Трудные условия нелегальной работы сказались на здоровье Китти. В январе 1946 года она попала в мексиканскую клинику с сильным нервным расстройством. В апреле того же года она вновь легла в госпиталь, на этот раз в связи с болезнью сердца. Вопрос с отправкой Китти в СССР решился только 16 мая 1946 года, когда она взошла на борт советского теплохода «Гоголь».
12 июля Китти Харрис прибыла в Москву, где вместо наград ее ожидали новые испытания.
В советской столице ее тепло встретила Елизавета Зарубина, с которой они подружились еще в Германии. С Лизой, уже уволенной из разведки, и ее мужем Китти часто встречалась. Она ждала получения советского паспорта, поскольку советское гражданство было ей предоставлено еще в конце 1937 года. Однако 11 октября из ОВИРа пришел ответ, что никаких сведений на этот счет в архивах МВД не имеется. Такой ответ был бюрократической отпиской, поскольку в МВД какой-то малограмотный чиновник проверил по картотеке Китти по фамилии Харрис, в то время как в довоенный период ее фамилию было принято писать по-русски: «Гаррис». Это было большим ударом для Китти, и она вновь направляет ходатайство в Президиум Верховного Совета СССР с просьбой предоставить ей советское гражданство.
Пока длилась переписка по этому вопросу, новый министр госбезопасности Абакумов, у которого были непростые отношения с внешней разведкой, дал указание о высылке из Москвы всех нежелательных иностранцев. 18 февраля 1947 года Китти с советским паспортом, но на чужое имя, прибыла в Ригу. Здесь ей предоставили комнату в коммунальной квартире и устроили в один из институтов преподавателем английского языка. Положение ее было незавидным: бдительные местные чекисты рассматривали ее как подозрительную иностранку, а фашиствующие латышские националисты относились к ней как к убежденной советской патриотке.
16 мая 1947 года она получила выписку из протокола заседания Президиума Верховного Совета о принятии ее в советское гражданство. Но настоящего советского паспорта она в то время так и не получила. Положение Китти оставалось неважным, она чувствовала себя одинокой и никому не нужной. 7 апреля 1948 года Китти пишет письмо руководству внешней разведки: «Мне очень трудно, так как я не оставлена в покое ни дома, ни в институте и очень этим недовольна. Я не заслуживаю того, как обращаются со мной, все это подрывает мое здоровье. Я думаю, что кто-то допустил большую ошибку в отношении меня. Это все, что я хочу сказать. Хочу чувствовать себя членом партии».
Разведка, конечно, не забыла Китти. Несколько раз ее устраивали на работу, предоставляли путевки в санатории, но она рвалась к прежней оперативной работе. Однако направлять Китти на нелегальную работу руководство внешней разведки посчитало нецелесообразным по соображениям конспирации: слишком долго она находилась за рубежом и была расшифрована. Ее бывший муж Эрл Браудер в годы войны стал ренегатом, что тоже учитывалось в Москве. Кроме того, в связи с предательством Элизабет Бентли и развернувшейся в США «охотой на ведьм» ее пребывание за границей становилось небезопасным.
Измученная отсутствием привычной деятельности и одиночеством, Китти стала просить разрешения вернуться к своей семье. Однако это было расценено как желание обратиться в американское посольство за разрешением на въезд в США. Хотя Китти никогда такого намерения не высказывала и грозилась написать письмо в ЦК, руководство МГБ Латвии приняло решение изолировать ее как социально опасный элемент. 29 октября 1951 года она была арестована. Допросы Китти не выявили проведения , ею враждебных действий против СССР. Ввиду того, что в период следственных мероприятий Китти Харрис проявила признаки психического расстройства, 9 февраля 1952 года она была направлена на принудительное лечение в психиатрическую тюремную больницу МВД СССР в Горьком.
Освобождена она была только в январе 1954 года, ей предоставили хорошую квартиру в Горьком, а 17 марта вручили советский паспорт, разрешили переписку с сестрами, жившими в США. Она была устроена на работу, встречалась со старыми друзьями, в том числе с Елизаветой Зарубиной. Впоследствии Китти выплачивали солидную пенсию, привлекали к консультациям по английскому языку. Появились у нее и друзья среди местных жителей, один из которых был старым знакомым по Мексике по имени Оливер.
6 октября 1966 года Китти Харрис скончалась. Все ее наследство — 300 книг на русском и 90 на иностранных языках. В отдельной шкатулке хранился дорогой ей кулон — подарок любимого человека, с которым Китти работала в суровые предвоенные годы. Сам Дональд Маклин пережил Китти на 17 лет и скончался в Москве.