Но эти перемены не прекратили их воинских подвигов. В 1790 году их отряд под командой старшины Донского входил в конвой князя Потемкина. В том же году они штурмовали Измаил в рядах суворовских войск. В 1792 году полк из 500 казаков под началом старшины Михайлова сражается на Кавказской линии. То же самое в 1795 и 1796 годах. На протяжении всего XVIII века полки уральцев без перерыва находились на Кубани и вообще на Кавказе. В 1796 году 1000 казаков во главе с войсковым атаманом отправились в поход в киргизские степи для наказания этих разбойников. В следующем году, под командованием майора Назарова, они разгромили грозные банды на Волге. 1 июля 1798 года, с атаманом Бородиным и майором Мизиновым, 800 казаков выступили из Уральска, чтобы принять участие в Итальянском и Швейцарском походах генерала Римского-Корсакова, вместе с которым они в 1799 и 1800 годах сражались против французов при Цюрихе и в других местах.
В 1798 году Павел I даровал Уральскому войску две милости. Во-первых, сотня уральцев отныне входила в гвардию под названием Императорская гвардейская сотня. (В 1830 году ее переименуют в Уральскую гвардейскую сотню, с правами и привилегиями Молодой гвардии; в 1846 году слово «сотня» заменят на эскадрон; в 1847 году эскадрон станет группой, чтобы в 1868 году вновь превратиться в эскадрон, а в 1883 году получит права и привилегии императорской Старой гвардии.) Во-вторых, звания полковника, войскового старшины, есаула, сотника и хорунжего приравнивались к соответствующим чинам регулярной армии, а войско получало пять знамен, которые оно благоговейно сохранило.
В 1798 году группа из 60 казаков гвардейской сотни под командованием поручика Гавриила Токарева находилась на флоте и принимала вместе с англичанами участие в боях против французов. В декабре 1803 года был издан новый регламент для войска. Он предусматривал формирование десяти полков, казаки должны были иметь одинаковое обмундирование и вооружение. До этой даты они являлись на службу в разноцветной долгополой одежде и вооруженные самым разнообразным оружием: кто пикой, кто ятаганом, кто саблей, кто пистолетом, кто ружьем или дробовиком. Регламент этот вызвал недовольство, и генералу Медеру, которому поручено было претворять его в жизнь, уральские казаки открыто заявили, что не желают «нового положения». Тогда оренбургский губернатор князь Волконский выступил на Уральск во главе регулярных частей; казаки покорились, главные зачинщики были сосланы, а регламент введен. Но два года спустя войско снова добилось права использования своей старинной системы наемки, заключающейся в том, что казаки, которые идут в поход, нанимаются по доброй воле своими товарищами, которые им за это платят.
В 1805 году, во время войны с Францией, отряд уральских казаков под командованием Гавриила Токарева входил в «десантный корпус» графа Толстого, действовавший в районе Ганновера и принимавший участие в многочисленных схватках с французами возле Гамбурга. Это подразделение, получив усиление, в 1809 году принимало участие в знаменитом переходе русской армии через Ботнический залив по льду в ходе войны со Швецией и в овладении Аландскими островами. Потом, с 1807 по 1811 год, 1-й и 2-й Уральские казачьи полки, всего 10 сотен, в составе молдавской армии воевали против турок. Кроме того, в 1810 году 3-й и 4-й Уральские казачьи полки под непосредственным командованием Ермолова штурмовали Силистрию, а по окончании кампании против турок были включены в армию Чичагова и участвовали в 1812 году в преследовании отступающих французов. Затем они сражались при Лейпциге и во всех прочих сражениях на территории Германии. Для борьбы с Наполеоном из уральских казаков были сформированы еще два полка: 5-й и 6-й казачьи; они вернулись на Урал только в 1816 году. 7-й Уральский казачий полк, посланный в 1814 году в Бессарабию прикрывать линию по Пруту, возвратился раньше их.
С 1817 по 1820 год 8-й Уральский казачий полк под командованием войскового старшины Назарова квартировал со 2-й армией в Бессарабии, на Днестре и вдоль берега Черного моря. В том же 1817 году отряд в тысячу уральских казаков был направлен на Сибирский тракт ставить наблюдательные посты от Казани до Тобольска. С 1820 по 1824 год 10-й Уральский казачий полк находился на австрийской границе, охраняя военные посты. С 1818 по 1862 год войско поставляло подразделения для поддержания внутреннего порядка в Москве, где последовательно стояли в гарнизоне 2-й (1823–1826), 5-й (1828–1831) и 7-й (1831–1833) Уральские казачьи полки. С 1835 по 1862 год контингент ограничивался 450 казаками, менявшимися каждые пять лет. Наконец, с 1822 по 1870 год сотня уральских казаков находилась на службе по охране порядка в Казани.