Самая серьезная ошибка КГБ и советского посла в Праге Степана Васильевича Червоненко заключалась в переоценке потенциальной поддержки интервенции как внутри Чехословацкой компартии, так и среди рабочего класса. Их ошибки отчасти объяснялись традиционной неспособностью большевиков осознать реальность оппозиции рабочего класса большевистскому режиму, а также призывами о помощи, которые исходили от Биляка и других консерваторов, понимавших, что без советского вмешательства их политическая карьера скоро закончится. Советское Политбюро приняло решение о вводе войск в надежде, что этой мере будет моментально придана законность, после того, как большинство в чехословацком Президиуме срочно обратится с призывом о «братской помощи» в борьбе с контрреволюцией. После этого, как предполагалось, будет сформировано новое революционное рабоче-крестьянское правительство, которое очистит страну от сторонников «Пражской весны». Но попытка реакционных сил заручиться поддержкой Президиума, чтобы обратиться за помощью, с треском провалилась, и никакого правительства предателей сформировано не было.
Не найдя «чехословацкого Кадара», Политбюро было вынуждено срочно менять курс. Поздно вечером 22 августа Политбюро пришло к выводу, что ему ничего не остается, как начать переговоры с действующим партийным руководством. Посте переговоров в Москве Дубчеку и его реформаторам было разрешено вернуться в Прагу, но с условием, что они «нормализуют ситуацию» так, чтобы это устраивало Кремль. В октябре Дубчека снова вызвали в Москву на подписание договора, который должен был разрешить постоянное присутствие в Чехословакии советских войск как гаранта против якобы «растущих реваншистских амбиций милитаристских кругов в Западной Германии». После того, как в апреле 1969 года Дубчека на посту Первого секретаря сменил хитрый карьерист Густав Гусак, на смену «Пражской весны» пришла долгая советская зима, которая длилась двадцать лет.
Озабоченность КГБ по поводу «Пражской весны» была вызвана еще и тем, что в ее поддержку выступил Андрей Сахаров и другие представители советской интеллигенции. На Красной площади состоялась небольшая, но беспрецедентная демонстрация протеста против ввода советских войск. Правда, она была быстро разогнана силами КГБ. Александр Солженицын позднее сказал, что те два дня «имели для меня огромное значение»:
«В те два дня я вновь выбирал свою судьбу. Сердце мое хотело одного — написать что-нибудь короткое, вариацию на знаменитую фразу Герцена: „Мне стыдно, что я советский!“
В течение недель и месяцев после советского вторжения Гордиевский тоже «выбирал свою судьбу». Теперь он уже не сомневался, что советское однопартийное государство было по природе своей душителем человеческих свобод. На протяжении последующих лет он много думал о том, какой личный вклад может внести в борьбу за демократию. Летом 1968 года мало кто из советской интеллигенции открыто выступал в поддержку «Пражской весны», но степень сочувствия чехословацкому движению не давала покоя ни КГБ, ни партийному аппарату. Газете «Советская культура» потребовался месяц, чтобы найти семь заслуженных деятелей искусств, которые бы подписались под статьей, которая осуждала «2000 слов» Людвика Вацулика, один из самых ярких радикальных манифестов «Пражской весны», опубликованный в июне 1968 года. В июле Отдел пропаганды ЦК издал директиву, в которой подчеркивалась острая необходимость воспитания «советской интеллигенции в духе идейной убежденности».
По словам Алексея Аджубея, Андропов «никогда не предавался паническим и тем более паникерским настроениям. Но… он считал, что нельзя быть благодушным, когда „разбалтываются“ идеологические устои, резко говорил о многих писателях, актерах и режиссерах.» Всевозможные истории, распространяемые КГБ среди иностранных журналистов, постеленно создали образ Андропова, рассчитанный исключительно на западное потребление. В этом образе, по словам журналов «Тайм» и «Ньюсуик», Андропов представал как «скрытый либерал», который «хорошо владеет английским», «собирает записи известных ансамблей», «читает на досуге американские романы» и «старается по-дружески беседовать с протестующими диссидентами».
