Зимой следующего, 1653 года умер основатель Джунгарско-ойратского ханства Батур-хунтайши. С его смертью начались новые междоусобные войны тайш за власть, которые не прекращались в течение всех лет правления преемника Батур-хунтайши-Сенге (1653–1670). В эти годы во взаимоотношениях казахских и джунгарских феодалов наблюдается относительное спокойство. Но при хунтайши Галдан-Бошокту (1670–1697) ойратские тайши начали новые завоевательные походы в Южный Казахстан, Среднюю Азию и Восточный Туркестан. В 1678–1680 гг. ойраты совершили походы в Кашгарию; в 1681 г. Галдан-Бошокту проник за р. Чу и осадил город Сайрам, но не смог его взять. В 1683 г. он вновь предпринял поход на Сайрам; и, наконец, в 1684 г. Сайрам был взят. Отвлеченные, однако, военными действиями с китайцами, калмаки вскоре покинули разграбленный и разрушенный город, а многие жители тех краев были уведены в плен в Джунгарию. В 1683–1685 гг. Галдан-Бошокту ходил на Ош и Андижан, но натолкнулся на решительное противодействие кыргызов и узбеков и вынужден был отступить. Тогда Галдан предпринял поход в Восточную Монголию, но его военные действия там были очень неудачны, и в 1697 г. он кончил жизнь самоубийством. После смерти Галдан-Бошокту правителем Джунгарского ханства сделался его племянник Цеван-Рабтан.
После прихода к власти Цеван-Рабтана (1697–1727) казахско-джунгарские отношения вновь резко обострились. Предводитель ойратов говорил русскому послу И. Унковскому, что с начала своего правления он «непрестанную войну имеет с Казачьей ордою, которые с каракалпаками за едино воюют». В своем же письме к китайскому императору от 1698 г. Цеван-Рабтан, между прочим, сообщал: «1) что войну имеет он, Раптан, с хазаками поневоле; 2) что прежде сего сын хана хазацкого Текея (т. е. Тауке) был в полону у Галдана, и Галданом отослан к Далай Ламе; 3) что по том Текей просил его, Цеван Раптана, о сыне своем, чтобы от Далай Ламы высвободил и к нему доставил. По прозбе сей он, Цеван Раптан, исполнил, и сына его к нему, Текею, отослал с 500 человек; но он в благодарность всех оных 500 человек перерубил, и еще по том убил моего князя, а Князеву жену с детьми и с людьми, всего более ста кибиток, увез к себе; 4) что он, Текей, чинил нападение на Цеван Раптанова шурина, Аюки Ханова сына на дороге, который вез к нему, Цеван Раптану, в замужество сестру свою, и 5) что перехватил к себе несколько российских купцов, кои от него, Цеван Раптана, следовали назад в Россию» [Леонтиев, 1777, с. 67–68].
Однако отдельные удачи казахского хана Тауке в мелких стычках не могли, конечно, принести ему успеха в войне, инициатива в которой принадлежала ойратам. В годы правления Цеван-Рабтана калмакско-казахские войны следовали одна за другой; наиболее значительные из них имели место в 1711–1712, 1714, 1717, 1723, 1725 гг. Наступательные действия джунгаров несли серьезную угрозу казахам, что ускорило сближение Казахстана с, Россией, а в последующем вхождение жузов в состав Российской империи. В 1758 г. под ударами внешних сил Джунгарское ханство пало окончательно и прекратило свое существование.
Итак, переход в конце XVI в. в руки казахов Ташкента, г. Туркестан и других городов правобережья Сыр-Дарьи и стремление Аштарханидов вытеснить казахских владетелей из этих городов, с одной стороны, и близкое соседство иноплеменного врага в лице джунгарских тайш — с другой, поставили Казахское ханство в XVII в. в положение, которое делало его похожим на осажденный лагерь. Если при этом войны с Аштарханидами велись прежде всего за господство над городами и шли с переменным успехом, то на юго-востоке страны продолжалась изнурительная война с сильным противником из-за обладания кочевьями. В этой войне, принимавшей все более ожесточенный характер по мере распространения экспансии джунгарских феодалов на казахские земли, казахские владетели все чаще терпели неудачи, а отдельные успехи даже в крупных сражениях не могли существенно повлиять на общие результаты. Потеряв часть своих кочевий и пережив ряд потрясений, основная масса казахов сумела, однако, сохранить политическую и экономическую самостоятельность, и даже, собравшись затем с новой силой, повести, уже при более благоприятном международном положении, успешную войну и вернуть утерянные владения.