На время войны или похода запорожские казаки выбирали наказного атамана, или командующего действующей армией. На его знамени была изображена Богоматерь, покровительница запорожцев, и их эмблемы: казак на красном фоне, бунчук, или лошадиный хвост, и булава, то есть командный жезл кошевого атамана.
Первого известного гетмана запорожских казаков звали Ландскоронский. Он был избран старостами, то есть старейшинами, которых позднее будут называть старшиной. Последним запорожским атаманом был Калнышевский. Осужденный императрицей Екатериной Великой, он после тридцатилетнего заключения умер в Соловецком монастыре, куда был заточен вместе со своим секретарем-канцлером (писарем) Глолеей.
Полагают, что запорожские казаки могли выставить до сорока тысяч бойцов – цифра фантастическая для той эпохи.
Они располагали мощными военным и торговым флотами, состоявшими из легких быстрых судов, построенных из сосны и имевших вооружение. Назывались они чайками – возможно, это заимствование из турецкого или татарского языков, где лодку вообще называют каик или чаик. Так что запорожцы были не только отчаянными рубаками, но и грозными мореплавателями. Их набеги на черноморские берега стали знаменитыми.
В самом начале эти воины сражались в основном пешими. На конях воевали атаманы, старшины и иные командиры отрядов. Военная одежда была заимствована у турок. У них же они переняли многочисленные привычки, в том числе бритье головы (оставляя при этом клок волос), что станет традицией во многих казачьих войсках. Что же касается запорожских сил, они делились на полки и сотни, то есть эскадроны. Сотня останется основным подразделением казачьей конницы.
Мы увидим, как запорожские казаки взаимодействовали со своими соседями, донскими казаками, в частности при завоевании Азова в 1637 году. Для этого они предоставили им контингент в тысячу человек, который, после взятия города, принимал участие и в его знаменитой обороне. В 1648 году они изберут гетманом Богдана Хмельницкого, вождя знаменитого восстания, в котором примут самое активное участие. При Петре Великом, в ходе кампании, которая приведет к Полтавскому сражению, запорожские казаки присоединятся к мятежу гетмана Мазепы, о котором далее будет рассказано подробно. А до того они поучаствуют во всех походах против турок и татар: при отражении набега 40 000 татар в 1693 году, в Азовских походах Петра Великого в 1695 и 1696 годах и так далее.
Но кара за измену гетмана Мазепы была ужасной. Запорожцев, воевавших на стороне шведов против России, казнили тысячами; одних вешали и сажали на кол, других четвертовали либо прибивали к плотам и пускали вниз по течению Днепра.
Царь развил карательную операцию до логического завершения: послал генерала Шереметева разрушить Сечь (1710). Запорожские казаки, избежавшие репрессий, вынуждены были оставить свои земли и спасаться в соседнем татарско-нагайском ханстве. Двенадцать тысяч из не успевших бежать были приговорены к каторжным работам, таким как строительство Ладожского канала. Часть из этих осужденных была переведена на Волгу, где многие умерли от нужды.
После смерти Мазепы на турецкой территории его преемником был избран генеральный писарь Орлик. Он собрал остатки запорожских казаков и других беженцев в татарском ханстве и продолжил борьбу против русских.
На Пруте Петр Великий попал в трудную ситуацию, и, после заключения Прутского мирного договора (1711), запорожцы, воевавшие на стороне Турции, получили в свое владение Черноморское побережье от Крыма до Днепра, после чего в течение двадцати лет вели буйную жизнь, враждуя со всеми своими соседями.
В 1734 году они сместили атамана Орлика, перешедшего в ислам. Это заставило их искать покровительства России, у которой пришлось просить прощения. Оно было им даровано императрицей Анной Иоанновной, нуждавшейся в их службе во время войны с Турцией (1735–1739). В этой войне они выставили восемь тысяч человек в русскую армию, и те до заключения Белградского мира (1739) участвовали в боевых схватках на Перекопе, в Крыму, в Азове, Очакове и Яссах.
История запорожского казачества как независимого объединения завершилась после подписания Кючук-Кайнарджийского мира между Россией и Турцией (1774).
С 1750 года казаки уже не имели возможности продолжать жить на уменьшившейся в размерах территории так же, как привыкли за два века. Тогда императрица Елизавета Петровна решила не допустить принятия ими предложений от турок и татар, желавших сделать запорожцев своими союзниками, и на территориях, ставших Херсонской и Екатеринославской губерниями, были основаны многочисленные военные поселения под управлением полковника. Скоро их население достигло 50 000 душ, давших русской армии несколько кавалерийских полков (драгунских и гусарских).