Однако отличительной чертой Андропова было не сочувственное отношение к диссидентам, а более утонченные методы подавления инакомыслия. После «Пражской весны» он создал новое Пятое управление, которое изучало все проявления инакомыслия и вело с ними борьбу. Специализированные отделы этого управления занимались слежкой за представителями интеллигенции, студентами, националистами из национальных меньшинств, верующими и евреями. Вместо того, чтобы судить их по состряпанным обвинениям на показательных процессах, как, например, Синявского и Даниэля, диссидентов отправляли в психиатрические лечебницы, где послушные Пятому управлению психиатры, такие, как доктор Д.Р. Лунц из Московского института судебной психиатрии им Сербского, определяли, что у них «вялотекущая шизофрения» или «мания реформаторства». Признанных душевнобольными диссидентов лишали остатков их гражданских прав и накачивали самыми разными лекарствами, которые им прописывали Лунц и его коллеги. Такое использование психиатрии основывалось не просто на целесообразности, а на убежденности, порожденной однопартийным Советским государством, что единственно правильные ценности — это ценности партии. А те, кто не принимает эти ценности, — «психи ненормальные», которых надо «перевоспитывать», как выразился Виталий Федорчук, сменивший Андропова на посту председателя КГБ. Во избежание международного осуждения за признание душевнобольными таких известных на Западе людей, как Александр Солженицын, некоторых из наиболее видных диссидентов просто вынудили покинуть страну.
Шок, вызванный «Пражской весной», продолжал сказываться на политике Кремля и КГБ в Восточной Европе на протяжении последующих двадцати лет. Впервые ограничения суверенитета стран народной демократии были официально закреплены в сентябре 1968 года в «доктрине Брежнева». В этом документе утверждалось, что каждый народ имеет право идти «к социализму своим путем», но политика его «не должна наносить ущерб социализму ни в его собственной стране, ни коренным интересам других социалистических стран или международного рабочего движения, борющегося за социализм». Если такой «ущерб» будет иметь место в любой стране народной демократии, в доктрине недвусмысленно подчеркивалось, что в этом случае «интернациональным долгом» других социалистических стран во главе с Советским Союзом будет «решительное противодействие антисоциалистическим силам», как это было в Чехословакии.
Изо всех сил стараясь восстановить свою пошатнувшуюся репутацию в Москве, СТБ буквально сразу же после ввода советских войск провела энергичные чистки чехословацких «антисоциалистических сил» в тесном содружестве с офицерами связи КГБ. Каждого из полутора миллионов членов партии допросили, чем он занимался во время «Пражской весны». Примерно треть из них были исключены из партии или вышли из нее по собственному желанию. Такие же чистки проходили и в университетах, среди сотрудников средств массовой информации и представителей других свободных профессий. Организации, наиболее тесно связанные с «Пражской весной», например, Союз писателей и институт философии Академии наук, были закрыты или вошли в состав более благонадежных организаций. И все же Московский центр не успокаивался. После подробного анализа событий «Пражской весны», проведенного Одиннадцатым (соцстраны) отделом ПГУ, был сделан вывод, что выступление Густава Гусака и президента Людвика Свободы того периода как-то не очень вязались с их поздними заверениями в идейной благонадежности. Самым главным из скрытых сторонников Дубчека, которым как-то удалось сохранить свои посты, считался Любомир Штроугал, ставший премьер-министром в январе 1970 года. В Москве бы предпочли, чтобы Первым секретарем вместо Гусака стал Василь Биляк или такой же реакционер Алоис Индра, но оба были настолько непопулярны в народе, что их назначение было бы связано с серьезным политическим риском.
«Измена» Дубчека («нашего Саши») в 1968 году вслед за «изменами» Тито, Надя, Мао Цзэдуна, Ходжи (который снюхался с Мао) и других коммунистических лидеров зарубежья способствовала тому, что у Кремля и Московского центра сложилось стойкое предубеждение против Восточной Европы. К семидесятым годам Центр делил восточноевропейских лидеров на пять категорий: «националисты», недостаточно осознающие свой интернациональный долг; «ревизионисты», подспудно тяготеющие к Западу; «непредсказуемые», которые, с одной стороны, лояльно настроены по отношению к советскому режиму, а с другой заигрывают с Западом; просоветские, но неэффективные; и, наконец, просоветские и эффективные, но не пользующиеся достаточной поддержкой у себя в стране. Даже при Брежневе Гордиевский слышал и в Центре, и в резидентурах КГБ сделанные в порыве откровения признания, что «в душе они все равно будут антисоветски настроенными, ненадежными и дорогостоящими союзниками. Было бы лучше распрощаться с большинством из них.» При Брежневе такая политика никогда не считалась реальной, даже теми, кто втайне поддерживал ее, но все же разочарование в Восточной Европе стало в конечном итоге одной из причин, заставивших Кремль в 1989 году отказаться от «доктрины Брежнева», провозглашенной в 1968 году.