Хотя Центр в целом не одобрял военного вмешательства, последствия его оказались еще хуже, чем можно было предполагать. По словам Кузичкина, «мы совершили два крупнейших просчета: мы переоценили готовность афганской армии вести борьбу, и мы недооценили силу афганского сопротивления». К весне 80-го восьмидесятитысячная Советская Армия (чья численность позже перешагнула стотысячный рубеж) поддерживала рассыпающуюся под натиском повстанцев афганскую армию. По оценкам ЮНИСЕФ, к середине 80-х годов население Афганистана сократилось наполовину. Афганцы составляли одну четверть всех беженцев во всем мире. Еще в начале 80-х годов один генерал КГБ сказал Кузичкину то, о чем в Центре многие думали, но не решались открыто сказать: «Афганистан — это наш Вьетнам… Мы все погрязли в этой войне, мы не можем выиграть и не можем выбраться из нее. Это нелепость. Болото. И мы бы никогда не завезли в него, если бы не Брежнев и компания!» Кроме кабульской резидентуры, которая с начала вторжения получила статус главной, у КГБ в Афганистане было еще 8 отделений в крупных городах страны. Общее число офицеров КГБ там составляло около 300 и еще около 100 человек технического персонала. Работавшие в Афганистане держали пистолеты под подушками и автоматы у изголовья кровати. Один молодой шифровальщик, который прослужил в провинциальной резидентуре в Афганистане, дал послушать Гордиевскому записи ночных атак повстанцев, к которым он добавил собственный комментарий, живописующий жестокости и муки войны. Главного резидента КГБ в Кабуле, генерала Бориса Семеновича Иванова, назначенного вскоре после советского вторжения, пришлось эвакуировать оттуда в 1982 году с диагнозом острого невроза. Но что удивительно, кандидатов на работу в резидентуру КГБ в Афганистане было значительно больше, чем вакансий. Молодые и тщеславные офицеры из Центра смотрели на войну, как на возможность сделать быструю карьеру и получить хорошую репутацию. В общем и целом, ежемесячно Центр получал около 100 подробных отчетов о положении в Афганистане. По словам Гордиевского, составители отчетов не стеснялись в выражениях и давали гораздо более ясную картину, чем сообщения из посольства в Кабуле, главным образом потому, что КГБ имело в Афганистане обширную агентурную сеть. Как и обычно, отчеты ГРУ в основном касались военных аспектов положения в Афганистане.
Вскоре после убийства Амина, КГБ поставило жестокого и энергичного 32-летнего Мухаммеда Наджибуллу руководить новой службой безопасности Афганистана Хедемате Ателаате Давлати (ХАД), образованной в январе 1980 года на смену тайной полиции Амина. Наджибуллу смущала ссылка на имя аллаха в его фамилии, и поэтому он просил называть его «товарищем Наджибом». Президент Кармаль заявил, что в отличие от своего предшественника ХАД не станет «душить, подавлять или мучить народ». «Напротив, в правительственной структуре будет образована разведывательная служба для защиты демократических свобод, национальной независимости и суверенитета, интересов революции, народа и государства, а также для нейтрализации под руководством НДПА заговоров, вынашиваемых внешними врагами Афганистана.»
Всю организационную работу и подготовку персонала для ХАД выполнял КГБ. В жестоких условиях антипартизанской войны, которую выиграть было нельзя, КГБ возродил на афганской почве некоторые ужасы сталинского прошлого. Организация Эмнести Интернэшнл собрала свидетельства «широкомасштабных и систематических пыток мужчин, женщин и детей» в следственных изоляторах ХАД. Общей темой этих сообщений было присутствие на допросах советских консультантов, как и во времена сталинских чисток в Восточной Европе поколением раньше. Одна кабульская учительница, которой позже удалось бежать в Пакистан, осмелилась заявить ХАД на допросе, что советский дознаватель «не имел права допрашивать афганцев в Афганистане. Это их разозлило, они связали мои руки и начали прижигать губы сигаретой». По указанию советского дознавателя офицеры ХАД избили ее до бесчувствия. Когда учительница пришла в себя, ее по горло закопали в снегу. В последующие дни в ее тело втыкали иглы под током и применяли другие ужасающие формы электрических пыток, обычно в присутствии советского консультанта. К счастью, учительница выжила. Многим выжить не удалось.
