К этому следует добавить, что в период работы Панюшкина в Китае за достигнутые результаты в разведывательной деятельности государственных наград СССР были удостоены практически все сотрудники чунцинской резидентуры.
По командировке в Китай Панюшкин характеризовался руководством разведки как самоотверженный, целеустремленный и деятельный работник, тонкий дипломат, хороший организатор и умелый руководитель, чуткий и внимательный товарищ.
А один из ветеранов разведки, работавший в самом начале своей оперативной деятельности под руководством Панюшкина в чунцинской резидентуре, позже вспоминал:
«Он был энергичным, обаятельным человеком, требовательным к себе и другим. Простота, скромность, принципиальность, чуткость и внимание к людям, особенно к молодым сотрудникам, снискали ему большое уважение коллектива советской колонии в Чунцине».
Панюшкин возвратился в Москву в сентябре 1944 года и был переведен на работу в аппарат ЦК ВКП(б). Занял должность 1-го заместителя заведующего отделом международной информации ЦК партии, на которой проработал до мая 1947 года.
В мае 1947 года вновь возвратился на работу во внешнюю разведку и был назначен главным секретарем Комитета информации при Совете министров СССР.
В октябре направлен Чрезвычайным и Полномочным Послом СССР в США и одновременно стал главным резидентом советской внешней разведки в этой стране. В 1948—1953 годах являлся представителем СССР в Дальневосточной комиссии.
Предоставим вновь слово историку Анатолию Горину:
«Выбор кандидатуры А. С. Панюшкина не был случайным. В связи с предательством источника советской внешней разведки в США Элизабет Бентли и бегством в Канаде шифровальщика ГРУ Игоря Гузенко в Соединенных Штатах разворачивалась антисоветская кампания. Было необходимо не только принять меры по нейтрализации ущерба, нанесенного разведывательной деятельности в этой стране, но и не допустить разрыва дипломатических отношений между двумя странами, к чему призывали ультраправые элементы в США».
Резидент Панюшкин в этих сложных условиях предпринял энергичные меры к тому, чтобы свести к минимуму потери разведки, обеспечивая в то же время Центр необходимой разведывательной информацией. В этот же период он руководил операцией по получению документации о разработке атомной бомбы и ее усовершенствовании.
В июле 1952 года возвратился в Москву и сразу же получил назначение на должность посла СССР в Китайской Народной Республике, но на этот раз не совмещал дипломатическую должность с разведывательной работой. В Китае находился до мая 1953 года.
После ареста Берии в июне 1953 года был назначен на должность начальника 2-го Главного управления (ВГУ) МВД СССР, как тогда называлась внешняя разведка.
Руководя внешней разведкой, обращал особое внимание подчиненных на аккуратность и добросовестность в работе над информационными документами.
«Мне довелось работать вместе с Александром Семеновичем три года, — вспоминал позже Александр Сахаровский, будущий многолетний руководитель советской внешней разведки. — Это был обаятельный человек, опытный руководитель, прошедший большую школу партийно-политической работы. Как политический работник он хорошо знал, какая информация нужна директивным органам. При Александре Семеновиче мы начали перестройку информационной работы, у нас укрепились хорошие деловые и товарищеские отношения в коллективе внешней разведки. Все это положительно влияло на повышение результативности в работе».
23 июня 1955 года генерал-майор Панюшкин освобожден от должности начальника внешней разведки и переведен на работу в ЦК КПСС. В июле 1959 года назначен заведующим отделом кадров дипломатических и внешнеэкономических органов ЦК КПСС. С 12 мая 1965-го по 14 марта 1973 года — заведующий отделом загранкадров ЦК КПСС.
В апреле 1973 года вышел на пенсию.