После окончания Великой Отечественной войны на Лубянке произошла смена руководящих кадров. Лаврентий Берия был «брошен» Сталиным на решение «атомной проблемы» и ракетостроение. Во главе ведомства встал руководитель военной контрразведки СМЕРШ Виктор Абакумов. В июне 1946 года начальника внешней разведки П. М. Фитина также перевели на другую работу, а его пост занял генерал-лейтенант Кубаткин, который руководил разведкой всего три месяца.
Первоначально эти перемены не коснулись лично Петра Федотова, который по-прежнему возглавлял контрразведывательное управление. Однако в сентябре 1946 года он встал во главе 1-го Главного управления МГБ СССР (внешней разведки), а в мае 1947-го последовало создание Комитета информации.
Выбор кандидатуры Петра Васильевича на новую должность был продиктован не только тем, что в органах госбезопасности он считался одним из крупнейших аналитиков, но еще и тем, что в послевоенное время во внешней разведке органов госбезопасности и Генерального штаба Министерства обороны СССР произошел ряд провалов. Для ликвидации их последствий требовался новый, независимый человек, не связанный с органами разведки и имеющий опыт чекистской работы. Таким человеком, по мнению Сталина, и был Петр Федотов.
Являясь руководителем внешней разведки, он сумел реорганизовать ее деятельность в условиях начавшейся холодной войны. В служебной характеристике Федотова, датированной 1951 годом, отмечается, что он «приложил много усилий в деле укрепления заграничных разведаппаратов, в частности в деле подбора и пополнения их соответствующими работниками, а также по отработке практических задач по организации разведработы в каждой отдельной стране. Провел целый ряд мероприятий, направленных на укрепление центрального аппарата и улучшение его работы». За этими сухими словами скрывается большая организационная работа по укреплению разведывательной деятельности за рубежом, прежде всего с нелегальных позиций, улучшение работы Комитета информации, когда от оперативного состава требовалось получение в первую очередь упреждающей документальной информации о планах и намерениях агрессивного блока НАТО в отношении СССР и всего социалистического лагеря.
Однако уже к этому времени стало ясно, что объединение столь специфичных по методам деятельности военной и внешнеполитической разведок затрудняет процесс управления их работой. В январе 1949 года правительство приняло решение о выведении из Комитета информации военной разведки, и она была возвращена в Министерство обороны.
В августе 1949 года Комитет информации был передан под эгиду МИДа СССР. Руководителем КИ при МИДе СССР стал новый министр иностранных дел Вышинский, а позднее — заместитель министра иностранных дел Зорин. 19 сентября генерал-лейтенант Федотов был выведен за штат и вскоре вновь возглавил контрразведывательное управление.
В ноябре 1951 года Комитет информации как разведывательный орган перестал существовать. Внешняя разведка стала 1-м Главным управлением Министерства государственной безопасности СССР.
Оперативная деятельность Петра Федотова продолжалась до 1956 года. После доклада первого секретаря ЦК КПСС Н. С. Хрущева на XX съезде КПСС «О преодолении культа личности и его последствий» потребовались новые «козлы отпущения», поскольку Берия и его сподвижники были уже осуждены. Одной из таких жертв «хрущевской оттепели» и стал Федотов. Распоряжением председателя КГБ Серова он был освобожден от должности начальника управления контрразведки и «сослан» на незначительную должность в Высшую школу КГБ при СМ СССР, где стал заместителем начальника редакционно-издательского отдела.
Спустя три года новый председатель КГБ Шелепин уволил Федотова из органов по служебному несоответствию. В ноябре 1959 года он был исключен из КПСС.
Скончался в 1963 году.
Боевой путь чекиста Федотова был отмечен двумя орденами Ленина, тремя орденами Красного Знамени, орденом Кутузова I степени, двумя орденами Красной Звезды, орденом «Знак Почета», многими медалями, а также двумя нагрудными знаками: «Почетный работник ВЧК—ГПУ (XV)» и «Заслуженный работник НКВД».