Как в 1989 году публично признал отставной генерал КГБ, даже в эпоху гласности о роли КГБ в афганской войне «еще предстоит честно рассказать». Наджибулла увенчал свою карьеру начальника ХАД, сначала сменив на посту генерального секретаря в 1986 году менее решительного Бабрака Кармаля, а затем став президентом в 1987 году. Вывод Советской Армии из Афганистана в 1988 году, как это ни удивительно, продлил существование дискредитированного режима Наджибуллы. После того, как советские войска покинули страну, раздробленные и разобщенные силы моджахедов так и не смогли преодолеть свои глубокие противоречия.
Как и сопротивление афганцев советскому вторжению, международная реакция была хуже, чем Центр мог предположить. КГБ рассчитывал, что, как и после советского вторжения в Венгрию в 1956 году и Чехословакию в 1968 году, дела вернутся в свое нормальное русло после недолгих протестов. Но многие страны третьего мира и Запад считали, что советская интервенция в Восточной Европе и в Афганистане — совсем не одно и то
События в Польше еще более усугубили напряженность в отношениях Востока и Запада, вызванную советским вторжением в Афганистан в конце 1979 года. Целый ряд прославленных революций, включая Французскую 1789 года и Петроградскую февраля 1917 года, начались с хлебных бунтов. В Польше все началось с повышения цен на мясо летом 1980 года. Именно тогда родился независимый профсоюз «Солидарность» под руководством своего обаятельного, способного, но до тех пор совершенно неизвестного 37-летнего Леха Валенсы — безработного электрика, который каждое утро ходил в церковь. К концу августа 1980 года заместитель премьер-министра Польши Мечислав Ягельский отправился в гданьские доки имени Ленина для ведения переговоров с Валенсой и другими лидерами забастовочного движения. Забастовки прекратились после того, как в Гданьском соглашении был зафиксирован целый ряд политических уступок, включая признание права на забастовки и решение о государственной радиотрансляции церковных служб по воскресеньям.
Московский центр был неприятно поражен этим ущербом, нанесенным «ведущей роли ПОРП» — дискредитированной Польской рабочей партии. Все свободные от других назначений офицеры КГБ, говорящие по-польски, были немедленно направлены в варшавскую резидентуру, а также в советские консульства в Гданьске, Кракове, Познани и Щецине. Как и во время венгерской революции 1956 года и «Пражской весны» 1968 года, многим нелегалам КГБ на Западе было приказано отправиться в Польшу в турпоездки. Считалось, что контрреволюционеры будут с европейцами пооткровенней, чем с русскими. Хотя формально Центру запрещалось вербовать поляков, консерваторы из ПОРП и польской службы безопасности СБ (приемник УБ) наводнили КГБ паникерскими и почти истерическими сообщениями о подрывных действиях контрреволюционеров. Объем сводок КГБ по польскому кризису значительно превышал сообщения, поступающие по партийным каналам или из посольства в Варшаве. Развернутая и пессимистичная оценка перспектив развития событий в Польше в августе 1980 года начальником польского отдела ПГУ Нинелом Андреевичем Тарнавским в основном сводилась к тому, что Польше не избежать кровавой резни.
В течение всего 1981 года влияние «Солидарности» продолжало расти. Когда число ее сторонников достигло почти 10 миллионов, создалась ситуация, когда практически в каждой польской семье кто-то поддерживал это профсоюзное движение. В своих сводках КГБ утверждал, что агенты «Солидарности» проникли даже в СБ и полицию, активисты «Солидарности» угрожали партийным лоялистам. Гордиевский был поражен плохо скрываемым антисемитизмом в аналитических материалах Центра. Так, в них указывалось на то, что в «Солидарности» видную роль играют еврейские «интернационалисты» — такие, как Яцек Куронь, Адам Михник и Мойзеш Финкельштейн, все бывшие члены Комитета защиты рабочих (КОР). Это обстоятельство указывало на наличие сионистского заговора в Польше. Тему эту нередко поднимали и соседи Польши. Так, освещая конференцию антисемитской грюнвальдской патриотической ассоциации в Варшаве, пражское телевидение с одобрением отметило, что выступавшие осудили «предательскую деятельность сионистов и обнаружили, что настоящее имя Михника было Шехтер».