Наиболее острые разногласия между Англией и США возникли в то время по «Манхэттенскому проекту». Несмотря на то что Англия, далее США продвинувшаяся в вопросе создания атомного оружия, внесла наибольший вклад в научно-исследовательские работы, Вашингтон вопреки достигнутым договоренностям не спешил делиться с Лондоном атомными секретами. Президент США Гарри Трумэн считал, что Вашингтону следует установить безраздельную монополию на обладание этим смертоносным оружием. В свете подобной политики США англичане в 1945 году отозвали своих ученых, принимавших участие в работе над «Манхэттенским проектом». Подробную информацию о всех перипетиях англо-американских разногласий Маклин передавал своему куратору Горскому.
В США Горский проработал с агентом всего год. В 1946 году он был отозван на родину, поскольку в США из Японии перебежал работавший там сотрудник советской внешней разведки Растворов. Так как предатель лично знал Горского, находившегося в США под фамилией Громов, Центр принял решение прервать его командировку и назначить начальником объединенного англо-американского отдела внешней разведки. «Лирик» был передан на связь другому сотруднику резидентуры.
По мнению английского посольского руководства и американских партнеров, Маклин работал очень хорошо и в феврале 1947 года был назначен на должность директора секретариата по координации англо-американо-канадской политики в области ядерной энергии. Естественно, у него появились новые возможности знакомиться с секретной документацией по этой проблематике. В большинстве случаев это были секретные спецсообщения, которыми обменивались американцы и англичане.
В октябре 1947 года Маклин на встрече с оперработником сообщил, что американская контрразведка арестовала двух граждан США, работавших на советскую разведку. В ходе их допросов у американцев сложилось твердое убеждение, что в британском посольстве в Вашингтоне работает советский агент. В Вашингтон в срочном порядке прибыли представители МИ-5, которые в контакте с Кимом Филби, являвшимся представителем английской разведки при разведке США, усиленно ищут «крота». В связи с обострением обстановки вокруг британского посольства Маклин предложил временно прекратить с ним связь. Однако поступавшая от него информация имела настолько важное значение, что Центр это предложение не поддержал и рекомендовал резидентуре усилить конспирацию в работе с источником и проводить с ним не более одной встречи в месяц.
Летом 1948 года Маклин был назначен советником британского посольства в Каире. Ему в то время исполнилось 35 лет. Это был самый молодой дипломат Форин Оффис, занимавший такой важный пост, что свидетельствовало о его незаурядных способностях. В английских дипломатических кругах его прочили на высокие должности в Министерстве иностранных дел Великобритании.
После недолгого пребывания в Лондоне Маклин отбыл с семьей в Египет. Резидентура внешней разведки в Каире восстановила с ним контакт, однако плодотворной работы с ним у нее не получилось. Маклин был оторван от основных и привычных ему по тематике источников информации. Большие нервные перегрузки, которые он испытывал на протяжении многих лет, серьезно сказались на здоровье. Маклин стал впадать в стрессовые состояния, начал злоупотреблять алкоголем. В письмах в Центр он все настойчивее ставил вопрос о переезде в СССР на постоянное жительство.