прекратилось и господство династии Шибанидов в Бухаре: к власти пришла новая династия, возводившая свое происхождение к астраханским ханам — потомкам Тукай-Тимура, сына Джучи, сына Чингиз-хана. В связи с падением династии Шибанидов и приходом Аштарханидов (или Джанидов) значительно сократились пределы Бухарского ханства. В XVII в. Ташкент, г. Туркестан, Сайрам, Андижан и ряд других культурных областей Средней Азии большей частью находились под властью казахских ханов и султанов. Власть первых Аштарханидов, не имевших в государстве прочной опоры на узбекские племена, была незначительна, к тому же она ослаблялась борьбой представителей этой династии между собой, отличавшейся большим ожесточением. Казахские ханы и султаны, пользуясь упадком политической мощи Бухары, не упускали случая извлечь для себя из этого выгоду. Они вторгались во владения Аштарханидов, опустошая своими набегами пограничные и центральные районы Средней Азии, а иногда принимали участие в борьбе партий, то выступая пробив «бунтовщиков», то примыкая к последним и идя против «законного правителя».
Предметом постоянного и длительного спора между казахскими владетелями и Аштарханидами стал Ташкент — важный торгово-экономический центр. Отметим, что борьбу с Аштарханидами казахские ханы и султаны вели при активной поддержке кыргызов. Так, по описанию Махмуда ибн Вали, осенью 1603 г. Аштарханид Баки-Мухаммад-хан выступил с войском из Самарканда и расположился в местности Айгыр-Яр. Правитель Ташкента, казахский султан Келди-Мухаммад, зорко следивший за своим противником, в свою очередь выступил из Ташкента «с войском из кыргызов, казахов и других племен, проживавших на территории подвластных ему областей», и тоже явился в Айгыр-Яр. На утро следующего дня обе рати сошлись. После долгой и кровавой сечи войско Баки-Мухаммад-хана «показало тыл и рассеялось». Воины Келди-Мухаммад-султана пустились преследовать отступающих и дошли до Самарканда. Осада древнего города результата не дала и, простояв там несколько дней, казахский султан возвратился в Ташкент.
Борьба между казахскими султанами и Аштарханидами за обладание городами, расположенными по правому берегу Сыр-Дарьи, и прилегающими к ним районами продолжалась и во время правления в Бухаре Вали-Мухаммад-хана (1606–1610) и шла с переменным успехом. В 1607 г. ставленник Аштарханида Мухаммад-Баки-бий калмак занял Ташкент, но спустя какое-то время объединенные силы казахских султанов во главе с Ишим-ханом вновь овладели городом; между казахскими владетелями и Бухарой было достигнуто соглашение, согласно которому «бразды правления Ташкентом» были вручены Шах-Саид-султану, сыну казахского Турсун-султана, а его аталыком (опекуном) был назначен бухарский эмир Ялангтуш-бий из племени алчин.
В 1611 г. казахские султаны Абулай, Кичинек (Кучик), а также сын Ишим-хана Джанибек со своими людьми вмешались в междоусобные распри Аштарханидов, оказывая помощь новому бухарскому хану Имамкули (1611–1642) в его борьбе с изгнанным Вали-Мухаммадом, поддержанным, в свою очередь, иранским шахом Аббасом. В результате акции казахских султанов управление Ташкентом, Туркестаном, Сыгнаком, Сузаком и другими областями правобережья Сыр-Дарьи перешло к Ишим-хану, а его сын Джанибек-султан был назначен управителем области Сагардж. Но уже в 1612 г. Имамкули предпринял поход против казахов через Туркестан «до крайних пределов Ашпары и Кара-Тау», разграбив по пути несколько городов и сел. Бухарскому хану удалось овладеть Ташкентом и посадить там наместником своего сына Искандара. Но едва хан покинул пределы Ташкента, как жители города восстали и убили царевича. Когда эта весть дошла до бухарского хана, он вновь выступил в поход. Взяв после месячной осады Ташкент, Имамкули-хан устроил в нем резню, подобно которой, как отмечали источники, «не помнило время».